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- PDB-7kue: CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kue
タイトルCryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex
要素
  • Cyclin CCL1
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
  • Serine/threonine-protein kinase KIN28
キーワードTRANSCRIPTION/Transferase / Polymerase CTD / TFIIH / Phosphorylation / Kinase / CDK / Cyclin / TRANSCRIPTION-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Atg1/ULK1 kinase complex assembly / transcription factor TFIIK complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...positive regulation of Atg1/ULK1 kinase complex assembly / transcription factor TFIIK complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cellular response to nitrogen starvation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription by RNA polymerase I / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of autophagy / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / regulation of cell cycle / cell division / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal ...CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Serine/threonine-protein kinase KIN28 / Cyclin CCL1 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者van Eeuwen, T. / Murakami, K. / Li, T. / Tsai, K.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of TFIIK for phosphorylation of CTD of RNA polymerase II.
著者: Trevor van Eeuwen / Tao Li / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Mitchell I Parker / Roland L Dunbrack / Benjamin A Garcia / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami /
要旨: During transcription initiation, the general transcription factor TFIIH marks RNA polymerase II by phosphorylating Ser5 of the carboxyl-terminal domain (CTD) of Rpb1, which is followed by extensive ...During transcription initiation, the general transcription factor TFIIH marks RNA polymerase II by phosphorylating Ser5 of the carboxyl-terminal domain (CTD) of Rpb1, which is followed by extensive modifications coupled to transcription elongation, mRNA processing, and histone dynamics. We have determined a 3.5-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the TFIIH kinase module (TFIIK in yeast), which is composed of Kin28, Ccl1, and Tfb3, yeast homologs of CDK7, cyclin H, and MAT1, respectively. The carboxyl-terminal region of Tfb3 was lying at the edge of catalytic cleft of Kin28, where a conserved Tfb3 helix served to stabilize the activation loop in its active conformation. By combining the structure of TFIIK with the previous cryo-EM structure of the preinitiation complex, we extend the previously proposed model of the CTD path to the active site of TFIIK.
履歴
登録2020年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23036
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
A: Serine/threonine-protein kinase KIN28
B: Cyclin CCL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2695
ポリマ－118,7583
非ポリマー5112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / RNA polymerase II transcription factor B 38 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor B p38 subunit


分子量: 38128.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03290
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase KIN28


分子量: 35369.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06242, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#3: タンパク質 Cyclin CCL1


分子量: 45259.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P37366
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
タイプ: COMPLEX
詳細: the yeast Cdk7 complex, that phosphorylates the RNA pol II C-terminal domain (CTD) in transcription initiation.
Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.073 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 Tfb3-TAP
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMpotassium acetateKoAC1
32.5 mMadenosine diphosphateADP1
42 mMdithiothreitolDTT1
52.5 mMaluminum flourideAlF31
試料濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 0 % / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.24 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4620
詳細: Images collected in super-resolution mode. Movies were 35 frames. Imaging 1 image/hole, image shift between 4 holes. Focus once per image shift
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Latitude画像取得
4CTFFIND4.13CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11RELION3.0.8初期オイラー角割当
12RELION3.0.8最終オイラー角割当
13RELION3.0.8分類
14RELION3.1３次元再構成
画像処理詳細: Movies collected in super resolution mode and binned during motion correction by MotionCorr2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3288475
詳細: small particle set picked by blob used to generate 2D references used for large scale particle picking
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81466 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11UA2

1ua2

11UA21PDBexperimental model
21KXU

1kxu

11KXU2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0055104
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.4146920
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.404668
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.071777
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01869

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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