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万見
- EMDB-23708: ATP-bound AMP-activated protein kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23708
タイトルATP-bound AMP-activated protein kinase
マップデータ
試料
  • 複合体: MBP-fused ATP bound AMPK in complex with C-compound stabilized by Fab and a nanobody
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 4種
キーワードAMPK / activation / ATP-binding / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / protein kinase regulator activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation ...AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / protein kinase regulator activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / Macroautophagy / AMP binding / carbohydrate transmembrane transporter activity / positive regulation of protein kinase activity / cellular response to nutrient levels / cellular response to glucose starvation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of gluconeogenesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / ADP binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / periplasmic space / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...: / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Yan Y / Mukherjee S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM129436 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structure of an AMPK complex in an inactive, ATP-bound state.
著者: Yan Yan / Somnath Mukherjee / Kaleeckal G Harikumar / Timothy S Strutzenberg / X Edward Zhou / Kelly Suino-Powell / Ting-Hai Xu / Ryan D Sheldon / Jared Lamp / Joseph S Brunzelle / Katarzyna ...著者: Yan Yan / Somnath Mukherjee / Kaleeckal G Harikumar / Timothy S Strutzenberg / X Edward Zhou / Kelly Suino-Powell / Ting-Hai Xu / Ryan D Sheldon / Jared Lamp / Joseph S Brunzelle / Katarzyna Radziwon / Abigail Ellis / Scott J Novick / Irving E Vega / Russell G Jones / Laurence J Miller / H Eric Xu / Patrick R Griffin / Anthony A Kossiakoff / Karsten Melcher /
要旨: Adenosine monophosphate (AMP)-activated protein kinase (AMPK) regulates metabolism in response to the cellular energy states. Under energy stress, AMP stabilizes the active AMPK conformation, in ...Adenosine monophosphate (AMP)-activated protein kinase (AMPK) regulates metabolism in response to the cellular energy states. Under energy stress, AMP stabilizes the active AMPK conformation, in which the kinase activation loop (AL) is protected from protein phosphatases, thus keeping the AL in its active, phosphorylated state. At low AMP:ATP (adenosine triphosphate) ratios, ATP inhibits AMPK by increasing AL dynamics and accessibility. We developed conformation-specific antibodies to trap ATP-bound AMPK in a fully inactive, dynamic state and determined its structure at 3.5-angstrom resolution using cryo-electron microscopy. A 180° rotation and 100-angstrom displacement of the kinase domain fully exposes the AL. On the basis of the structure and supporting biophysical data, we propose a multistep mechanism explaining how adenine nucleotides and pharmacological agonists modulate AMPK activity by altering AL phosphorylation and accessibility.
履歴
登録2021年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7m74
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.84 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.84 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.011854566 - 0.03116666
平均 (標準偏差)0.00021865858 (±0.0013628452)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 231.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8280.8280.828
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.840231.840231.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0120.0310.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MBP-fused ATP bound AMPK in complex with C-compound stabilized by...

全体名称: MBP-fused ATP bound AMPK in complex with C-compound stabilized by Fab and a nanobody
要素
  • 複合体: MBP-fused ATP bound AMPK in complex with C-compound stabilized by Fab and a nanobody
    • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin ABC transporter substrate-binding protein MalE
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody
  • リガンド: 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: MBP-fused ATP bound AMPK in complex with C-compound stabilized by...

超分子名称: MBP-fused ATP bound AMPK in complex with C-compound stabilized by Fab and a nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1

分子名称: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.004395 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VKIGHYILGD TLGVGTFGKV KVGKHELTGH KVAVKILNRQ KIRSLDVVGK IRREIQNLKL FRHPHIIKLY QVISTPSDIF MVMEYVSGG ELFDYICKNG RLDEKESRRL FQQILSGVDY CHRHMVVHRD LKPENVLLDA HMNAKIADFG LSNMMSDGEF L RTSCGSPN ...文字列:
VKIGHYILGD TLGVGTFGKV KVGKHELTGH KVAVKILNRQ KIRSLDVVGK IRREIQNLKL FRHPHIIKLY QVISTPSDIF MVMEYVSGG ELFDYICKNG RLDEKESRRL FQQILSGVDY CHRHMVVHRD LKPENVLLDA HMNAKIADFG LSNMMSDGEF L RTSCGSPN YAAPEVISGR LYAGPEVDIW SSGVILYALL CGTLPFDDDH VPTLFKKICD GIFYTPQYLN PSVISLLKHM LQ VDPMKRA TIKDIREHEW FKQDLPKYLF PEDPSYSSTM IDDEALKEVC EKFECSEEEV LSCLYNRNHQ DPLAVAYHLI IDN RRIMNE AKDFYLATSP PDSFLDDHHL TRPHPERVPF LVAETPRARH TLDELNPQKS KHQGVRKAKW HLGIRSQSRP NDIM AEVCR AIKQLDYEWK VVNPYYLRVR RKNPVTSTYS KMSLQLYQVD SRTYLLDFRS IDDELTPRPG SHTIEFFEMC ANLIK ILAQ

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分子 #2: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2

分子名称: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.38465 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MARPTVIRWS EGGKEVFISG SFNNWSTKIP LIKSHNDFVA ILDLPEGEHQ YKFFVDGQWV HDPSEPVVTS QLGTINNLIH VKKSDFEVF DALKLDSMES SETSCRDLSS SPPGPYGQEM YAFRSAARFK SPPILPPHLL QVILNKDTNI SCDPALLPEP N HVMLNHLY ...文字列:
MARPTVIRWS EGGKEVFISG SFNNWSTKIP LIKSHNDFVA ILDLPEGEHQ YKFFVDGQWV HDPSEPVVTS QLGTINNLIH VKKSDFEVF DALKLDSMES SETSCRDLSS SPPGPYGQEM YAFRSAARFK SPPILPPHLL QVILNKDTNI SCDPALLPEP N HVMLNHLY ALSIKDSVMV LSATHRYKKK YVTTLLYKPI

UniProtKB: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2

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分子 #3: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1

分子名称: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.833359 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSNNSVYTS FMKSHRCYDL IPTSSKLVVF DTSLQVKKAF FALVTNGVRA APLWDSKKQS FVGMLTITDF INILHRYYKS ALVQIYELE EHKIETWREV YLQDSFKPLV CISPNASLFD AVSSLIRNKI HRLPVIDPES GNTLYILTHK RILKFLKLFI T EFPKPEFM ...文字列:
MGSNNSVYTS FMKSHRCYDL IPTSSKLVVF DTSLQVKKAF FALVTNGVRA APLWDSKKQS FVGMLTITDF INILHRYYKS ALVQIYELE EHKIETWREV YLQDSFKPLV CISPNASLFD AVSSLIRNKI HRLPVIDPES GNTLYILTHK RILKFLKLFI T EFPKPEFM SKSLEELQIG TYANIAMVRT TTPVYVALGI FVQHRVSALP VVDEKGRVVD IYSKFDVINL AAEKTYNNLD VS VTKALQH RSHYFEGVLK CYLHETLETI INRLVEAEVH RLVVVDENDV VKGIVSLSDI LQALVLTGG

UniProtKB: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1

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分子 #4: Maltose/maltodextrin ABC transporter substrate-binding protein MalE

分子名称: Maltose/maltodextrin ABC transporter substrate-binding protein MalE
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 40.827125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPAAAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT W PLIAADGG ...文字列:
MAKIEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPAAAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL MFNLQEPYFT W PLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLIKNKHMNA DTDYSIAEAA FNKGETAMTI NGPWAWSNID TS AVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEFLENYLL TDEGLEAVNK DKPLGAVALK SYEEELAKDP RIA ATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDEALKDA QTNAAEF

UniProtKB: Maltodextrin-binding protein

+
分子 #5: Fab light chain

分子名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.794248 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QMTQSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQSVSSA VAWYQQKPGK APKLLIYSAS SLYSGVPSRF SGSRSGTDFT LTISSLQPED FATYYCQQS SSGPITFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DSQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE S VTEQDSKD ...文字列:
QMTQSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQSVSSA VAWYQQKPGK APKLLIYSAS SLYSGVPSRF SGSRSGTDFT LTISSLQPED FATYYCQQS SSGPITFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DSQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE S VTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGE

+
分子 #6: Fab heavy chain

分子名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.466369 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNIY YYSIHWVRQA PGKGLEWVAS IYPYSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARY YPYFISYYSK MEAMDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNIY YYSIHWVRQA PGKGLEWVAS IYPYSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARY YPYFISYYSK MEAMDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS

+
分子 #7: Nanobody

分子名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.159438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGRTIS RYAMSWFRQA PGKEREFVAV ARRSGDGAFY ADSVQGRFTV SRDDAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCAID SDTFYSGSYD YWGQGTQVTV S

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分子 #9: 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a...

分子名称: 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: TAK
分子量理論値: 399.488 Da
Chemical component information

ChemComp-TAK:
6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine / ドルソモルフィン

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #12: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3918314
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4rer

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 569379
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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