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- EMDB-31118: TFIID in rearranged conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31118
タイトルTFIID in rearranged conformation
マップデータTFIID in rearranged conformation
試料
  • 複合体: TFIID in rearranged conformation
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
キーワードTFIID / preinitiation complex / core promoter / transcription initiation / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of androgen receptor activity / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / male pronucleus / female pronucleus / positive regulation by host of viral transcription / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / limb development / regulation of fat cell differentiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / SAGA complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / inner cell mass cell proliferation / midbrain development / response to L-glutamate / cellular response to ATP / histone acetyltransferase binding / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / ubiquitin conjugating enzyme activity / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of cell cycle / P-TEFb complex binding / embryonic placenta development / somitogenesis / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of DNA repair / core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / ovarian follicle development / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / estrogen receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / peptidyl-threonine phosphorylation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of protein kinase activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / euchromatin
類似検索 - 分子機能
TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term ...TAFII28-like protein domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 11-like / hTAFII28-like protein conserved region / TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / TBP domain superfamily / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11 ...Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.82 Å
データ登録者Chen X / Wu Z
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
履歴
登録2021年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7egi
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31118.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TFIID in rearranged conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 432. Å		1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 432. Å		1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.012188528 - 0.03969783
平均 (標準偏差)0.00033034253 (±0.002271909)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0120.0400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TFIID in rearranged conformation

全体名称: TFIID in rearranged conformation
要素
  • 複合体: TFIID in rearranged conformation
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 13

+
超分子 #1: TFIID in rearranged conformation

超分子名称: TFIID in rearranged conformation / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 212.956172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGPGCDLLLR TAATITAAAI MSDTDSDEDS AGGGPFSLAG FLFGNINGAG QLEGESVLDD ECKKHLAGLG ALGLGSLITE LTANEELTG TDGALVNDEG WVRSTEDAVD YSDINEVAED ESRRYQQTMG SLQPLCHSDY DEDDYDADCE DIDCKLMPPP P PPPGPMKK ...文字列:
MGPGCDLLLR TAATITAAAI MSDTDSDEDS AGGGPFSLAG FLFGNINGAG QLEGESVLDD ECKKHLAGLG ALGLGSLITE LTANEELTG TDGALVNDEG WVRSTEDAVD YSDINEVAED ESRRYQQTMG SLQPLCHSDY DEDDYDADCE DIDCKLMPPP P PPPGPMKK DKDQDSITGE KVDFSSSSDS ESEMGPQEAT QAESEDGKLT LPLAGIMQHD ATKLLPSVTE LFPEFRPGKV LR FLRLFGP GKNVPSVWRS ARRKRKKKHR ELIQEEQIQE VECSVESEVS QKSLWNYDYA PPPPPEQCLS DDEITMMAPV ESK FSQSTG DIDKVTDTKP RVAEWRYGPA RLWYDMLGVP EDGSGFDYGF KLRKTEHEPV IKSRMIEEFR KLEENNGTDL LADE NFLMV TQLHWEDDII WDGEDVKHKG TKPQRASLAG WLPSSMTRNA MAYNVQQGFA ATLDDDKPWY SIFPIDNEDL VYGRW EDNI IWDAQAMPRL LEPPVLTLDP NDENLILEIP DEKEEATSNS PSKESKKESS LKKSRILLGK TGVIKEEPQQ NMSQPE VKD PWNLSNDEYY YPKQQGLRGT FGGNIIQHSI PAVELRQPFF PTHMGPIKLR QFHRPPLKKY SFGALSQPGP HSVQPLL KH IKKKAKMREQ ERQASGGGEM FFMRTPQDLT GKDGDLILAE YSEENGPLMM QVGMATKIKN YYKRKPGKDP GAPDCKYG E TVYCHTSPFL GSLHPGQLLQ AFENNLFRAP IYLHKMPETD FLIIRTRQGY YIRELVDIFV VGQQCPLFEV PGPNSKRAN THIRDFLQVF IYRLFWKSKD RPRRIRMEDI KKAFPSHSES SIRKRLKLCA DFKRTGMDSN WWVLKSDFRL PTEEEIRAMV SPEQCCAYY SMIAAEQRLK DAGYGEKSFF APEEENEEDF QMKIDDEVRT APWNTTRAFI AAMKGKCLLE VTGVADPTGC G EGFSYVKI PNKPTQQKDD KEPQPVKKTV TGTDADLRRL SLKNAKQLLR KFGVPEEEIK KLSRWEVIDV VRTMSTEQAR SG EGPMSKF ARGSRFSVAE HQERYKEECQ RIFDLQNKVL SSTEVLSTDT DSSSAEDSDF EEMGKNIENM LQNKKTSSQL SRE REEQER KELQRMLLAA GSAASGNNHR DDDTASVTSL NSSATGRCLK IYRTFRDEEG KEYVRCETVR KPAVIDAYVR IRTT KDEEF IRKFALFDEQ HREEMRKERR RIQEQLRRLK RNQEKEKLKG PPEKKPKKMK ERPDLKLKCG ACGAIGHMRT NKFCP LYYQ TNAPPSNPVA MTEEQEEELE KTVIHNDNEE LIKVEGTKIV LGKQLIESAD EVRRKSLVLK FPKQQLPPKK KRRVGT TVH CDYLNRPHKS IHRRRTDPMV TLSSILESII NDMRDLPNTY PFHTPVNAKV VKDYYKIITR PMDLQTLREN VRKRLYP SR EEFREHLELI VKNSATYNGP KHSLTQISQS MLDLCDEKLK EKEDKLARLE KAINPLLDDD DQVAFSFILD NIVTQKMM A VPDSWPFHHP VNKKFVPDYY KVIVNPMDLE TIRKNISKHK YQSRESFLDD VNLILANSVK YNGPESQYTK TAQEIVNVC YQTLTEYDEH LTQLEKDICT AKEAALEEAE LESLDPMTPG PYTPQPPDLY DTNTSLSMSR DASVFQDESN MSVLDIPSAT PEKQVTQEG EDGDGDLADE EEGTVQQPQA SVLYEDLLMS EGEDDEEDAG SDEEGDNPFS AIQLSESGSD SDVGSGGIRP K QPRMLQEN TRMDMENEES MMSYEGDGGE ASHGLEDSNI SYGSYEEPDP KSNTQDTSFS SIGGYEVSEE EEDEEEEEQR SG PSVLSQV HLSEDEEDSE DFHSIAGDSD LDSDE

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 1

+
分子 #2: Transcription initiation factor TFIID subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.159984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPLTGVEPAR MNRKKGDKGF ESPRPYKLTH QVVCINNINF QRKSVVGFVE LTIFPTVANL NRIKLNSKQC RIYRVRINDL EAAFIYNDP TLEVCHSESK QRNLNYFSNA YAAAVSAVDP DAGNGELCIK VPSELWKHVD ELKVLKIHIN FSLDQPKGGL H FVVPSVEG ...文字列:
MPLTGVEPAR MNRKKGDKGF ESPRPYKLTH QVVCINNINF QRKSVVGFVE LTIFPTVANL NRIKLNSKQC RIYRVRINDL EAAFIYNDP TLEVCHSESK QRNLNYFSNA YAAAVSAVDP DAGNGELCIK VPSELWKHVD ELKVLKIHIN FSLDQPKGGL H FVVPSVEG SMAERGAHVF SCGYQNSTRF WFPCVDSYSE LCTWKLEFTV DAAMVAVSNG DLVETVYTHD MRKKTFHYML TI PTAASNI SLAIGPFEIL VDPYMHEVTH FCLPQLLPLL KHTTSYLHEV FEFYEEILTC RYPYSCFKTV FIDEAYVEVA AYA SMSIFS TNLLHSAMII DETPLTRRCL AQSLAQQFFG CFISRMSWSD EWVLKGISGY IYGLWMKKTF GVNEYRHWIK EELD KIVAY ELKTGGVLLH PIFGGGKEKD NPASHLHFSI KHPHTLSWEY YSMFQCKAHL VMRLIENRIS MEFMLQVFNK LLSLA STAS SQKFQSHMWS QMLVSTSGFL KSISNVSGKD IQPLIKQWVD QSGVVKFYGS FAFNRKRNVL ELEIKQDYTS PGTQKY VGP LKVTVQELDG SFNHTLQIEE NSLKHDIPCH SKSRRNKKKK IPLMNGEEVD MDLSAMDADS PLLWIRIDPD MSVLRKV EF EQADFMWQYQ LRYERDVVAQ QESILALEKF PTPASRLALT DILEQEQCFY RVRMSACFCL AKIANSMVST WTGPPAMK S LFTRMFCCKS CPNIVKTNNF MSFQSYFLQK TMPVAMALLR DVHNLCPKEV LTFILDLIKY NDNRKNKFSD NYYRAEMID ALANSVTPAV SVNNEVRTLD NLNPDVRLIL EEITRFLNME KLLPSYRHTI TVSCLRAIRV LQKNGHVPSD PALFKSYAEY GHFVDIRIA ALEAVVDYTK VDRSYEELQW LLNMIQNDPV PYVRHKILNM LTKNPPFTKN MESPLCNEAL VDQLWKLMNS G TSHDWRLR CGAVDLYFTL FGLSRPSCLP LPELGLVLNL KEKKAVLNPT IIPESVAGNQ EAANNPSSHP QLVGFQNPFS SS QDEEEID MDTVHDSQAF ISHHLNMLER PSTPGLSKYR PASSRSALIP QHSAGCDSTP TTKPQWSLEL ARKGTGKEQA PLE MSMHPA ASAPLSVFTK ESTASKHSDH HHHHHHEHKK KKKKHKHKHK HKHKHDSKEK DKEPFTFSSP ASGRSIRSPS LSD

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 2

+
分子 #3: Transcription initiation factor TFIID subunit 4

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110.221883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGSDLLDE VFFNSEVDEK VVSDLVGSLE SQLAASAAHH HHLAPRTPEV RAAAAGALGN HVVSGSPAGA AGAGPAAPAE GAPGAAPEP PPAGRARPGG GGPQRPGPPS PRRPLVPAGP APPAAKLRPP PEGSAGSCAP VPAAAAVAAG PEPAPAGPAK P AGPAALAA ...文字列:
MAAGSDLLDE VFFNSEVDEK VVSDLVGSLE SQLAASAAHH HHLAPRTPEV RAAAAGALGN HVVSGSPAGA AGAGPAAPAE GAPGAAPEP PPAGRARPGG GGPQRPGPPS PRRPLVPAGP APPAAKLRPP PEGSAGSCAP VPAAAAVAAG PEPAPAGPAK P AGPAALAA RAGPGPGPGP GPGPGPGPGK PAGPGAAQTL NGSAALLNSH HAAAPAVSLV NNGPAALLPL PKPAAPGTVI QT PPFVGAA APPAPAAPSP PAAPAPAAPA AAPPPPPPAP ATLARPPGHP AGPPTAAPAV PPPAAAQNGG SAGAAPAPAP AAG GPAGVS GQPGPGAAAA APAPGVKAES PKRVVQAAPP AAQTLAASGP ASTAASMVIG PTMQGALPSP AAVPPPAPGT PTGL PKGAA GAVTQSLSRT PTATTSGIRA TLTPTVLAPR LPQPPQNPTN IQNFQLPPGM VLVRSENGQL LMIPQQALAQ MQAQA HAQP QTTMAPRPAT PTSAPPVQIS TVQAPGTPII ARQVTPTTII KQVSQAQTTV QPSATLQRSP GVQPQLVLGG AAQTAS LGT ATAVQTGTPQ RTVPGATTTS SAATETMENV KKCKNFLSTL IKLASSGKQS TETAANVKEL VQNLLDGKIE AEDFTSR LY RELNSSPQPY LVPFLKRSLP ALRQLTPDSA AFIQQSQQQP PPPTSQATTA LTAVVLSSSV QRTAGKTAAT VTSALQPP V LSLTQPTQVG VGKQGQPTPL VIQQPPKPGA LIRPPQVTLT QTPMVALRQP HNRIMLTTPQ QIQLNPLQPV PVVKPAVLP GTKALSAVSA QAAAAQKNKL KEPGGGSFRD DDDINDVASM AGVNLSEESA RILATNSELV GTLTRSCKDE TFLLQAPLQR RILEIGKKH GITELHPDVV SYVSHATQQR LQNLVEKISE TAQQKNFSYK DDDRYEQASD VRAQLKFFEQ LDQIEKQRKD E QEREILMR AAKSRSRQED PEQLRLKQKA KEMQQQELAQ MRQRDANLTA LAAIGPRKKR KVDCPGPGSG AEGSGPGSVV PG SSGVGTP RQFTRQRITR VNLRDLIFCL ENERETSHSL LLYKAFLK

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 4

+
分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 5

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.932109 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAALAEEQTE VAVKLEPEGP PTLLPPQAGD GAGEGSGGTT NNGPNGGGGN VAASSSTGGD GGTPKPTVAV SAAAPAGAAP VPAAAPDAG APHDRQTLLA VLQFLRQSKL REAEEALRRE AGLLEEAVAG SGAPGEVDSA GAEVTSALLS RVTASAPGPA A PDPPGTGA ...文字列:
MAALAEEQTE VAVKLEPEGP PTLLPPQAGD GAGEGSGGTT NNGPNGGGGN VAASSSTGGD GGTPKPTVAV SAAAPAGAAP VPAAAPDAG APHDRQTLLA VLQFLRQSKL REAEEALRRE AGLLEEAVAG SGAPGEVDSA GAEVTSALLS RVTASAPGPA A PDPPGTGA SGATVVSGSA SGPAAPGKVG SVAVEDQPDV SAVLSAYNQQ GDPTMYEEYY SGLKHFIECS LDCHRAELSQ LF YPLFVHM YLELVYNQHE NEAKSFFEKF HGDQECYYQD DLRVLSSLTK KEHMKGNETM LDFRTSKFVL RISRDSYQLL KRH LQEKQN NQIWNIVQEH LYIDIFDGMP RSKQQIDAMV GSLAGEAKRE ANKSKVFFGL LKEPEIEVPL DDEDEEGENE EGKP KKKKP KKDSIGSKSK KQDPNAPPQN RIPLPELKDS DKLDKIMNMK ETTKRVRLGP DCLPSICFYT FLNAYQGLTA VDVTD DSSL IAGGFADSTV RVWSVTPKKL RSVKQASDLS LIDKESDDVL ERIMDEKTAS ELKILYGHSG PVYGASFSPD RNYLLS SSE DGTVRLWSLQ TFTCLVGYKG HNYPVWDTQF SPYGYYFVSG GHDRVARLWA TDHYQPLRIF AGHLADVNCT RFHPNSN YV ATGSADRTVR LWDVLNGNCV RIFTGHKGPI HSLTFSPNGR FLATGATDGR VLLWDIGHGL MVGELKGHTD TVCSLRFS R DGEILASGSM DNTVRLWDAI KAFEDLETDD FTTATGHINL PENSQELLLG TYMTKSTPVV HLHFTRRNLV LAAGAYSPQ

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 5

+
分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 6

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.749297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA ...文字列:
MAEEKKLKLS NTVLPSESMK VVAESMGIAQ IQEETCQLLT DEVSYRIKEI AQDALKFMHM GKRQKLTTSD IDYALKLKNV EPLYGFHAQ EFIPFRFASG GGRELYFYEE KEVDLSDIIN TPLPRVPLDV CLKAHWLSIE GCQPAIPENP PPAPKEQQKA E ATEPLKSA KPGQEEDGPL KGKGQGATTA DGKGKEKKAP PLLEGAPLRL KPRSIHELSV EQQLYYKEIT EACVGSCEAK RA EALQSIA TDPGLYQMLP RFSTFISEGV RVNVVQNNLA LLIYLMRMVK ALMDNPTLYL EKYVHELIPA VMTCIVSRQL CLR PDVDNH WALRDFAARL VAQICKHFST TTNNIQSRIT KTFTKSWVDE KTPWTTRYGS IAGLAELGHD VIKTLILPRL QQEG ERIRS VLDGPVLSNI DRIGADHVQS LLLKHCAPVL AKLRPPPDNQ DAYRAEFGSL GPLLCSQVVK ARAQAALQAQ QVNRT TLTI TQPRPTLTLS QAPQPGPRTP GLLKVPGSIA LPVQTLVSAR AAAPPQPSPP PTKFIVMSSS SSAPSTQQVL SLSTSA PGS GSTTTSPVTT TVPSVQPIVK LVSTATTAPP STAPSGPGSV QKYIVVSLPP TGEGKGGPTS HPSPVPPPAS SPSPLSG SA LCGGKQEAGD SPPPAPGTPK ANGSQPNSGS PQPAP

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 6

+
分子 #6: Transcription initiation factor TFIID subunit 7

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.325117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKSKDDAPH ELESQFILRL PPEYASTVRR AVQSGHVNLK DRLTIELHPD GRHGIVRVDR VPLASKLVDL PCVMESLKTI DKKTFYKTA DICQMLVSTV DGDLYPPVEE PVASTDPKAS KKKDKDKEKK FIWNHGITLP LKNVRKRRFR KTAKKKYIES P DVEKEVKR ...文字列:
MSKSKDDAPH ELESQFILRL PPEYASTVRR AVQSGHVNLK DRLTIELHPD GRHGIVRVDR VPLASKLVDL PCVMESLKTI DKKTFYKTA DICQMLVSTV DGDLYPPVEE PVASTDPKAS KKKDKDKEKK FIWNHGITLP LKNVRKRRFR KTAKKKYIES P DVEKEVKR LLSTDAEAVS TRWEIIAEDE TKEAENQGLD ISSPGMSGHR QGHDSLEHDE LREIFNDLSS SSEDEDETQH QD EEDINII DTEEDLERQL QDKLNESDEQ HQENEGTNQL VMGIQKQIDN MKGKLQETQD RAKRQEDLIM KVENLALKNR FQA VLDELK QKEDREKEQL SSLQEELESL LEK

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 7

+
分子 #7: Transcription initiation factor TFIID subunit 8

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.304359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADAAATAGA GGSGTRSGSK QSTNPADNYH LARRRTLQVV VSSLLTEAGF ESAEKASVET LTEMLQSYIS EIGRSAKSYC EHTARTQPT LSDIVVTLVE MGFNVDTLPA YAKRSQRMVI TAPPVTNQPV TPKALTAGQN RPHPPHIPSH FPEFPDPHTY I KTPTYREP ...文字列:
MADAAATAGA GGSGTRSGSK QSTNPADNYH LARRRTLQVV VSSLLTEAGF ESAEKASVET LTEMLQSYIS EIGRSAKSYC EHTARTQPT LSDIVVTLVE MGFNVDTLPA YAKRSQRMVI TAPPVTNQPV TPKALTAGQN RPHPPHIPSH FPEFPDPHTY I KTPTYREP VSDYQVLREK AASQRRDVER ALTRFMAKTG ETQSLFKDDV STFPLIAARP FTIPYLTALL PSELEMQQME ET DSSEQDE QTDTENLALH ISMEDSGAEK ENTSVLQQNP SLSGSRNGEE NIIDNPYLRP VKKPKIRRKK SLS

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 8

+
分子 #8: Transcription initiation factor TFIID subunit 9

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.006838 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESGKTASPK SMPKDAQMMA QILKDMGITE YEPRVINQML EFAFRYVTTI LDDAKIYSSH AKKATVDADD VRLAIQCRAD QSFTSPPPR DFLLDIARQR NQTPLPLIKP YSGPRLPPDR YCLTAPNYRL KSLQKKASTS AGRITVPRLS VGSVTSRPST P TLGTPTPQ ...文字列:
MESGKTASPK SMPKDAQMMA QILKDMGITE YEPRVINQML EFAFRYVTTI LDDAKIYSSH AKKATVDADD VRLAIQCRAD QSFTSPPPR DFLLDIARQR NQTPLPLIKP YSGPRLPPDR YCLTAPNYRL KSLQKKASTS AGRITVPRLS VGSVTSRPST P TLGTPTPQ TMSVSTKVGT PMSLTGQRFT VQMPTSQSPA VKASIPATSA VQNVLINPSL IGSKNILITT NMMSSQNTAN ES SNALKRK REDDDDDDDD DDDYDNL

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 9

+
分子 #9: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.731248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSCSGSGADP EAAPASAASA PGPAPPVSAP AALPSSTAAE NKASPAGTAG GPGAGAAAGG TGPLAARAGE PAERRGAAPV SAGGAAPPE GAISNGVYVL PSAANGDVKP VVSSTPLVDF LMQLEDYTPT IPDAVTGYYL NRAGFEASDP RIIRLISLAA Q KFISDIAN ...文字列:
MSCSGSGADP EAAPASAASA PGPAPPVSAP AALPSSTAAE NKASPAGTAG GPGAGAAAGG TGPLAARAGE PAERRGAAPV SAGGAAPPE GAISNGVYVL PSAANGDVKP VVSSTPLVDF LMQLEDYTPT IPDAVTGYYL NRAGFEASDP RIIRLISLAA Q KFISDIAN DALQHCKMKG TASGSSRSKS KDRKYTLTME DLTPALSEYG INVKKPHYFT

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

+
分子 #10: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.948467 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MNQFGPSALI NLSNFSSIKP EPASTPPQGS MANSTAVVKI PGTPGAGGRL SPENNQVLTK KKLQDLVREV DPNEQLDEDV EEMLLQIAD DFIESVVTAA CQLARHRKSS TLEVKDVQLH LERQWNMWIP GFGSEEIRPY KKACTTEAHK QRMALIRKTT K K

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

+
分子 #11: Transcription initiation factor IIA subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.469091 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAYQLYRNTT LGNSLQESLD ELIQSQQITP QLALQVLLQF DKAINAALAQ RVRNRVNFRG SLNTYRFCDN VWTFVLNDVE FREVTELIK VDKVKIVACD GKNTGSNTTE

UniProtKB: Transcription initiation factor IIA subunit 2

+
分子 #12: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.729938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI ...文字列:
MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI VSTVNLGCKL DLKTIALRAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPR TTALIFSSGK MVCTGAKSEE QSRLAARKYA RV VQKLGFP AKFLDFKIQN MVGSCDVKFP IRLEGLVLTH QQFSSYEPEL FPGLIYRMIK PRIVLLIFVS GKVVLTGAKV RAE IYEAFE NIYPILKGFR KTT

UniProtKB: TATA-box-binding protein

+
分子 #13: Transcription initiation factor IIA subunit 1

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.544551 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MANSANTNTV PKLYRSVIED VINDVRDIFL DDGVDEQVLM ELKTLWENKL MQSRAVDGFH SEEQQLLLQV QQQHQPQQQQ HHHHHHHQQ AQPQQTVPQQ AQTQQVLIPA SQQATAPQVI VPDSKLIQHM NASNMSAAAT AATLALPAGV TPVQQILTNS G QLLQVVRA ...文字列:
MANSANTNTV PKLYRSVIED VINDVRDIFL DDGVDEQVLM ELKTLWENKL MQSRAVDGFH SEEQQLLLQV QQQHQPQQQQ HHHHHHHQQ AQPQQTVPQQ AQTQQVLIPA SQQATAPQVI VPDSKLIQHM NASNMSAAAT AATLALPAGV TPVQQILTNS G QLLQVVRA ANGAQYIFQP QQSVVLQQQV IPQMQPGGVQ APVIQQVLAP LPGGISPQTG VIIQPQQILF TGNKTQVIPT TV AAPTPAQ AQITATGQQQ PQAQPAQTQA PLVLQVDGTG DTSSEEDEDE EEDYDDDEEE DKEKDGAEDG QVEEEPLNSE DDV SDEEGQ ELFDTENVVV CQYDKIHRSK NKWKFHLKDG IMNLNGRDYI FSKAIGDAEW

UniProtKB: Transcription initiation factor IIA subunit 1

+
分子 #14: Transcription initiation factor TFIID subunit 3

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 103.76932 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCESYSRSLL RVSVAQICQA LGWDSVQLSA CHLLTDVLQR YLQQLGRGCH RYSELYGRTD PILDDVGEAF QLMGVSLHEL EDYIHNIEP VTFPHQIPSF PVSKNNVLQF PQPGSKDAEE RKEYIPDYLP PIVSSQEEEE EEQVPTDGGT SAEAMQVPLE E DDELEEEE ...文字列:
MCESYSRSLL RVSVAQICQA LGWDSVQLSA CHLLTDVLQR YLQQLGRGCH RYSELYGRTD PILDDVGEAF QLMGVSLHEL EDYIHNIEP VTFPHQIPSF PVSKNNVLQF PQPGSKDAEE RKEYIPDYLP PIVSSQEEEE EEQVPTDGGT SAEAMQVPLE E DDELEEEE IINDENFLGK RPLDSPEAEE LPAMKRPRLL STKGDTLDVV LLEAREPLSS INTQKIPPML SPVHVQDSTD LA PPSPEPP MLAPVAKSQM PTAKPLETKS FTPKTKTKTS SPGQKTKSPK TAQSPAMVGS PIRSPKTVSK EKKSPGRSKS PKS PKSPKV TTHIPQTPVR PETPNRTPSA TLSEKISKET IQVKQIQTPP DAGKLNSENQ PKKAVVADKT IEASIDAVIA RACA EREPD PFEFSSGSES EGDIFTSPKR ISGPECTTPK ASTSANNFTK SGSTPLPLSG GTSSSDNSWT MDASIDEVVR KAKLG TPSN MPPNFPYISS PSVSPPTPEP LHKVYEEKTK LPSSVEVKKK LKKELKTKMK KKEKQRDRER EKDKNKDKSK EKDKVK EKE KDKETGRETK YPWKEFLKEE EADPYKFKIK EFEDVDPKVK LKDGLVRKEK EKHKDKKKDR EKGKKDKDKR EKEKVKD KG REDKMKAPAP PLVLPPKELA LPLFSPATAS RVPAMLPSLL PVLPEKLFEE KEKVKEKEKK KDKKEKKKKK EKEKEKKE K EREKEKRERE KREKEKEKHK HEKIKVEPVA LAPSPVIPRL TLRVGAGQDK IVISKVVPAP EAKPAPSQNR PKTPPPAPA PAPGPMLVSP APVPLPLLAQ AAAGPALLPS PGPAASGASA KAPVRSVVTE TVSTYVIRDE WGNQIWICPG CNKPDDGSPM IGCDDCDDW YHWPCVGIMT APPEEMQWFC PKCANKKKDK KHKKRKHRAH

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 3

+
分子 #15: Transcription initiation factor TFIID subunit 11

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.340094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDAHESPSD KGGETGESDE TAAVPGDPGA TDTDGIPEET DGDADVDLKE AAAEEGELES QDVSDLTTVE REDSSLLNPA AKKLKIDTK EKKEKKQKVD EDEIQKMQIL VSSFSEEQLN RYEMYRRSAF PKAAIKRLIQ SITGTSVSQN VVIAMSGISK V FVGEVVEE ...文字列:
MDDAHESPSD KGGETGESDE TAAVPGDPGA TDTDGIPEET DGDADVDLKE AAAEEGELES QDVSDLTTVE REDSSLLNPA AKKLKIDTK EKKEKKQKVD EDEIQKMQIL VSSFSEEQLN RYEMYRRSAF PKAAIKRLIQ SITGTSVSQN VVIAMSGISK V FVGEVVEE ALDVCEKWGE MPPLQPKHMR EAVRRLKSKG QIPNSKHKKI IFF

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 11

+
分子 #16: Transcription initiation factor TFIID subunit 13

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.307068 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADEEEDPTF EEENEEIGGG AEGGQGKRKR LFSKELRCMM YGFGDDQNPY TESVDILEDL VIEFITEMTH KAMSIGRQGR VQVEDIVFL IRKDPRKFAR VKDLLTMNEE LKRARKAFDE ANYGS

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 13

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64496
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7egi:
TFIID in rearranged conformation

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る