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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31106 | |||||||||
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タイトル | Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | |||||||||
![]() | The structure of Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | |||||||||
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![]() | Chromatin remodeler complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Chen ZC / Chen KJ | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 325.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 325.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | The structure of Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Chromatin remodeler complex SWI/SNF, Snf5 Finger Helix bound to t...
+超分子 #1: Chromatin remodeler complex SWI/SNF, Snf5 Finger Helix bound to t...
+超分子 #2: Snf5 Finger Helix
+超分子 #3: Histone
+超分子 #4: DNA
+分子 #1: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
+分子 #2: Histone H3.2
+分子 #3: Histone H4
+分子 #4: Histone H2A type 1
+分子 #5: Histone H2B 1.1
+分子 #6: DNA (235-MER)
+分子 #7: DNA (235-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 525389 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |