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万見
- EMDB-28465: Liver carboxylesterase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28465
タイトルLiver carboxylesterase 1
マップデータ
試料
  • 複合体: Liver carboxylesterase 1
    • タンパク質・ペプチド: Liver carboxylesterase 1
  • リガンド: ETHYL ACETATE
キーワードcarboxylesterase / human liver / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity ...cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity / regulation of bile acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to cholesterol / reverse cholesterol transport / Phase I - Functionalization of compounds / carboxylic ester hydrolase activity / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of cholesterol storage / Aspirin ADME / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / lipid catabolic process / lipid droplet / epithelial cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Liver carboxylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Zhang Z / Yu E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: High-resolution structural-omics of human liver enzymes.
著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Wei Huang / Derek J Taylor / Edward W Yu /
要旨: We applied raw human liver microsome lysate to a holey carbon grid and used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define its composition. From this sample we identified and simultaneously determined ...We applied raw human liver microsome lysate to a holey carbon grid and used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to define its composition. From this sample we identified and simultaneously determined high-resolution structural information for ten unique human liver enzymes involved in diverse cellular processes. Notably, we determined the structure of the endoplasmic bifunctional protein H6PD, where the N- and C-terminal domains independently possess glucose-6-phosphate dehydrogenase and 6-phosphogluconolactonase enzymatic activity, respectively. We also obtained the structure of heterodimeric human GANAB, an ER glycoprotein quality-control machinery that contains a catalytic α subunit and a noncatalytic β subunit. In addition, we observed a decameric peroxidase, PRDX4, which directly contacts a disulfide isomerase-related protein, ERp46. Structural data suggest that several glycosylations, bound endogenous compounds, and ions associate with these human liver enzymes. These results highlight the importance of cryo-EM in facilitating the elucidation of human organ proteomics at the atomic level.
履歴
登録2022年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-2.1599586 - 3.0431516
平均 (標準偏差)-0.00045653922 (±0.06072187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_28465_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28465_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28465_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Liver carboxylesterase 1

全体名称: Liver carboxylesterase 1
要素
  • 複合体: Liver carboxylesterase 1
    • タンパク質・ペプチド: Liver carboxylesterase 1
  • リガンド: ETHYL ACETATE

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超分子 #1: Liver carboxylesterase 1

超分子名称: Liver carboxylesterase 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Liver carboxylesterase 1

分子名称: Liver carboxylesterase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: carboxylesterase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.587773 KDa
配列文字列: MWLRAFILAT LSASAAWGHP SSPPVVDTVH GKVLGKFVSL EGFAQPVAIF LGIPFAKPPL GPLRFTPPQP AEPWSFVKNA TSYPPMCTQ DPKAGQLLSE LFTNRKENIP LKLSEDCLYL NIYTPADLTK KNRLPVMVWI HGGGLMVGAA STYDGLALAA H ENVVVVTI ...文字列:
MWLRAFILAT LSASAAWGHP SSPPVVDTVH GKVLGKFVSL EGFAQPVAIF LGIPFAKPPL GPLRFTPPQP AEPWSFVKNA TSYPPMCTQ DPKAGQLLSE LFTNRKENIP LKLSEDCLYL NIYTPADLTK KNRLPVMVWI HGGGLMVGAA STYDGLALAA H ENVVVVTI QYRLGIWGFF STGDEHSRGN WGHLDQVAAL RWVQDNIASF GGNPGSVTIF GESAGGESVS VLVLSPLAKN LF HRAISES GVALTSVLVK KGDVKPLAEQ IAITAGCKTT TSAVMVHCLR QKTEEELLET TLKMKFLSLD LQGDPRESQP LLG TVIDGM LLLKTPEELQ AERNFHTVPY MVGINKQEFG WLIPMQLMSY PLSEGQLDQK TAMSLLWKSY PLVCIAKELI PEAT EKYLG GTDDTVKKKD LFLDLIADVM FGVPSVIVAR NHRDAGAPTY MYEFQYRPSF SSDMKPKTVI GDHGDELFSV FGAPF LKEG ASEEEIRLSK MVMKFWANFA RNGNPNGEGL PHWPEYNQKE GYLQIGANTQ AAQKLKDKEV AFWTNLFAKK AVEKPP QTE HIEL

UniProtKB: Liver carboxylesterase 1

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分子 #3: ETHYL ACETATE

分子名称: ETHYL ACETATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: EEE
分子量理論値: 88.105 Da
Chemical component information

ChemComp-EEE:
ETHYL ACETATE / 酢酸エチル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 41.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.291 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.17 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 210633
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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