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- EMDB-2925: Cryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10-Ub complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2925
タイトルCryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10-Ub complex.
マップデータCryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10-Ub complex.
試料
  • 試料: Recombinant human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10LR-Ub complex
  • タンパク質・ペプチド: x 18種
キーワードUbiquitination / Cell cycle.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of exit from mitosis / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase ...negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of exit from mitosis / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / positive regulation of synaptic plasticity / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / protein branched polyubiquitination / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / regulation of exit from mitosis / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / exit from mitosis / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitotic metaphase chromosome alignment / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin-like protein ligase binding / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin ligase complex / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / intercellular bridge / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / G protein-coupled receptor binding / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / kinetochore / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / spindle / protein polyubiquitination / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / protein ubiquitination / negative regulation of gene expression / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / : / : / Cullin / Tetratricopeptide repeat / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / Cell division cycle protein 27 homolog / APC/C activator protein CDH1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / Cell division cycle protein 27 homolog / APC/C activator protein CDH1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Chang L / Zhang Z / Yang J / McLaughlin SH / Barford D
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of the APC/C and its mechanism of protein ubiquitination.
著者: Leifu Chang / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the mitotic checkpoint complex and interphase early mitotic inhibitor 1 (Emi1) ensures the correct order and timing of distinct cell-cycle transitions. Here we use cryo-electron microscopy to determine atomic structures of APC/C-coactivator complexes with either Emi1 or a UbcH10-ubiquitin conjugate. These structures define the architecture of all APC/C subunits, the position of the catalytic module and explain how Emi1 mediates inhibition of the two E2s UbcH10 and Ube2S. Definition of Cdh1 interactions with the APC/C indicates how they are antagonized by Cdh1 phosphorylation. The structure of the APC/C with UbcH10-ubiquitin reveals insights into the initiating ubiquitination reaction. Our results provide a quantitative framework for the design of future experiments to investigate APC/C functions in vivo.
履歴
登録2015年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年6月17日-
更新2015年11月18日-
現状2015年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5a31
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2925.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10-Ub complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 200 pix.
= 354. Å		1.77 Å/pix.
x 200 pix.
= 354. Å		1.77 Å/pix.
x 200 pix.
= 354. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.07 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.13345481 - 0.39743313
平均 (標準偏差)0.0046843 (±0.02312339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 354.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.771.771.77
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z354.000354.000354.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1330.3970.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10LR-Ub complex

全体名称: Recombinant human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10LR-Ub complex
要素
  • 試料: Recombinant human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10LR-Ub complex
  • タンパク質・ペプチド: Apc1
  • タンパク質・ペプチド: Apc2
  • タンパク質・ペプチド: Apc3
  • タンパク質・ペプチド: Apc4
  • タンパク質・ペプチド: Apc5
  • タンパク質・ペプチド: Apc6
  • タンパク質・ペプチド: Apc7
  • タンパク質・ペプチド: Apc8
  • タンパク質・ペプチド: Apc10
  • タンパク質・ペプチド: Apc11
  • タンパク質・ペプチド: Apc12
  • タンパク質・ペプチド: Apc13
  • タンパク質・ペプチド: Apc15
  • タンパク質・ペプチド: Apc16
  • タンパク質・ペプチド: Cdh1
  • タンパク質・ペプチド: Hsl1
  • タンパク質・ペプチド: E2-ubiquitin conjugate
  • タンパク質・ペプチド: UbcH10-ubiquitin

+
超分子 #1000: Recombinant human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10LR-Ub complex

超分子名称: Recombinant human APC/C-Cdh1-Hsl1-UbcH10LR-Ub complex
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 18
分子量実験値: 1.2 MDa / 理論値: 1.2 MDa

+
分子 #1: Apc1

分子名称: Apc1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #2: Apc2

分子名称: Apc2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #3: Apc3

分子名称: Apc3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #4: Apc4

分子名称: Apc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #5: Apc5

分子名称: Apc5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #6: Apc6

分子名称: Apc6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #7: Apc7

分子名称: Apc7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #8: Apc8

分子名称: Apc8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #9: Apc10

分子名称: Apc10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #10: Apc11

分子名称: Apc11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #11: Apc12

分子名称: Apc12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #12: Apc13

分子名称: Apc13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #13: Apc15

分子名称: Apc15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #14: Apc16

分子名称: Apc16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #15: Cdh1

分子名称: Cdh1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #16: Hsl1

分子名称: Hsl1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #17: E2-ubiquitin conjugate

分子名称: E2-ubiquitin conjugate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #18: UbcH10-ubiquitin

分子名称: UbcH10-ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil grid with thin carbon support.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2014年7月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 19939

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1i7k


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5a31:
Structure of the human APC-Cdh1-Hsl1-UbcH10 complex.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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