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- PDB-1waf: DNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1waf
タイトルDNA POLYMERASE FROM BACTERIOPHAGE RB69
要素DNA POLYMERASE
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / RB69 DNA POLYMERASE (GP43)
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, J. / Satter, A.K.M.A. / Wang, C.C. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
著者: Wang, J. / Sattar, A.K. / Wang, C.C. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Phenotypes of Mutant Pol Alpha Family DNA Polymerases
著者: Wang, J. / Steitz, T.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of an NH2-Terminal Fragment of T4 DNA Polymerase and its Complexes with Single-Stranded DNA and with Divalent Metal Ions
著者: Wang, J. / Yu, P. / Lin, T.C. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Modular Organization of T4 DNA Polymerase. Evidence from Phylogenetics
著者: Wang, C.C. / Yeh, L.S. / Karam, J.D.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Primary Structure of T4 DNA Polymerase. Evolutionary Relatedness to Eucaryotic and Other Procaryotic DNA Polymerases
著者: Spicer, E.K. / Rush, J. / Fung, C. / Reha-Krantz, L.J. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H.
履歴
登録1997年4月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE
B: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,0534
ポリマ－209,4862
非ポリマー5662
水00
1
A: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0262
ポリマ－104,7431
非ポリマー2831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0262
ポリマ－104,7431
非ポリマー2831
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.320, 196.860, 118.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE / T4 GP43


分子量: 104743.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: POL / 遺伝子 (発現宿主): POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE


分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 75 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.5 mg/mlprotein1drop
20.05 Msodium citrate1reservoir
30.025 Msodium potassium tartrate1reservoir
40.25 M1reservoirLi2SO4
50.25 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 60256 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.145

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.2→40 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.274 -
Rwork0.198 -
obs0.198 47783
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14758 0 80 0 14838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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