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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31206 | |||||||||
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タイトル | TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an intermediate state (state3) | |||||||||
マップデータ | TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an intermediate state (state3) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.22 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen X / Qi Y / Wang X / Wu Z / Yin X / Li J / Liu W / Xu Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structures of the human Mediator and Mediator-bound preinitiation complex. 著者: Xizi Chen / Xiaotong Yin / Jiabei Li / Zihan Wu / Yilun Qi / Xinxin Wang / Weida Liu / Yanhui Xu / 要旨: The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26- ...The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26-subunit Mediator stimulates transcription and cyclin-dependent kinase 7 (CDK7)-mediated phosphorylation of the Pol II C-terminal domain (CTD). We determined the structures of human Mediator in the Tail module-extended (at near-atomic resolution) and Tail-bent conformations and structures of TFIID-based PIC-Mediator (76 polypeptides, ~4.1 megadaltons) in four distinct conformations. PIC-Mediator assembly induces concerted reorganization (Head-tilting and Middle-down) of Mediator and creates a Head-Middle sandwich, which stabilizes two CTD segments and brings CTD to CDK7 for phosphorylation; this suggests a CTD-gating mechanism favorable for phosphorylation. The TFIID-based PIC architecture modulates Mediator organization and TFIIH stabilization, underscoring the importance of TFIID in orchestrating PIC-Mediator assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31206.map.gz | 276.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31206-v30.xml emd-31206.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31206.png | 60.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31206 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31206 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31206_validation.pdf.gz | 301.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31206_full_validation.pdf.gz | 300.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31206_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31206 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31206 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31206.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an intermediate state (state3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3175 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an int...
全体 | 名称: TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an intermediate state (state3) |
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要素 |
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-超分子 #1: TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an int...
超分子 | 名称: TFIID-based PIC-MED holo-complex (deletion of MED1-IDR) in an intermediate state (state3) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#78 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46630 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |