PDB-7k4o: Tannin acyl hydrolase from Aspergillus niger

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k4o

タイトル

Tannin acyl hydrolase from Aspergillus niger

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / esterase / tannin / serine hydrolase

機能・相同性

Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / feruloyl esterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / 2-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]ethanol / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Carboxylic ester hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Ren, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of fungal tannase from Aspergillus niger.
著者: Dong, L. / McKinstry, W.J. / Pan, L. / Newman, J. / Ren, B.

履歴

登録	2020年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k4o.cif.gz	247.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k4o.ent.gz	201.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k4o_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k4o_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7k4o_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	7k4o_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wmtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1e61-1 4dmr-d 5d86-1 6i6x-2 1e5v-1 1h5n-1 23036 3uok-d 6t1t-1 4mj4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

66.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.920, 170.920, 111.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-605- ZN
2	1	A-606- ZN
3	1	A-607- ZN
4	1	A-740- HOH
5	1	A-842- HOH
6	1	A-873- HOH
7	1	A-945- HOH
8	1	A-971- HOH
9	1	A-1304- HOH
10	1	A-1371- HOH
11	1	A-1389- HOH
12	1	A-1421- HOH
13	1	A-1461- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 60809.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌) 参照: UniProt: A2QIR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1_g2-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 785分子

#6: 化合物	ChemComp-GDE / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Gallate / (-)-没食子酸分子量: 170.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 化合物	ChemComp-FWN / 2-[2-(2-ethoxyethoxy)ethoxy]ethanol / トリエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₄
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.06 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: zinc sulfate, polyethylene glycol monomethyl ether 500 and 0.1 M sodium MES at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→19.76 Å / Num. obs: 114035 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / R_merge(I) obs: 1.396 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 11292 / CC_1/2: 0.689 / R_pim(I) all: 0.384

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3wmt

3wmt

解像度: 1.65→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1738	5698	4.997 %
R_work	0.1521	108337	-
all	0.153	-	-
obs	-	114035	99.897 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.272 Å²	-0.136 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.272 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4280	0	337	775	5392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.018	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.88	1.745	6706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.165	1.661	9653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.247	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.105	24.035	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.745	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.133	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.104	0.2	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.112	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.562	2.954	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.562	2.954	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.464	4.423	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.464	4.423	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.683	3.489	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.9	3.487	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.469	5.139	3855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.593	5.138	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.792	38.58	5807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.487	37.345	5540

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.27	410	0.261	7951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.693-1.739	0.274	383	0.241	7729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.79	0.259	401	0.228	7509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.845	0.221	384	0.202	7284	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.905	0.215	397	0.192	7073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-1.972	0.196	378	0.177	6830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.972-2.047	0.193	359	0.167	6610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.047-2.13	0.19	331	0.162	6382	X-RAY DIFFRACTION	99.9405
2.13-2.225	0.18	296	0.148	6184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.225-2.333	0.17	287	0.143	5881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.333-2.459	0.159	306	0.134	5585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.609	0.15	257	0.128	5323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.609-2.789	0.172	274	0.129	4993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.789-3.012	0.166	286	0.14	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.012-3.299	0.17	219	0.154	4322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.299-3.689	0.169	230	0.151	3900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.689-4.259	0.137	178	0.122	3484	X-RAY DIFFRACTION	99.8092
4.259-5.215	0.141	156	0.121	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.9681
5.215-7.37	0.156	98	0.159	2386	X-RAY DIFFRACTION	99.9195
7.37-19.76	0.203	68	0.179	1303	X-RAY DIFFRACTION	92.9492

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関連情報:EMDBヘッダ

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