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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23319 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Han J / Freyn AW / Turner HL / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Influenza hemagglutinin-specific IgA Fc-effector functionality is restricted to stalk epitopes. 著者: Alec W Freyn / Julianna Han / Jenna J Guthmiller / Mark J Bailey / Karlynn Neu / Hannah L Turner / Victoria C Rosado / Veronika Chromikova / Min Huang / Shirin Strohmeier / Sean T H Liu / ...著者: Alec W Freyn / Julianna Han / Jenna J Guthmiller / Mark J Bailey / Karlynn Neu / Hannah L Turner / Victoria C Rosado / Veronika Chromikova / Min Huang / Shirin Strohmeier / Sean T H Liu / Viviana Simon / Florian Krammer / Andrew B Ward / Peter Palese / Patrick C Wilson / Raffael Nachbagauer / 要旨: In this study, we utilized a panel of human immunoglobulin (Ig) IgA monoclonal antibodies isolated from the plasmablasts of eight donors after 2014/2015 influenza virus vaccination (Fluarix) to study ...In this study, we utilized a panel of human immunoglobulin (Ig) IgA monoclonal antibodies isolated from the plasmablasts of eight donors after 2014/2015 influenza virus vaccination (Fluarix) to study the binding and functional specificities of this isotype. In this cohort, isolated IgA monoclonal antibodies were primarily elicited against the hemagglutinin protein of the H1N1 component of the vaccine. To compare effector functionalities, an H1-specific subset of antibodies targeting distinct epitopes were expressed as monomeric, dimeric, or secretory IgA, as well as in an IgG1 backbone. When expressed with an IgG Fc domain, all antibodies elicited Fc-effector activity in a primary polymorphonuclear cell-based assay which differs from previous observations that found only stalk-specific antibodies activate the low-affinity FcγRIIIa. However, when expressed with IgA Fc domains, only antibodies targeting the stalk domain showed Fc-effector activity in line with these previous findings. To identify the cause of this discrepancy, we then confirmed that IgG signaling through the high-affinity FcγI receptor was not restricted to stalk epitopes. Since no corresponding high-affinity Fcα receptor exists, the IgA repertoire may therefore be limited to stalk-specific epitopes in the context of Fc receptor signaling. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23319.map.gz | 118.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23319-v30.xml emd-23319.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23319_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23319.png | 217.6 KB | ||
マスクデータ | emd_23319_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23319_half_map_1.map.gz emd_23319_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23319 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23319 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23319_validation.pdf.gz | 564.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23319_full_validation.pdf.gz | 564.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23319_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23319 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23319 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23319.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23319_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map A of monoclonal Fabs 45...
ファイル | emd_23319_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map A of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map B of monoclonal Fabs 45...
ファイル | emd_23319_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map B of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and ...
全体 | 名称: CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and ...
超分子 | 名称: CryoEM map of monoclonal Fabs 45 and 56 binding the esterase and lateral patch of H1 HA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: Monoclonal Fab 45
超分子 | 名称: Monoclonal Fab 45 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F |
-超分子 #3: Monoclonal Fab 56
超分子 | 名称: Monoclonal Fab 56 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F |
-超分子 #4: Hemagglutinin (H1)
超分子 | 名称: Hemagglutinin (H1) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/California/04/2009(H1N1) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: TBS supplemented with 5 uM lauryl maltose neopentyl glycol |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 36000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |