+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d68 | |||||||||
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Title | Ube2G1 in complex with ubiquitin variant Ubv.G1.1 | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / Ubiquitin / Ubiquitin conjugating enzyme / Ubiquitin variant / Ube2G1 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein tag activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein tag activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.36 Å | |||||||||
Authors | Ceccarelli, D.F. / Garg, P. / Sidhu, S. / Sicheri, F. | |||||||||
Funding support | Canada, 2items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Structural and Functional Analysis of Ubiquitin-based Inhibitors That Target the Backsides of E2 Enzymes. Authors: Garg, P. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F.A. / Kurinov, I. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d68.cif.gz | 335.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d68.ent.gz | 233 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d68.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6d68_validation.pdf.gz | 450.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6d68_full_validation.pdf.gz | 451.6 KB | Display | |
Data in XML | 6d68_validation.xml.gz | 18.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6d68_validation.cif.gz | 24.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/6d68 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6d4pC 6d6iC 1fxtS 2awfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19698.395 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Cysteine modified with beta-mercaptoethanol / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBE2G1, UBE2G / Plasmid: Pet28-LIC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P62253, E2 ubiquitin-conjugating enzyme #2: Protein | Mass: 9912.252 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: T7P, L8I, T9R, G10V, A46S, Q49L, S65Y, V70L, L73R, R74H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: Ube2G1 / Plasmid: ProEx / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q96H31 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 25% PEG1500, Succinic acid, Sodium phosphate monobasic monohydrate, Glycine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→40 Å / Num. obs: 24767 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 51.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.332 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 168582 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2AWF, 1FXT Resolution: 2.36→37.52 Å / SU ML: 0.2988 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.8971 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→37.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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