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- EMDB-17587: Single particle cryo-EM of the P140-P110 heterodimer of Mycoplasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17587
タイトルSingle particle cryo-EM of the P140-P110 heterodimer of Mycoplasma genitalium at 3.3 Angstrom resolution.
マップデータ
試料
  • 複合体: P140-P110 Heterodimer
    • 複合体: Mgp-operon protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Mgp-operon protein 3
    • 複合体: Adhesin P1
      • タンパク質・ペプチド: Adhesin P1
キーワードAdhesion / Mycoplasma genitalium / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to microvasculature / cell adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesin P1, C-terminal domain / Adhesin P1, N-terminal / Adhesin P1 / Mycoplasma adhesin P1, C-terminal / Mycoplasma adhesin P1, N-terminal / MgpC adhesin / Mgp-operon protein 3, C-terminal domain / MgpC adhesin / MGP3 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesin P1 / Mgp-operon protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sprankel L / Scheffer MP / Frangakis AS
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FR 1653/6-3 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK 2566/1 ドイツ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron tomography reveals the binding and release states of the major adhesion complex from Mycoplasma genitalium.
著者: Lasse Sprankel / Margot P Scheffer / Sina Manger / Utz H Ermel / Achilleas S Frangakis /
要旨: The nap particle is an immunogenic surface adhesion complex from Mycoplasma genitalium. It is essential for motility and responsible for binding sialylated oligosaccharides on the surface of the host ...The nap particle is an immunogenic surface adhesion complex from Mycoplasma genitalium. It is essential for motility and responsible for binding sialylated oligosaccharides on the surface of the host cell. The nap particle is composed of two P140-P110 heterodimers, the structure of which was recently solved. However, the interpretation of the mechanism by which the mycoplasma cells orchestrate adhesion remained challenging. Here, we provide cryo-electron tomography structures at ~11 Å resolution, which allow for the distinction between the bound and released state of the nap particle, displaying the in vivo conformational states. Fitting of the atomically resolved structures reveals that bound sialylated oligosaccharides are stabilized by both P110 and P140. Movement of the stalk domains allows for the transfer of conformational changes from the interior of the cell to the binding pocket, thus having the capability of an active release process. It is likely that the same mechanism can be transferred to other Mycoplasma species that belong to the pneumoniae cluster.
履歴
登録2023年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17587.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.6638378 - 2.599626
平均 (標準偏差)0.0014922218 (±0.07673825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17587_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17587_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17587_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P140-P110 Heterodimer

全体名称: P140-P110 Heterodimer
要素
  • 複合体: P140-P110 Heterodimer
    • 複合体: Mgp-operon protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Mgp-operon protein 3
    • 複合体: Adhesin P1
      • タンパク質・ペプチド: Adhesin P1

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超分子 #1: P140-P110 Heterodimer

超分子名称: P140-P110 Heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Mgp-operon protein 3

超分子名称: Mgp-operon protein 3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)

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超分子 #3: Adhesin P1

超分子名称: Adhesin P1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)

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分子 #1: Mgp-operon protein 3

分子名称: Mgp-operon protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
分子量理論値: 115.382062 KDa
組換発現生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
配列文字列: MKTMRKQIYK KAYWLLLPFL PLALANTFLV KEDSKNVTAY TPFATPITDS KSDLVSLAQL DSSYQIADQT IHNTNLFVLF KSRDVKVKY ESSGSNNISF DSTSQGEKPS YVVEFTNSTN IGIKWTMVKK YQLDVPNVSS DMNQVLKNLI LEQPLTKYTL N SSLAKEKG ...文字列:
MKTMRKQIYK KAYWLLLPFL PLALANTFLV KEDSKNVTAY TPFATPITDS KSDLVSLAQL DSSYQIADQT IHNTNLFVLF KSRDVKVKY ESSGSNNISF DSTSQGEKPS YVVEFTNSTN IGIKWTMVKK YQLDVPNVSS DMNQVLKNLI LEQPLTKYTL N SSLAKEKG KTQREVHLGS GQANQWTSQR NQHDLNNNPS PNASTGFKLT TGNAYRKLSE SWPIYEPIDG TKQGKGKDSS GW SSTEENE AKNDAPSVSG GGSSSGTFNK YLNTKQALES IGILFDDQTP RNVITQLYYA STSKLAVTNN HIVVMGNSFL PSM WYWVVE RSAQENASNK PTWFANTNLD WGEDKQKQFV ENQLGYKETT STNSHNFHSK SFTQPAYLIS GIDSVNDQII FSGF KAGSV GYDSSSSSSS SSSSSTKDQA LAWSTTTSLD SKTGYKDLVT NDTGLNGPIN GSFSIQDTFS FVVPYSGNHT NNGTT GPIK TAYPVKKDQK STVKINSLIN ATPLNSYGDE GIGVFDALGL NYNFKSNQER LPSRTDQIFV YGIVSPNELR SAKSSA DST GSDTKVNWSN TQSRYLPVPY NYSEGIIDAD GFKRPENRGA SVTTFSGLKS IAPDGFANSI ANFSVGLKAG IDPNPVM SG KKANYGAVVL TRGGVVRLNF NPGNDSLLST TDNNIAPISF SFTPFTAAES AVDLTTFKEV TYNQESGLWS YIFDSSLK P SHDGKQTPVT DNMGFSVITV SRTGIELNQD QATTTLDVAP SALAVQSGIQ STTQTLTGVL PLSEEFSAVI AKDSDQNKI DIYKNNNGLF EIDTQLSNSV ATNNGGLAPS YTENRVDAWG KVEFADNSVL QARNLVDKTV DEIINTPEIL NSFFRFTPAF EDQKATLVA TKQSDTSLSV SPRIQFLDGN FYDLNSTIAG VPLNIGFPSR VFAGFAALPA WVIPVSVGSS VGILFILLVL G LGIGIPMY RVRKLQDASF VNVFKKVDTL TTAVGSVYKK IITQTGVVKK APSALKAANP SVKKPAAFLK PPVQPPSKPE GE QKAVEVK SEETKSHHHH HH

UniProtKB: Mgp-operon protein 3

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分子 #2: Adhesin P1

分子名称: Adhesin P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
分子量理論値: 159.809297 KDa
配列文字列: MHQPKKRLAK KSWAFLTAAL TLGVITGVGG YFLFNQNKQR SSVSNFAYQP KQLSVKHQQA VDETLTPWTW NNNNFSSLKI TGENPGSFG LVRSQNDNLN ISSVTKNSSD DNLKYLNAVE KYLDGQQNFA IRRYDNNGRA LYDINLAKME NPSTVQRGLN G EPIFDPFK ...文字列:
MHQPKKRLAK KSWAFLTAAL TLGVITGVGG YFLFNQNKQR SSVSNFAYQP KQLSVKHQQA VDETLTPWTW NNNNFSSLKI TGENPGSFG LVRSQNDNLN ISSVTKNSSD DNLKYLNAVE KYLDGQQNFA IRRYDNNGRA LYDINLAKME NPSTVQRGLN G EPIFDPFK GFGLTGNAPT DWNEIKGKVP VEVVQSPHSP NLYFVLLVPK VALEYHNLNN QVVKESLEVK ATQSSFNPTQ RL QKDSPVK DSSKQGEKLS ETTASSMSSG MATSTRAKAL KVEVERGSQS DSLLKNDFAK KPLKHKNSSG EVKLEAEKEF TEA WKPLLT TDQIAREKGM GATVVSFYDA PYSENHTAFG LVDHIDPKKM VENYPPSWKT PKWNHHGIWD YNARNLLLQT TGFF NPRRH PEWFDEGQAK ADNTSPGFKV GDTDHKKDGF KKNSSSPIAL PFEAYFANIG NMVAIGNSVF IFGGNGHATK MFTTN PLSI GVFRIKYTDN FSKSSVTGWP YAVLFGGLIN PQTNGLKDLP LGTNRWFEYV PRMAVSGVKW VGNQLVLAGT LTMGDT ATV PRLKYDQLEK HLNLVAQGQG LLREDLQIFT PYGWANRPDI PVGAWLQDEM GSKFGPHYFL NNPDIQDNVN NDTVEAL IS SYKNTDKLKH VYPYRYSGLY AWQLFNWSNK LTNTPLSANF VNENSYAPNS LFAAILNEDL LTGLSDKIFY GKENEFAE N EADRFNQLLS LNPNPNTNWA RYLNVVQRFT TGPNLDSSTF DQFLDFLPWI GNGKPFSNSP SPSTSASSST PLPTFSNIN VGVKSMITQH LNKENTRWVF IPNFSPDIWT GAGYRVQSAN QKNGIPFEQV KPSNNSTPFD PNSDDNKVTP SGGSSKPTTY PALPNSISP TSDWINALTF TNKNNPQRNQ LLLRSLLGTI PVLINKSGDS NDQFNKDSEQ KWDKTETNEG NLPGFGEVNG L YNAALLHT YGFFGTNTNS TDPKIGFKAD SSSSSSSTLV GSGLNWTSQD VGNLVVINDT SFGFQLGGWF ITFTDFIRPR TG YLGITLS SLQDQTIIWA DQPWTSFKGS YLDSDGTPKS LWDPTALKSL PNSSTTYDTN PTLSPSFQLY QPNKVKAYQT TNT YNKLIE PVDATSAATN MTSLLKLLTT KNIKAKLGKG TASSQGNNNG GGVSQTINTI TTTGNISEGL KEETSIQAET LKKF FDSKQ NNKSEIGIGD STFTKMDGKL TGVVSTPLVN LINGQGATSD SDTEKISFKP GNQIDFNRLF TLPVTELFDP NTMFV YDQY VPLLVNLPSG FDQASIRLKV ISYSVENQTL GVRLEFKDPQ TQQFIPVLNA SSTGPQTVFQ PFNQWADYVL PLIVTV PIV VIILSVTLGL TIGIPMHRNK KALQAGFDLS NKKVDVLTKA VGSVFKEIIN RTGISNAPKK LKQATPTKPT PKTPPKP PV KQ

UniProtKB: Adhesin P1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
75.0 mMTris
400.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 %Glycerol
0.5 %octylglucoside detergent
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 149542
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6rut

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6r3t

chain_id: A, residue_range: 818-936, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8pbx:
Single particle cryo-EM of the P140-P110 heterodimer of Mycoplasma genitalium at 3.3 Angstrom resolution.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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