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万見
- EMDB-30199: Cryo-EM reconstruction of PEGylated full-length NOD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30199
タイトルCryo-EM reconstruction of PEGylated full-length NOD2
マップデータ
試料
  • 複合体: NOD2 complexed with ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of muramyl dipeptide / muramyl dipeptide binding / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / regulation of appetite / intestinal stem cell homeostasis / maintenance of gastrointestinal epithelium / positive regulation of mitophagy / antibacterial innate immune response / positive regulation of B cell activation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination ...detection of muramyl dipeptide / muramyl dipeptide binding / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / regulation of appetite / intestinal stem cell homeostasis / maintenance of gastrointestinal epithelium / positive regulation of mitophagy / antibacterial innate immune response / positive regulation of B cell activation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of type 2 immune response / CARD domain binding / positive regulation of cytokine production involved in immune response / peptidoglycan binding / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / extrinsic component of plasma membrane / temperature homeostasis / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interleukin-17 production / response to muramyl dipeptide / canonical NF-kappaB signal transduction / detection of bacterium / phagocytic vesicle / Hsp70 protein binding / ubiquitin binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / Hsp90 protein binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ADP binding / autophagy / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / actin binding / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / basolateral plasma membrane / adaptive immune response / cytoskeleton / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / protein kinase binding / protein-containing complex binding / cell surface / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat ...: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang Z / Ohto U / Shimizu T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Improving particle quality in cryo-EM analysis using a PEGylation method.
著者: Zhikuan Zhang / Hideki Shigematsu / Toshiyuki Shimizu / Umeharu Ohto /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is widely used for structural biology studies and has been developed extensively in recent years. However, its sample vitrification process is a major limitation ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is widely used for structural biology studies and has been developed extensively in recent years. However, its sample vitrification process is a major limitation because it causes severe particle aggregation and/or denaturation. This effect is thought to occur because particles tend to stick to the "deadly" air-water interface during vitrification. Here, we report a method for PEGylation of proteins that can efficiently protect particles against such problems during vitrification. This method alleviates the laborious process of fine-tuning the vitrification conditions, allowing for analysis of samples that would otherwise be discarded.
履歴
登録2020年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月16日-
マップ公開2021年6月16日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 160 pix.
= 182.6 Å		1.14 Å/pix.
x 160 pix.
= 182.6 Å		1.14 Å/pix.
x 160 pix.
= 182.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14125 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.08931723 - 0.13156876
平均 (標準偏差)-2.020651e-05 (±0.004678156)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 182.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141251.141251.14125
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z182.600182.600182.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-250-250-250
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0890.132-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NOD2 complexed with ADP

全体名称: NOD2 complexed with ADP
要素
  • 複合体: NOD2 complexed with ADP

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超分子 #1: NOD2 complexed with ADP

超分子名称: NOD2 complexed with ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143074
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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