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万見
- EMDB-3239: Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo-state ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3239
タイトルCryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
マップデータReconstruction of gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
試料
  • 試料: human gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
  • タンパク質・ペプチド: gamma-secretase
機能・相同性
機能・相同性情報


Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of endopeptidase activity / positive regulation of coagulation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / amyloid precursor protein biosynthetic process / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of endopeptidase activity / positive regulation of coagulation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Noncanonical activation of NOTCH3 / protein catabolic process at postsynapse / TGFBR3 PTM regulation / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / synaptic vesicle targeting / negative regulation of axonogenesis / central nervous system myelination / membrane protein intracellular domain proteolysis / T cell activation involved in immune response / growth factor receptor binding / skin morphogenesis / choline transport / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of resting membrane potential / neural retina development / myeloid dendritic cell differentiation / L-glutamate import across plasma membrane / Regulated proteolysis of p75NTR / regulation of phosphorylation / metanephros development / locomotion / brain morphogenesis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / nuclear outer membrane / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of long-term synaptic potentiation / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / embryonic limb morphogenesis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of postsynapse organization / cell fate specification / skeletal system morphogenesis / aggresome / myeloid cell homeostasis / azurophil granule membrane / glutamate receptor signaling pathway / ciliary rootlet / positive regulation of dendritic spine development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / Golgi cisterna membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of receptor recycling / regulation of neuron projection development / protein glycosylation / blood vessel development / adult behavior / mitochondrial transport / amyloid precursor protein catabolic process / heart looping / cerebral cortex cell migration / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / autophagosome assembly / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / endopeptidase activator activity / neuron development / somitogenesis / smooth endoplasmic reticulum / hematopoietic progenitor cell differentiation / Nuclear signaling by ERBB4 / calcium ion homeostasis / T cell proliferation / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / rough endoplasmic reticulum / Notch signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / neuron projection maintenance / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cerebellum development / cellular response to calcium ion / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / post-embryonic development / dendritic shaft / thymus development / positive regulation of glycolytic process / epithelial cell proliferation / PDZ domain binding / astrocyte activation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / apoptotic signaling pathway / synapse organization / neuron migration
類似検索 - 分子機能
Peptidase A22A, presenilin 1 / Gamma-secretase subunit Aph-1 / Gamma-secretase aspartyl protease complex, presenilin enhancer-2 subunit / Aph-1 protein / Presenilin enhancer-2 subunit of gamma secretase / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / Presenilin / Nicastrin / Nicastrin, small lobe ...Peptidase A22A, presenilin 1 / Gamma-secretase subunit Aph-1 / Gamma-secretase aspartyl protease complex, presenilin enhancer-2 subunit / Aph-1 protein / Presenilin enhancer-2 subunit of gamma secretase / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / Presenilin / Nicastrin / Nicastrin, small lobe / Nicastrin large lobe / Nicastrin small lobe / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family
類似検索 - ドメイン・相同性
Presenilin-1 / Nicastrin / Gamma-secretase subunit APH-1A / Gamma-secretase subunit PEN-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Bai XC / Rajendra E / Yang GH / Shi YG / Scheres SHW
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Sampling the conformational space of the catalytic subunit of human γ-secretase.
著者: Xiao-chen Bai / Eeson Rajendra / Guanghui Yang / Yigong Shi / Sjors H W Scheres /
要旨: Human γ-secretase is an intra-membrane protease that cleaves many different substrates. Aberrant cleavage of Notch is implicated in cancer, while abnormalities in cutting amyloid precursor protein ...Human γ-secretase is an intra-membrane protease that cleaves many different substrates. Aberrant cleavage of Notch is implicated in cancer, while abnormalities in cutting amyloid precursor protein lead to Alzheimer's disease. Our previous cryo-EM structure of γ-secretase revealed considerable disorder in its catalytic subunit presenilin. Here, we describe an image classification procedure that characterizes molecular plasticity at the secondary structure level, and apply this method to identify three distinct conformations in our previous sample. In one of these conformations, an additional transmembrane helix is visible that cannot be attributed to the known components of γ-secretase. In addition, we present a γ-secretase structure in complex with the dipeptidic inhibitor N-[N-(3,5-difluorophenacetyl)-L-alanyl]-S-phenylglycine t-butyl ester (DAPT). Our results reveal how conformational mobility in the second and sixth transmembrane helices of presenilin is greatly reduced upon binding of DAPT or the additional helix, and form the basis for a new model of how substrate enters the transmembrane domain.
履歴
登録2015年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2015年12月9日-
更新2015年12月16日-
現状2015年12月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5fn4
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3239.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 180 pix.
= 252. Å		1.4 Å/pix.
x 180 pix.
= 252. Å		1.4 Å/pix.
x 180 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.06578127 - 0.15764602
平均 (標準偏差)0.00007033 (±0.00761043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 252.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-189
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0660.1580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble

全体名称: human gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
要素
  • 試料: human gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
  • タンパク質・ペプチド: gamma-secretase

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超分子 #1000: human gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble

超分子名称: human gamma secretase in class 2 of the apo-state ensemble
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heterotetramer / Number unique components: 1
分子量実験値: 170 KDa / 理論値: 170 KDa

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分子 #1: gamma-secretase

分子名称: gamma-secretase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Heterotetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HEK293F / 細胞中の位置: membrane
分子量実験値: 170 KDa / 理論値: 170 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F / 組換プラスミド: pMLink

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl and amphipol A8-35
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: 300 mesh Au 1.2/1.3 Quantifoil grid, glow discharged for 1 minute
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 81000 magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年10月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 2925 / 平均電子線量: 38 e/Å2
詳細: Use a newly developed statistical movie processing and particle polishing approach to compensate for beam-induced movement and reduce the effect of radiation-damage
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND4, RELION / 使用した粒子像数: 79263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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