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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23036 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / positive regulation of Atg1/ULK1 kinase complex assembly / : / : / transcription factor TFIIK complex / cellular response to nitrogen starvation / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity ...: / : / : / positive regulation of Atg1/ULK1 kinase complex assembly / : / : / transcription factor TFIIK complex / cellular response to nitrogen starvation / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / Dual incision in TC-NER / 7-methylguanosine mRNA capping / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of autophagy / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / cell cycle / cell division / protein phosphorylation / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | van Eeuwen T / Murakami K / Li T / Tsai KL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structure of TFIIK for phosphorylation of CTD of RNA polymerase II. 著者: Trevor van Eeuwen / Tao Li / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Mitchell I Parker / Roland L Dunbrack / Benjamin A Garcia / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami / 要旨: During transcription initiation, the general transcription factor TFIIH marks RNA polymerase II by phosphorylating Ser5 of the carboxyl-terminal domain (CTD) of Rpb1, which is followed by extensive ...During transcription initiation, the general transcription factor TFIIH marks RNA polymerase II by phosphorylating Ser5 of the carboxyl-terminal domain (CTD) of Rpb1, which is followed by extensive modifications coupled to transcription elongation, mRNA processing, and histone dynamics. We have determined a 3.5-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the TFIIH kinase module (TFIIK in yeast), which is composed of Kin28, Ccl1, and Tfb3, yeast homologs of CDK7, cyclin H, and MAT1, respectively. The carboxyl-terminal region of Tfb3 was lying at the edge of catalytic cleft of Kin28, where a conserved Tfb3 helix served to stabilize the activation loop in its active conformation. By combining the structure of TFIIK with the previous cryo-EM structure of the preinitiation complex, we extend the previously proposed model of the CTD path to the active site of TFIIK. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23036.map.gz | 38.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23036-v30.xml emd-23036.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23036_fsc.xml | 8.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23036.png | 144.7 KB | ||
その他 | emd_23036_additional_1.map.gz emd_23036_half_map_1.map.gz emd_23036_half_map_2.map.gz | 3.2 MB 33 MB 33 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23036 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23036_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23036_full_validation.pdf.gz | 424.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23036_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23036 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Additional map
ファイル | emd_23036_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_23036_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_23036_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
全体 | 名称: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae. |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
超分子 | 名称: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: the yeast Cdk7 complex, that phosphorylates the RNA pol II C-terminal domain (CTD) in transcription initiation. |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 Tfb3-TAP |
分子量 | 実験値: 73 KDa |
-分子 #1: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
分子 | 名称: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 38.128355 KDa |
配列 | 文字列: MLMDEYEENK DMCPICKTDR YLSPDVKFLV NPECYHRICE SCVDRIFSLG PAQCPYKGCD KILRKNKFKT QIFDDVEVEK EVDIRKRVF NVFNKTIDDF NGDLVEYNKY LEEVEDIIYK LDHGIDVAKT EEKLRTYEEL NKQLIMNNLE RSRTEIESFE Q RQKFEKEM ...文字列: MLMDEYEENK DMCPICKTDR YLSPDVKFLV NPECYHRICE SCVDRIFSLG PAQCPYKGCD KILRKNKFKT QIFDDVEVEK EVDIRKRVF NVFNKTIDDF NGDLVEYNKY LEEVEDIIYK LDHGIDVAKT EEKLRTYEEL NKQLIMNNLE RSRTEIESFE Q RQKFEKEM KLKKRLLERQ IEEEERMNKE WTKKEIVNRL STTTQDINET IEGVKNTVKL KKSSARRKLE ELNRVLKNNP YF NSNVNVQ NSRLKDAVPF TPFNGDREAH PPFTLKGSVY NDPFIKDLEH RKEFIASGFN TNYAYERVLT EAFMGLGCVI SEE L |
-分子 #2: Serine/threonine-protein kinase KIN28
分子 | 名称: Serine/threonine-protein kinase KIN28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: [RNA-polymerase]-subunit kinase |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 35.369867 KDa |
配列 | 文字列: MKVNMEYTKE KKVGEGTYAV VYLGCQHSTG RKIAIKEIKT SEFKDGLDMS AIREVKYLQE MQHPNVIELI DIFMAYDNLN LVLEFLPTD LEVVIKDKSI LFTPADIKAW MLMTLRGVYH CHRNFILHRD LKPNNLLFSP DGQIKVADFG LARAIPAPHE I L(TPO) ...文字列: MKVNMEYTKE KKVGEGTYAV VYLGCQHSTG RKIAIKEIKT SEFKDGLDMS AIREVKYLQE MQHPNVIELI DIFMAYDNLN LVLEFLPTD LEVVIKDKSI LFTPADIKAW MLMTLRGVYH CHRNFILHRD LKPNNLLFSP DGQIKVADFG LARAIPAPHE I L(TPO)SNVVTR WYRAPELLFG AKHYTSAIDI WSVGVIFAEL MLRIPYLPGQ NDVDQMEVTF RALGTPTDRD WPEVSSFM T YNKLQIYPPP SRDELRKRFI AASEYALDFM CGMLTMNPQK RWTAVQCLES DYFKELPPPS DPSSIKIRN |
-分子 #3: Cyclin CCL1
分子 | 名称: Cyclin CCL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 45.259414 KDa |
配列 | 文字列: MTDIQLNGKS TLDTPSATMS AKEKEAKLKS ADENNKPPNY KRISDSQLYR HSSQYRMWSY TKDQLQEKRV DTNARAIAYI EENLLKFRE AHNLTEEEIK VLEAKAIPLT MEEELDLVNF YAKKVQVIAQ HLNLPTEVVA TAISFFRRFF LENSVMQIDP K SIVHTTIF ...文字列: MTDIQLNGKS TLDTPSATMS AKEKEAKLKS ADENNKPPNY KRISDSQLYR HSSQYRMWSY TKDQLQEKRV DTNARAIAYI EENLLKFRE AHNLTEEEIK VLEAKAIPLT MEEELDLVNF YAKKVQVIAQ HLNLPTEVVA TAISFFRRFF LENSVMQIDP K SIVHTTIF LACKSENYFI SVDSFAQKAK STRDSVLKFE FKLLESLKFS LLNHHPYKPL HGFFLDIQNV LYGKVDLNYM GQ IYDRCKK RITAALLTDV VYFYTPPQIT LATLLIEDEA LVTRYLETKF PSREGSQESV PGNEKEEPQN DASTTEKNKE KST ESEEYS IDSAKLLTII RECKSIIEDC KPPSTEEAKK IAAKNYYCQN PSTLIQKLKR KLNGEDTSST VEKKQKT |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #5: ALUMINUM FLUORIDE
分子 | 名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: AF3 |
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分子量 | 理論値: 83.977 Da |
Chemical component information | ChemComp-AF3: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.08 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 0 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM CPC 詳細: blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4620 / 平均露光時間: 2.24 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 詳細: Images collected in super-resolution mode. Movies were 35 frames. Imaging 1 image/hole, image shift between 4 holes. Focus once per image shift |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |