PDB-4f35: Crystal Structure of a bacterial dicarboxylate/sodium symporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f35

タイトル

Crystal Structure of a bacterial dicarboxylate/sodium symporter

要素

Transporter, NadC family

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

succinate transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.196 Å

データ登録者

Mancusso, R.L. / Gregorio, G.G. / Liu, Q. / Wang, D.N.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of a bacterial sodium-dependent dicarboxylate transporter.
著者: Mancusso, R. / Gregorio, G.G. / Liu, Q. / Wang, D.N.

履歴

登録	2012年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f35.cif.gz	646.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f35.ent.gz	540.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ol0-1 21904 1ecg-d 3sql-d 5uld-2 6okz-2 6ol0-2 5m7t-d 4fes-d 5ule-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Transporter, NadC family

B: Transporter, NadC family

A: Transporter, NadC family

C: Transporter, NadC family

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Transporter, NadC family

C: Transporter, NadC family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transporter, NadC family

A: Transporter, NadC family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.330, 100.870, 164.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Transporter, NadC family

分子量: 49235.930 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_A0025 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KNE0

#2: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸

分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 29% PEG 1000, 0.05M Lithium citrate, 0.05M MOPS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射	モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.196→44.52 Å / Num. obs: 54103 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1.51 / Observed criterion σ(I): 1.51
反射シェル	解像度: 3.196→3.27 Å / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.196→44.377 Å / SU ML: 1.06 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2913	2024	3.88 %
R_work	0.228	-	-
obs	0.2304	52199	96.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 90.681 Å² / k_sol: 0.279 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2923 Å²	-0 Å²	19.3573 Å²
2-	-	-8.057 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.7646 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.196→44.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12279	0	106	5	12390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.557	17297
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.666	4050
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	2218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2090

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.196-3.2759	0.4074	98	0.3581	2647	X-RAY DIFFRACTION	71
3.2759-3.3644	0.4075	147	0.3283	3642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3644-3.4634	0.377	149	0.3084	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4634-3.5751	0.3685	149	0.2753	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5751-3.7028	0.3621	149	0.2615	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7028-3.851	0.3412	149	0.2427	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.851-4.0262	0.3009	149	0.2258	3694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0262-4.2383	0.2917	149	0.2107	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2383-4.5036	0.2562	150	0.1978	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5036-4.8509	0.2467	150	0.175	3732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8509-5.3383	0.2367	149	0.1763	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3383-6.1091	0.3642	149	0.2196	3698	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1091-7.6903	0.2487	151	0.2162	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6903-44.3813	0.2596	136	0.2464	3194	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7143	1.7789	1.918	3.437	-0.3849	4.8292	-0.1722	0.8776	-0.0093	-0.6579	0.5261	0.2032	-0.4834	-0.2638	-0.3083	0.7702	0.0734	0.2099	0.4551	0.1878	0.784	39.4456	60.3718	-0.3402
2	1.0694	0.5675	0.1055	1.7873	0.2338	1.1676	0.3588	-0.0339	0.2098	-0.0514	-0.0776	-0.1336	-0.4462	0.0573	-0.1038	0.5061	-0.0409	0.1406	0.3603	-0.0455	0.5258	35.3447	45.4826	14.2111
3	1.3723	0.3223	0.7431	2.1414	-0.9004	1.034	0.0358	-0.817	0.8161	1.8656	0.7139	1.0261	-0.8861	-0.3874	-0.2538	1.4325	-0.2154	0.4679	0.8786	-0.2957	0.8932	25.4463	55.1145	45.996
4	0.1806	-0.4523	-0.0799	3.3113	1.5465	1.7585	-0.3362	-0.4547	0.0591	0.7321	0.2429	0.4002	-0.1432	-0.2059	-0.0671	1.2819	-0.0594	0.2937	0.7795	-0.3295	1.0095	22.0029	60.263	38.1919
5	3.4667	-0.1005	-0.4549	0.8661	0.4361	4.7491	-0.3522	-0.4449	0.0833	0.6652	0.0582	0.4246	0.4623	0.0656	0.0644	0.9244	-0.1176	0.2598	0.5853	-0.1042	0.6219	37.6629	54.5722	29.1196
6	8.9016	-7.7527	-3.037	9.6218	4.4182	5.3691	0.2682	-0.5001	0.8562	0.3832	-0.3532	0.2989	0.2484	0.715	-0.0124	1.0926	-0.2808	0.1723	0.7427	-0.3049	0.823	41.4333	59.0528	37.0618
7	0.8217	0.3206	0.0998	2.8081	-0.1494	0.7314	0.2557	-0.3673	0.035	0.6798	-0.2321	0.0439	-0.2039	0.2718	-0.0342	0.7879	-0.0299	0.1602	0.4643	0.0221	0.5146	38.0535	38.3729	36.184
8	1.4363	0.1179	-1.0619	2.4182	-0.2381	3.5559	-0.293	0.1589	0.1359	0.3872	0.0901	0.3366	0.509	-0.3866	0.1072	0.6535	-0.0003	0.285	0.4262	-0.0707	0.5596	33.688	43.2624	18.8067
9	0.8314	0.2796	-1.2709	2.2921	1.6946	4.2601	0.2255	-0.3515	0.3625	-0.3064	0.2489	-0.3327	-0.8939	0.8483	-0.3055	0.8132	-0.1101	0.266	0.5029	-0.1321	0.7806	48.6986	62.5737	17.8708
10	5.0567	3.5045	1.5096	4.9448	-2.6534	6.0112	-0.3662	0.6298	2.0672	-1.1009	-0.2996	-0.1315	-2.255	-0.0698	-0.0973	1.2439	0.8018	0.8722	-3.5294	-1.6556	1.4941	25.3701	66.3457	27.8194
11	2.0816	-6.8061	0.5606	8.3241	-1.5692	3.1533	0.5938	-0.1561	0.4233	0.5463	-0.056	0.1621	-1.6987	0.5556	-0.3997	1.6331	-0.3215	0.3253	0.7843	-0.0388	0.9369	42.6443	68.6479	31.099
12	3.0348	1.7586	-2.4692	5.6569	-2.985	6.7368	-0.5578	0.7374	-0.0975	-0.5533	0.351	0.4548	1.2453	-1.0848	0.0867	1.4383	-0.2244	0.3144	0.5273	-0.0797	0.6332	-11.5905	-7.1002	50.8604
13	0.6176	-1.2415	-0.5075	4.4537	0.9473	1.9948	-0.1907	0.0869	-0.6931	-1.0679	-0.1145	-0.1994	0.5074	-0.3037	0.2188	1.2552	-0.1839	0.3927	0.4669	-0.0874	0.7964	-9.1957	5.681	57.0064
14	2.7784	-3.2849	-0.1654	4.2733	0.9149	2.3334	0.6742	0.1757	0.6647	-0.1865	-0.585	-1.6886	0.0738	1.1108	0.0625	0.924	0.2329	0.2255	0.9339	0.4284	1.4598	20.2556	13.3776	69.0713
15	8.1959	-0.6353	-1.4224	4.7006	-0.3487	5.8146	1.5091	0.4799	0.5798	0.6297	-1.1038	-0.0318	-0.8135	0.1694	-0.4832	1.1939	0.1225	0.4801	0.8942	0.0322	1.6011	26.3715	6.6332	61.7488
16	0.6168	0.0018	-0.1523	2.3241	0.665	1.0906	-0.3941	-0.578	-0.7487	0.6316	0.1328	-0.7802	0.5628	0.6849	0.1879	0.9726	0.2522	0.084	0.8554	0.1725	0.9901	12.3975	8.1722	74.8956
17	5.8906	3.3721	-0.0141	7.6248	-0.1164	3.7344	0.1866	-0.5105	0.855	0.4538	-0.616	0.1541	0.3135	0.2586	0.1363	0.7747	0.03	0.1806	0.499	-0.0199	0.6844	0.8134	13.1034	62.9397
18	1.2326	0.103	0.5319	1.6375	0.3867	0.3866	-0.234	0.053	-0.3637	-0.0322	0.0196	-0.4942	0.522	0.2336	0.1184	1.1118	0.244	0.4122	0.5484	0.1122	0.9149	5.8523	-9.4447	67.2423
19	1.0061	-0.0669	-1.2064	3.3383	1.5609	2.4084	0.1515	0.0296	0.2558	1.0943	-0.0202	-0.0012	0.0784	-0.1798	-0.1332	0.8141	-0.0298	0.1651	0.4286	0.0367	0.7504	-4.9682	32.5753	74.9756
20	0.573	0.4035	0.0106	1.16	0.0807	1.4032	-0.0027	0.7744	0.4318	-0.8849	0.4067	-0.1078	-0.3279	-0.3208	-0.2284	1.1353	-0.0245	0.2368	0.7859	0.2121	0.6664	-5.8886	33.6315	40.3509
21	0.0786	-0.0438	0.126	3.2519	0.1532	0.5924	0.052	0.8862	0.3071	-1.5265	0.3607	0.0408	-0.377	0.1638	-0.0439	0.7745	-0.2757	0.1681	0.8237	0.1018	0.4968	-7.2552	22.8204	35.4798
22	7.7193	0.1397	0.7791	6.2915	-2.5191	6.8147	-0.6694	0.7354	-1.242	-0.5048	-0.153	0.7045	0.7052	-0.6049	0.7461	0.8122	-0.1893	0.2044	0.6153	-0.1188	0.7918	-17.2583	12.6269	47.6804
23	1.6974	-0.2477	0.0383	2.0431	-0.175	2.5069	-0.4812	0.3083	-0.3821	-0.046	-0.2367	-0.1754	1.0673	0.1747	0.3838	0.9098	0.0048	0.2853	0.5455	0.1005	0.4785	-4.176	21.2603	57.7061
24	0.3594	0.4417	-0.7634	1.2119	-1.7293	4.4249	0.367	0.1378	0.4485	0.2104	0.1166	0.4034	-1.1077	-0.4695	-0.3054	1.0197	0.0852	0.4835	0.5266	0.1125	0.9945	-18.2082	41.0516	63.0831
25	1.9491	-0.5727	1.2728	2.9152	-0.2455	3.3027	-0.7208	-0.7414	0.7976	-1.0531	-1.249	1.3299	-2.4705	-1.9946	-0.1709	1.5455	-0.4269	1.3595	-0.4056	1.1309	0.23	-7.1281	46.8078	48.2886
26	5.7322	-0.3583	-1.7766	4.3686	-1.9318	8.5289	-0.1213	-0.8742	0.0837	0.2992	0.2004	-0.3305	0.6426	0.7319	0.1004	1.1681	0.1484	0.1684	0.5501	0.0784	0.4728	37.1827	14.7724	27.2878
27	0.8149	-0.2137	0.0189	1.6775	-0.1505	2.2272	-0.0066	0.0812	-0.1427	0.1449	-0.0861	0.5522	0.0963	-0.3861	0.1048	0.7173	0.0439	0.2586	0.4335	-0.0278	0.6662	24.8785	32.7721	11.7491
28	5.4667	-0.6196	1.1827	4.8238	-1.2774	1.8921	-0.4766	0.72	0.4017	-0.6575	0.0596	-0.1602	-0.0914	-0.4918	0.4579	0.587	-0.065	0.1079	0.9134	0.0246	0.6273	6.5807	30.3145	3.7312
29	1.0182	1.0753	1.3617	3.929	-0.8678	3.5647	0.1731	-1.1134	-0.2044	0.8545	-0.1706	1.4821	-0.3124	-0.5201	-0.1709	0.7049	-0.2365	0.2663	0.8394	-0.1447	0.9985	0.1663	22.8018	7.4554
30	2.0382	0.6161	-0.8761	1.0252	0.217	2.2214	-0.2687	0.5238	-0.1192	-0.4299	0.1768	0.0047	0.3067	-0.4271	0.0038	0.6007	-0.0004	0.1321	0.5211	-0.0124	0.4266	24.337	32.3963	1.4338
31	9.61	0.1367	6.2846	0.0365	-0.0431	4.579	0.6826	0.6332	-1.7995	-0.3507	-0.2248	-1.0834	2.0682	-0.0071	-0.5242	1.5932	-0.0717	0.5879	0.4638	-0.0248	1.27	36.4513	4.6633	6.1675
32	2.5584	1.0643	1.2212	2.3166	-0.0082	0.6235	-0.4089	-0.2238	-0.7231	0.7145	-0.3155	0.2737	1.1162	-0.3325	0.1501	0.4857	-0.1912	0.2003	0.3718	-0.0787	0.5243	26.3457	15.5684	12.4085
33	1.2593	0.9776	0.1055	2.1273	-0.7211	1.1785	-0.7158	0.0834	-1.0773	0.1397	0.0428	0.2379	0.5915	-0.316	0.3713	0.791	-0.294	0.2193	0.564	-0.1663	0.5365	18.8108	17.5503	9.4505
34	2.4093	-0.1766	-7.3878	6.2347	-2.2286	8.4714	-0.1868	-0.6738	-0.0917	-1.0189	0.171	-0.6914	0.4712	0.3739	-0.0091	1.0441	-0.3656	0.1307	1.0518	-0.2695	0.6847	16.9016	10.803	1.8187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resseq 19:59)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resseq 60:113)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resseq 114:146)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resseq 147:181)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resseq 182:213)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resseq 214:237)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resseq 238:305)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resseq 306:339)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resseq 340:412)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 413:435)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 436:462)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 19:58)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 59:94)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 95:146)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 147:179)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 180:305)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 306:338)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 339:462)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resseq 19:94)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resseq 95:237)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resseq 238:276)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resseq 277:305)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resseq 306:338)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resseq 339:412)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resseq 413:462)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resseq 18:59)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resseq 60:131)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resseq 132:164)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resseq 165:193)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resseq 194:339)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resseq 340:365)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resseq 366:392)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resseq 393:436)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resseq 437:462)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)