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- EMDB-3307: Structure of the human TAF-less PIC in the closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3307
タイトルStructure of the human TAF-less PIC in the closed state
マップデータReconstruction of the human TAF-less PIC
試料
  • 試料: Human TAF-less PIC bound to super core promoter DNA in the closed state
  • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIA
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIB
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIF
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIE
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIS
  • DNA: Super core promoter
キーワードTFIID / TFIIA / transcription / RNA polymerase II / general transcription factors / preinitiation complex / core promoter / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril binding / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / RNA Polymerase III Chain Elongation / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity ...microfibril binding / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / RNA Polymerase III Chain Elongation / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA Polymerase III Transcription Termination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / positive regulation of mitotic recombination / hair cell differentiation / hair follicle maturation / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair factor 3 complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / ventricular system development / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription factor TFIIK complex / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIF complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / embryonic cleavage / DNA 5'-3' helicase / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / adult heart development / UV protection / female germ cell nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / male pronucleus / G protein-coupled receptor internalization / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / MicroRNA (miRNA) biogenesis / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / DNA 3'-5' helicase / regulation of mitotic cell cycle phase transition / LRR domain binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / protein acetylation / transcription factor TFIID complex / cell division site / erythrocyte maturation / 3'-5' DNA helicase activity / hematopoietic stem cell proliferation / spinal cord development / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / acetyltransferase activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / bone mineralization / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II complex binding / viral transcription / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / TFIIB-class transcription factor binding / ATPase activator activity / DNA topological change / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase I Transcription Initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal ...Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / TFIIS N-terminal domain profile. / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / CyclinH/Ccl1 / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFB5-like superfamily / Cyclin-dependent kinase 7 / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / General transcription factor IIF subunit 2 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / TATA-box-binding protein / Transcription elongation factor A protein 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription factor IIE subunit 1 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / General transcription factor IIF subunit 2 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / TATA-box-binding protein / Transcription elongation factor A protein 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / General transcription factor IIH subunit 1 / General transcription factor IIF subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cyclin-H / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription initiation factor IIB / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Louder RK / He Y / Lopez-Blanco JR / Fang J / Chacon P / Nogales E
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly.
著者: Robert K Louder / Yuan He / José Ramón López-Blanco / Jie Fang / Pablo Chacón / Eva Nogales /
要旨: The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the ...The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the core promoter. TFIID comprises the TATA-binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAF1-13), which specifically interact with a variety of core promoter DNA sequences. Here we present the structure of human TFIID in complex with TFIIA and core promoter DNA, determined by single-particle cryo-electron microscopy at sub-nanometre resolution. All core promoter elements are contacted by subunits of TFIID, with TAF1 and TAF2 mediating major interactions with the downstream promoter. TFIIA bridges the TBP-TATA complex with lobe B of TFIID. We also present the cryo-electron microscopy reconstruction of a fully assembled human TAF-less PIC. Superposition of common elements between the two structures provides novel insights into the general role of TFIID in promoter recognition, PIC assembly, and transcription initiation.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of eukaryotic transcription initiation
著者: He Y / Yan C / Fang J / Inouye C / Tjian R / Ivanov I / Nogales E
履歴
登録2016年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月3日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5iy6
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6o9l
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the human TAF-less PIC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.64 Å/pix.
x 192 pix.
= 506.88 Å		2.64 Å/pix.
x 192 pix.
= 506.88 Å		2.64 Å/pix.
x 192 pix.
= 506.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.11061411 - 0.21786748
平均 (標準偏差)0.0006074 (±0.00719656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 506.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.642.642.64
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z506.880506.880506.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1110.2180.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human TAF-less PIC bound to super core promoter DNA in the closed...

全体名称: Human TAF-less PIC bound to super core promoter DNA in the closed state
要素
  • 試料: Human TAF-less PIC bound to super core promoter DNA in the closed state
  • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIA
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIB
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIF
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIE
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH
  • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIS
  • DNA: Super core promoter

+
超分子 #1000: Human TAF-less PIC bound to super core promoter DNA in the closed...

超分子名称: Human TAF-less PIC bound to super core promoter DNA in the closed state
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 9
分子量理論値: 1.36 MDa

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分子 #1: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TBP / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列UniProtKB: TATA-box-binding protein / InterPro: TATA-box binding protein

+
分子 #2: General transcription factor IIA

分子名称: General transcription factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFIIA / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #3: General transcription factor IIB

分子名称: General transcription factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: TFIIB / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #4: General transcription factor IIF

分子名称: General transcription factor IIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: TFIIF / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #5: RNA polymerase II

分子名称: RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Pol II / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear pellet
分子量理論値: 550 KDa

+
分子 #6: General transcription factor IIE

分子名称: General transcription factor IIE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: TFIIE / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #7: General transcription factor IIH

分子名称: General transcription factor IIH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: TFIIH / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear extract
分子量理論値: 450 KDa

+
分子 #8: Transcription factor IIS

分子名称: Transcription factor IIS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: TFIIS / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #9: Super core promoter

分子名称: Super core promoter / タイプ: dna / ID: 9 / Name.synonym: SCP
詳細: The super core promoter is a composite sequence combining promoter motifs from several strong promoters from humans and D. melanogaster.
分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56 KDa
配列文字列:
GAAGGGCGCC TATAAAAGGG GGTGGGGGCG CGTTCGTCCT CAGTCGCGAT CGAACACTCG AGCCGAGCAG ACGTGCCTAC GGACCATGG

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実験情報

+
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

+
試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES, 5% glycerol, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 0.05% NP-40
グリッド詳細: Amorphous continuous carbon over C-flat holey carbon support (4 um holes with 2 um spacing) on 400 mesh copper grid.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Incubate 4 ul of sample on grid for 10 minutes, then blot for 4 seconds with force 15.

+
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
詳細The camera was operated in counting mode with a dose rate of 8 electrons/pixel per second.
日付2014年5月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 855 / 平均電子線量: 46 e/Å2
詳細: Whole-micrograph drift correction was performed using MotionCorr before averaging the frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37879 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

+
画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION, Bsoft / 使用した粒子像数: 24290
FSC曲線 (解像度の算出)

+
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1nvp

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1c9b

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4bbr

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4bbr

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

1f3u

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 6

初期モデルPDB ID:

1bby

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 7

初期モデルPDB ID:

3crv

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 8

初期モデルPDB ID:

1y1v

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

+
原子モデル構築 9

初期モデルPDB ID:

3ndq

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5iy6:
Human holo-PIC in the closed state

PDB-6o9l:
Human holo-PIC in the closed state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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