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- EMDB-23036: CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23036
タイトルCryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex
マップデータCryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex
試料
  • 複合体: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase KIN28
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin CCL1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
キーワードPolymerase CTD / TFIIH / Phosphorylation / Kinase / CDK / Cyclin / TRANSCRIPTION-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Atg1/ULK1 kinase complex assembly / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...positive regulation of Atg1/ULK1 kinase complex assembly / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cellular response to nitrogen starvation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / 7-methylguanosine mRNA capping / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription by RNA polymerase I / positive regulation of autophagy / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / regulation of cell cycle / cell division / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal ...CyclinH/Ccl1 / Cyclin-dependent kinase 7 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase KIN28 / Cyclin CCL1 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者van Eeuwen T / Murakami K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of TFIIK for phosphorylation of CTD of RNA polymerase II.
著者: Trevor van Eeuwen / Tao Li / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Mitchell I Parker / Roland L Dunbrack / Benjamin A Garcia / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami /
要旨: During transcription initiation, the general transcription factor TFIIH marks RNA polymerase II by phosphorylating Ser5 of the carboxyl-terminal domain (CTD) of Rpb1, which is followed by extensive ...During transcription initiation, the general transcription factor TFIIH marks RNA polymerase II by phosphorylating Ser5 of the carboxyl-terminal domain (CTD) of Rpb1, which is followed by extensive modifications coupled to transcription elongation, mRNA processing, and histone dynamics. We have determined a 3.5-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the TFIIH kinase module (TFIIK in yeast), which is composed of Kin28, Ccl1, and Tfb3, yeast homologs of CDK7, cyclin H, and MAT1, respectively. The carboxyl-terminal region of Tfb3 was lying at the edge of catalytic cleft of Kin28, where a conserved Tfb3 helix served to stabilize the activation loop in its active conformation. By combining the structure of TFIIK with the previous cryo-EM structure of the preinitiation complex, we extend the previously proposed model of the CTD path to the active site of TFIIK.
履歴
登録2020年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.254
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7kue
  • 表面レベル: 0.254
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 224 pix.
= 185.92 Å		0.83 Å/pix.
x 224 pix.
= 185.92 Å		0.83 Å/pix.
x 224 pix.
= 185.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.254 / ムービー #1: 0.254
最小 - 最大-0.0016344483 - 1.9548993
平均 (標準偏差)0.0018629784 (±0.03214392)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 185.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z185.920185.920185.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ342342342
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0021.9550.002

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添付データ

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追加マップ: Additional map

ファイルemd_23036_additional_1.map
注釈Additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_23036_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_23036_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.

全体名称: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
要素
  • 複合体: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase KIN28
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin CCL1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE

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超分子 #1: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.

超分子名称: Ternary complex of Kin28-Ccl1-Tfb3 from Saccharomyces cerevisiae.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: the yeast Cdk7 complex, that phosphorylates the RNA pol II C-terminal domain (CTD) in transcription initiation.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: CB010 Tfb3-TAP
分子量理論値: 73 KDa

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分子 #1: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

分子名称: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 38.128355 KDa
配列文字列: MLMDEYEENK DMCPICKTDR YLSPDVKFLV NPECYHRICE SCVDRIFSLG PAQCPYKGCD KILRKNKFKT QIFDDVEVEK EVDIRKRVF NVFNKTIDDF NGDLVEYNKY LEEVEDIIYK LDHGIDVAKT EEKLRTYEEL NKQLIMNNLE RSRTEIESFE Q RQKFEKEM ...文字列:
MLMDEYEENK DMCPICKTDR YLSPDVKFLV NPECYHRICE SCVDRIFSLG PAQCPYKGCD KILRKNKFKT QIFDDVEVEK EVDIRKRVF NVFNKTIDDF NGDLVEYNKY LEEVEDIIYK LDHGIDVAKT EEKLRTYEEL NKQLIMNNLE RSRTEIESFE Q RQKFEKEM KLKKRLLERQ IEEEERMNKE WTKKEIVNRL STTTQDINET IEGVKNTVKL KKSSARRKLE ELNRVLKNNP YF NSNVNVQ NSRLKDAVPF TPFNGDREAH PPFTLKGSVY NDPFIKDLEH RKEFIASGFN TNYAYERVLT EAFMGLGCVI SEE L

UniProtKB: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3

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分子 #2: Serine/threonine-protein kinase KIN28

分子名称: Serine/threonine-protein kinase KIN28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: [RNA-polymerase]-subunit kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 35.369867 KDa
配列文字列: MKVNMEYTKE KKVGEGTYAV VYLGCQHSTG RKIAIKEIKT SEFKDGLDMS AIREVKYLQE MQHPNVIELI DIFMAYDNLN LVLEFLPTD LEVVIKDKSI LFTPADIKAW MLMTLRGVYH CHRNFILHRD LKPNNLLFSP DGQIKVADFG LARAIPAPHE I L(TPO) ...文字列:
MKVNMEYTKE KKVGEGTYAV VYLGCQHSTG RKIAIKEIKT SEFKDGLDMS AIREVKYLQE MQHPNVIELI DIFMAYDNLN LVLEFLPTD LEVVIKDKSI LFTPADIKAW MLMTLRGVYH CHRNFILHRD LKPNNLLFSP DGQIKVADFG LARAIPAPHE I L(TPO)SNVVTR WYRAPELLFG AKHYTSAIDI WSVGVIFAEL MLRIPYLPGQ NDVDQMEVTF RALGTPTDRD WPEVSSFM T YNKLQIYPPP SRDELRKRFI AASEYALDFM CGMLTMNPQK RWTAVQCLES DYFKELPPPS DPSSIKIRN

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase KIN28

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分子 #3: Cyclin CCL1

分子名称: Cyclin CCL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 45.259414 KDa
配列文字列: MTDIQLNGKS TLDTPSATMS AKEKEAKLKS ADENNKPPNY KRISDSQLYR HSSQYRMWSY TKDQLQEKRV DTNARAIAYI EENLLKFRE AHNLTEEEIK VLEAKAIPLT MEEELDLVNF YAKKVQVIAQ HLNLPTEVVA TAISFFRRFF LENSVMQIDP K SIVHTTIF ...文字列:
MTDIQLNGKS TLDTPSATMS AKEKEAKLKS ADENNKPPNY KRISDSQLYR HSSQYRMWSY TKDQLQEKRV DTNARAIAYI EENLLKFRE AHNLTEEEIK VLEAKAIPLT MEEELDLVNF YAKKVQVIAQ HLNLPTEVVA TAISFFRRFF LENSVMQIDP K SIVHTTIF LACKSENYFI SVDSFAQKAK STRDSVLKFE FKLLESLKFS LLNHHPYKPL HGFFLDIQNV LYGKVDLNYM GQ IYDRCKK RITAALLTDV VYFYTPPQIT LATLLIEDEA LVTRYLETKF PSREGSQESV PGNEKEEPQN DASTTEKNKE KST ESEEYS IDSAKLLTII RECKSIIEDC KPPSTEEAKK IAAKNYYCQN PSTLIQKLKR KLNGEDTSST VEKKQKT

UniProtKB: Cyclin CCL1

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.08 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMKoACpotassium acetate
2.5 mMADPadenosine diphosphate
2.0 mMDTTdithiothreitol
2.5 mMAlF3aluminum flouride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 0 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM CPC
詳細: blotted for 2 seconds with Whatman 41 ashless filter paper.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4620 / 平均露光時間: 2.24 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
詳細: Images collected in super-resolution mode. Movies were 35 frames. Imaging 1 image/hole, image shift between 4 holes. Focus once per image shift
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Movies collected in super resolution mode and binned during motion correction by MotionCorr2
粒子像選択選択した数: 3288475
詳細: small particle set picked by blob used to generate 2D references used for large scale particle picking
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 81466
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 80000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
詳細: combined two most populace classes for final reconstruction.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1ua2

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1kxu

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7kue:
CryoEM structure of Yeast TFIIK (Kin28/Ccl1/Tfb3) Complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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