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万見
- EMDB-30136: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30136
タイトルMature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12
マップデータMature phage GP12
試料
  • 複合体: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12
    • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp12
キーワードphage / portal / mature / protein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / Tail tubular protein gp12
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chen WY / Xiao H
資金援助2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971122
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570742
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation.
著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
履歴
登録2020年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7boy
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7boy
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30136.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mature phage GP12
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.27 Å/pix.
x 352 pix.
= 447.04 Å		1.27 Å/pix.
x 352 pix.
= 447.04 Å		1.27 Å/pix.
x 352 pix.
= 447.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-14.838167 - 33.232543999999997
平均 (標準偏差)0.034514226 (±0.6505986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 447.03998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z447.040447.040447.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-14.83833.2330.035

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12

全体名称: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12
要素
  • 複合体: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12
    • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp12

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超分子 #1: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12

超分子名称: Mature bacteriorphage t7 tail nozzle protein gp12 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)

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分子 #1: Tail tubular protein gp12

分子名称: Tail tubular protein gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 89.480594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MALISQSIKN LKGGISQQPD ILRYPDQGSR QVNGWSSETE GLQKRPPLVF LNTLGDNGAL GQAPYIHLIN RDEHEQYYAV FTGSGIRVF DLSGNEKQVR YPNGSNYIKT ANPRNDLRMV TVADYTFIVN RNVVAQKNTK SVNLPNYNPN QDGLINVRGG Q YGRELIVH ...文字列:
MALISQSIKN LKGGISQQPD ILRYPDQGSR QVNGWSSETE GLQKRPPLVF LNTLGDNGAL GQAPYIHLIN RDEHEQYYAV FTGSGIRVF DLSGNEKQVR YPNGSNYIKT ANPRNDLRMV TVADYTFIVN RNVVAQKNTK SVNLPNYNPN QDGLINVRGG Q YGRELIVH INGKDVAKYK IPDGSQPEHV NNTDAQWLAE ELAKQMRTNL SDWTVNVGQG FIHVTAPSGQ QIDSFTTKDG YA DQLINPV THYAQSFSKL PPNAPNGYMV KIVGDASKSA DQYYVRYDAE RKVWTETLGW NTEDQVLWET MPHALVRAAD GNF DFKWLE WSPKSCGDVD TNPWPSFVGS SINDVFFFRN RLGFLSGENI ILSRTAKYFN FYPASIANLS DDDPIDVAVS TNRI AILKY AVPFSEELLI WSDEAQFVLT ASGTLTSKSV ELNLTTQFDV QDRARPFGIG RNVYFASPRS SFTSIHRYYA VQDVS SVKN AEDITSHVPN YIPNGVFSIC GSGTENFCSV LSHGDPSKIF MYKFLYLNEE LRQQSWSHWD FGENVQVLAC QSISSD MYV ILRNEFNTFL ARISFTKNAI DLQGEPYRAF MDMKIRYTIP SGTYNDDTFT TSIHIPTIYG ANFGRGKITV LEPDGKI TV FEQPTAGWNS DPWLRLSGNL EGRMVYIGFN INFVYEFSKF LIKQTADDGS TSTEDIGRLQ LRRAWVNYEN SGTFDIYV E NQSSNWKYTM AGARLGSNTL RAGRLNLGTG QYRFPVVGNA KFNTVYILSD ETTPLNIIGC GWEGNYLRRS SGI

UniProtKB: Tail tubular protein gp12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 24.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55212
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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