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- PDB-4p17: Crystal structure of the Chlamydomonas flagellar RabGAP TBC domain. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p17
タイトルCrystal structure of the Chlamydomonas flagellar RabGAP TBC domain.
要素RabGAP/TBC protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Flagella / TBC / RabGAP / Chlamydomonas / cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


putative rabgap domain of human tbc1 domain family member 14 like domains / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RabGAP/TBC protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7941 Å
データ登録者Bhogaraju, S. / Lorentzen, E.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)310343European Union
Emmy Noether grantDGF; LO1627/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a Chlamydomonas reinhardtii flagellar RabGAP TBC-domain at 1.8 angstrom resolution.
著者: Bhogaraju, S. / Lorentzen, E.
履歴
登録2014年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_keywords.text
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RabGAP/TBC protein
B: RabGAP/TBC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3502
ポリマ－71,3502
非ポリマー00
水13,836768
1
A: RabGAP/TBC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6751
ポリマ－35,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RabGAP/TBC protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6751
ポリマ－35,6751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.760, 47.010, 105.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

21A-516-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RabGAP/TBC protein


分子量: 35674.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_195581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: A8JCA4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 768 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 50mM MES pH 6 0.2M NaCl 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→60.51 Å / Num. obs: 55508 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 5.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.7941→60.509 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1110 2 %
Rwork0.1952 --
obs0.1965 55501 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7941→60.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4520 0 0 768 5288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3116375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9281693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7941-1.87580.27261350.20886609X-RAY DIFFRACTION97
1.8758-1.97470.29091390.18936795X-RAY DIFFRACTION100
1.9747-2.09840.23721380.18386779X-RAY DIFFRACTION100
2.0984-2.26050.26841390.18776841X-RAY DIFFRACTION100
2.2605-2.48790.27991390.18776796X-RAY DIFFRACTION99
2.4879-2.8480.26961390.19586822X-RAY DIFFRACTION99
2.848-3.58810.24121400.19326845X-RAY DIFFRACTION99
3.5881-60.54350.25391410.2056904X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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