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- EMDB-30375: Cryo-EM Structure of Apple Latent Spherical Virus (ALSV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30375
タイトルCryo-EM Structure of Apple Latent Spherical Virus (ALSV)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Apple latent spherical virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP20 protein
    • タンパク質・ペプチド: VP24 protein
    • タンパク質・ペプチド: VP25 protein
キーワードCheravirus / capsid stabilization / genome release / single particle cryo-EM / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性: / : / : / Capsid protein Vp25 / Capsid protein Vp20 / Capsid protein Vp24 / virion component / Viral coat protein subunit / 108K polyprotein
機能・相同性情報
生物種Apple latent spherical virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Naitow H / Hamaguchi T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H04757 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24657111 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Apple latent spherical virus structure with stable capsid frame supports quasi-stable protrusions expediting genome release.
著者: Hisashi Naitow / Tasuku Hamaguchi / Saori Maki-Yonekura / Masamichi Isogai / Nobuyuki Yoshikawa / Koji Yonekura /
要旨: Picorna-like plant viruses are non-enveloped RNA spherical viruses of ~30 nm. Part of the survival of these viruses depends on their capsid being stable enough to harbour the viral genome and yet ...Picorna-like plant viruses are non-enveloped RNA spherical viruses of ~30 nm. Part of the survival of these viruses depends on their capsid being stable enough to harbour the viral genome and yet malleable enough to allow its release. However, molecular mechanisms remain obscure. Here, we report a structure of a picorna-like plant virus, apple latent spherical virus, at 2.87 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with a cold-field emission beam. The cryo-EM map reveals a unique structure composed of three capsid proteins Vp25, Vp20, and Vp24. Strikingly Vp25 has a long N-terminal extension, which substantially stabilises the capsid frame of Vp25 and Vp20 subunits. Cryo-EM images also resolve RNA genome leaking from a pentameric protrusion of Vp24 subunits. The structures and observations suggest that genome release occurs through occasional opening of the Vp24 subunits, possibly suppressed to a low frequency by the rigid frame of the other subunits.
履歴
登録2020年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7chk
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7chk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30375.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 512 pix.
= 634.88 Å		1.24 Å/pix.
x 512 pix.
= 634.88 Å		1.24 Å/pix.
x 512 pix.
= 634.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0394385 - 0.08309689
平均 (標準偏差)-0.0000310393 (±0.0038638904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 634.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z634.880634.880634.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0390.083-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apple latent spherical virus

全体名称: Apple latent spherical virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Apple latent spherical virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP20 protein
    • タンパク質・ペプチド: VP24 protein
    • タンパク質・ペプチド: VP25 protein

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超分子 #1: Apple latent spherical virus

超分子名称: Apple latent spherical virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: ALSV was purified and isolated from infected Chenopodium quinoa leaf.
NCBI-ID: 101688 / 生物種: Apple latent spherical virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Malus domestica (リンゴ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: VP20 protein

分子名称: VP20 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス)
分子量理論値: 19.957994 KDa
配列文字列:
GACLSIPNFP VHITGKTQQL HVGPKPSIAR FSFNPFDLGT VFNRFQSLCA HLEGYSGDLI VNWLVTCSAL TNARLYIIPV YDNYSFEKF SEEKLIQCKY EFKQISLVRK GTVHIPFVNW FGSYSRTRFP KLLFYFPNGV SGPSGEKIHV TVQLDRILNF S GLGHRLFK EIGPLVGE

UniProtKB: 108K polyprotein

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分子 #2: VP24 protein

分子名称: VP24 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス)
分子量理論値: 21.575467 KDa
配列文字列: GSDPFSFLLN YSHCGTLVES SLNKGGMWCV PVSPVNLAAY TLQGEALVFN DAFVSKTHNW LHFMASTTAY WRGTLHYQMR VTYKDRNAA CRNLVAFYTT NNESLFGFNN KPVGDTGISS VMGDSFSVDI TVPFLIPTCY LQTIRGKFDY LNSCNGCIYF H LPTKSATS ...文字列:
GSDPFSFLLN YSHCGTLVES SLNKGGMWCV PVSPVNLAAY TLQGEALVFN DAFVSKTHNW LHFMASTTAY WRGTLHYQMR VTYKDRNAA CRNLVAFYTT NNESLFGFNN KPVGDTGISS VMGDSFSVDI TVPFLIPTCY LQTIRGKFDY LNSCNGCIYF H LPTKSATS VQLWVRPGQD FDFARFRLLK AGYT

UniProtKB: 108K polyprotein

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分子 #3: VP25 protein

分子名称: VP25 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス)
分子量理論値: 24.098459 KDa
配列文字列: GPDFTKIIWP TVVERNFSNP QSEITTTLQE LYGDTFETVS ICPPQSYGGE LLKGKIFFSS TPEFTREDLV EGKILASFKL DEVLSGLGM GAMLMTQIMS GHATIRVSAK VMLSKFCSFA LKLVYDELMQ LNSDTTDFGK ISVLPGAIFS TQEEEFSFDF E LFSPGVHL ...文字列:
GPDFTKIIWP TVVERNFSNP QSEITTTLQE LYGDTFETVS ICPPQSYGGE LLKGKIFFSS TPEFTREDLV EGKILASFKL DEVLSGLGM GAMLMTQIMS GHATIRVSAK VMLSKFCSFA LKLVYDELMQ LNSDTTDFGK ISVLPGAIFS TQEEEFSFDF E LFSPGVHL KFDNNKLLGK VHLAALSAPN LTENMPESFS CTFNFSIVDV KTTFYNIGQ

UniProtKB: 108K polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 構成要素:
濃度式
0.1 MTris-HCl
0.1 MNaCl
5.0 mMMgCl
糖包埋材質: ice
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
詳細In practice, the sample concentration is 1-2 mg/ml.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 8.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8018
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7chk:
Cryo-EM Structure of Apple Latent Spherical Virus (ALSV)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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