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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM analysis of the human aldehyde oxidase from liver | |||||||||
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![]() | Aldehyde oxidase / AOX1 / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; 酸素を電子受容体とする / aldehyde oxidase / aldehyde oxidase activity / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / molybdopterin cofactor binding / xenobiotic metabolic process / FAD binding / lipid metabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding ...酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; 酸素を電子受容体とする / aldehyde oxidase / aldehyde oxidase activity / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / molybdopterin cofactor binding / xenobiotic metabolic process / FAD binding / lipid metabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
![]() | Su C / Lyu M / Zhang Z / Yu EW | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution structural-omics of human liver enzymes. 著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Wei Huang / Derek J Taylor / Edward W Yu / ![]() 要旨: We applied raw human liver microsome lysate to a holey carbon grid and used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define its composition. From this sample we identified and simultaneously determined ...We applied raw human liver microsome lysate to a holey carbon grid and used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define its composition. From this sample we identified and simultaneously determined high-resolution structural information for ten unique human liver enzymes involved in diverse cellular processes. Notably, we determined the structure of the endoplasmic bifunctional protein H6PD, where the N- and C-terminal domains independently possess glucose-6-phosphate dehydrogenase and 6-phosphogluconolactonase enzymatic activity, respectively. We also obtained the structure of heterodimeric human GANAB, an ER glycoprotein quality-control machinery that contains a catalytic α subunit and a noncatalytic β subunit. In addition, we observed a decameric peroxidase, PRDX4, which directly contacts a disulfide isomerase-related protein, ERp46. Structural data suggest that several glycosylations, bound endogenous compounds, and ions associate with these human liver enzymes. These results highlight the importance of cryo-EM in facilitating the elucidation of human organ proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 153.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 103 MB 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 97.3 MB 97.3 MB 95.7 MB 95.7 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8emtMC ![]() 7uzmC ![]() 8ekwC ![]() 8ekyC ![]() 8em2C ![]() 8emrC ![]() 8emsC ![]() 8eneC ![]() 8eojC ![]() 8eorC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement Foused on chainA
ファイル | emd_28264_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement Foused on chainA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refinement Foused on chainB
ファイル | emd_28264_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refinement Foused on chainB | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map of Local refinement Foused on chainB
ファイル | emd_28264_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Local refinement Foused on chainB | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: half map of Local refinement Foused on chainB
ファイル | emd_28264_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Local refinement Foused on chainB | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of Local refinement Foused on chainA
ファイル | emd_28264_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Local refinement Foused on chainA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of Local refinement Foused on chainA
ファイル | emd_28264_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Local refinement Foused on chainA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Aldehyde oxidase
全体 | 名称: Aldehyde oxidase |
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要素 |
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-超分子 #1: Aldehyde oxidase
超分子 | 名称: Aldehyde oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Aldehyde oxidase
分子 | 名称: Aldehyde oxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde oxidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 148.0965 KDa |
配列 | 文字列: MDRASELLFY VNGRKVIEKN VDPETMLLPY LRKKLRLTGT KYGCGGGGCG ACTVMISRYN PITKRIRHHP ANACLIPICS LYGAAVTTV EGIGSTHTRI HPVQERIAKC HGTQCGFCTP GMVMSIYTLL RNHPEPTLDQ LTDALGGNLC RCTGYRPIID A CKTFCKTS ...文字列: MDRASELLFY VNGRKVIEKN VDPETMLLPY LRKKLRLTGT KYGCGGGGCG ACTVMISRYN PITKRIRHHP ANACLIPICS LYGAAVTTV EGIGSTHTRI HPVQERIAKC HGTQCGFCTP GMVMSIYTLL RNHPEPTLDQ LTDALGGNLC RCTGYRPIID A CKTFCKTS GCCQSKENGV CCLDQGINGL PEFEEGSKTS PKLFAEEEFL PLDPTQELIF PPELMIMAEK QSQRTRVFGS ER MMWFSPV TLKELLEFKF KYPQAPVIMG NTSVGPEVKF KGVFHPVIIS PDRIEELSVV NHAYNGLTLG AGLSLAQVKD ILA DVVQKL PEEKTQMYHA LLKHLGTLAG SQIRNMASLG GHIISRHPDS DLNPILAVGN CTLNLLSKEG KRQIPLNEQF LSKC PNADL KPQEILVSVN IPYSRKWEFV SAFRQAQRQE NALAIVNSGM RVFFGEGDGI IRELCISYGG VGPATICAKN SCQKL IGRH WNEQMLDIAC RLILNEVSLL GSAPGGKVEF KRTLIISFLF KFYLEVSQIL KKMDPVHYPS LADKYESALE DLHSKH HCS TLKYQNIGPK QHPEDPIGHP IMHLSGVKHA TGEAIYCDDM PLVDQELFLT FVTSSRAHAK IVSIDLSEAL SMPGVVD IM TAEHLSDVNS FCFFTEAEKF LATDKVFCVG QLVCAVLADS EVQAKRAAKR VKIVYQDLEP LILTIEESIQ HNSSFKPE R KLEYGNVDEA FKVVDQILEG EIHMGGQEHF YMETQSMLVV PKGEDQEMDV YVSTQFPKYI QDIVASTLKL PANKVMCHV RRVGGAFGGK VLKTGIIAAV TAFAANKHGR AVRCVLERGE DMLITGGRHP YLGKYKAGFM NDGRILALDM EHYSNAGASL DESLFVIEM GLLKMDNAYK FPNLRCRGWA CRTNLPSNTA FRGFGFPQAA LITESCITEV AAKCGLSPEK VRIINMYKEI D QTPYKQEI NAKNLIQCWR ECMAMSSYSL RKVAVEKFNA ENYWKKKGLA MVPLKFPVGL GSRAAGQAAA LVHIYLDGSV LV THGGIEM GQGVHTKMIQ VVSRELRMPM SNVHLRGTST ETVPNANISG GSVVADLNGL AVKDACQTLL KRLEPIISKN PKG TWKDWA QTAFDESINL SAVGYFRGYE SDMNWEKGEG QPFEYFVYGA ACSEVEIDCL TGDHKNIRTD IVMDVGCSIN PAID IGQIE GAFIQGMGLY TIEELNYSPQ GILHTRGPDQ YKIPAICDMP TELHIALLPP SQNSNTLYSS KGLGESGVFL GCSVF FAIH DAVSAARQER GLHGPLTLNS PLTPEKIRMA CEDKFTKMIP RDEPGSYVPW NVPI UniProtKB: Aldehyde oxidase |
-分子 #2: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子 | 名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FES |
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分子量 | 理論値: 175.82 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FES: |
-分子 #3: PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A...
分子 | 名称: PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MTE |
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分子量 | 理論値: 395.352 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MTE: |
-分子 #4: DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION
分子 | 名称: DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MOS |
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分子量 | 理論値: 161.012 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MOS: |
-分子 #5: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 41.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185973 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |