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万見
- EMDB-21163: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21163
タイトルDe novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5
マップデータDe novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative stain EM map
試料
  • 複合体: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative Stain EM Map
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn5A
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn5B
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.68 Å
データ登録者Ward AB / Antanasijevic A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens.
著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker /
要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination.
履歴
登録2020年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2020年8月19日-
現状2020年8月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative stain EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 120 pix.
= 492. Å		4.1 Å/pix.
x 120 pix.
= 492. Å		4.1 Å/pix.
x 120 pix.
= 492. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.03945905 - 0.17908229
平均 (標準偏差)-0.00005523943 (±0.007416304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 492.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z492.000492.000492.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-205-205-205
NX/NY/NZ411411411
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0390.179-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative Stain...

全体名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative Stain EM Map
要素
  • 複合体: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative Stain EM Map
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn5A
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn5B

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超分子 #1: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative Stain...

超分子名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn5, Negative Stain EM Map
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Nanoparticles were generated by co-expression of the two components (A and B) in E coli. Assembled particles were purified using a combination of Ni-affinity chromatography and gel filtration chromatography.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b

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分子 #1: T33_dn5A

分子名称: T33_dn5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGNSAEAMYK MGNAAYKQGD YILAIIAYLL ALEKDPNNAE AWYNLGNAAY KQGDYDEAIE YYQKALELDP NNAEAWYNLG NAYYKQGDYD EAIEYYEKAL ELDPNNAEAL KNLLEAIAEQ D

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分子 #2: T33_dn5B

分子名称: T33_dn5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHTDPLA VILYIAILKA EKSIARAKAA EALGKIGDER AVEPLIKALK DEDALVRAAA ADALGQIGDE RAVEPLIKAL KDEEGLVRAS AAIALGQIGD ERAVQPLIKA LTDERDLVRV AAAVALGRIG DEKAVRPLII VLKDEEGEVR EAAAIALGSI GGERVRAAME ...文字列:
MHHHHTDPLA VILYIAILKA EKSIARAKAA EALGKIGDER AVEPLIKALK DEDALVRAAA ADALGQIGDE RAVEPLIKAL KDEEGLVRAS AAIALGQIGD ERAVQPLIKA LTDERDLVRV AAAVALGRIG DEKAVRPLII VLKDEEGEVR EAAAIALGSI GGERVRAAME KLAERGTGFA RKVAVNYLET HKLEHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris-HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: TBS buffer, pH 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Sample diluted to 0.05 mg/mL. 3 uL was applied onto the grid, blotted off, and then stained with 2% uranyl formate for 60 seconds.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
詳細T33_dn5 nanoparticle was purified by SEC, diluted to 0.05mg/ml and loaded onto a grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Appion manual picker
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Negative stain EM map of the non-liganded nanoparticle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 5868
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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