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- EMDB-11583: Outer Dynein Arm-Shulin complex - Dyh5 motor (Tetrahymena thermophila) -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11583 | |||||||||
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タイトル | Outer Dynein Arm-Shulin complex - Dyh5 motor (Tetrahymena thermophila) | |||||||||
![]() | Main map of Dyh5 motor (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -148 angstrom auto-sharpened map. | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.62 Å | |||||||||
![]() | Mali GR / Abid Ali F / Lau CK / Carter AP | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shulin packages axonemal outer dynein arms for ciliary targeting. 著者: Girish R Mali / Ferdos Abid Ali / Clinton K Lau / Farida Begum / Jérôme Boulanger / Jonathan D Howe / Zhuo A Chen / Juri Rappsilber / Mark Skehel / Andrew P Carter / ![]() ![]() 要旨: The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to ...The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to cilia by an unknown mechanism. Here, we used the ciliate to identify two factors (Q22YU3 and Q22MS1) that bind ODAs in the cytoplasm and are required for ODA delivery to cilia. Q22YU3, which we named Shulin, locked the ODA motor domains into a closed conformation and inhibited motor activity. Cryo-electron microscopy revealed how Shulin stabilized this compact form of ODAs by binding to the dynein tails. Our findings provide a molecular explanation for how newly assembled dyneins are packaged for delivery to the cilia. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 57.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 43.5 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 173.7 KB 50 MB 50 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map of Dyh5 motor (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -148 angstrom auto-sharpened map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.22991 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Mask for Dyh5 motor map (Z-flipped, non resampled)...
ファイル | emd_11583_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Mask for Dyh5 motor map (Z-flipped, non resampled) to be used with half maps. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of Dyh5 motor map (Z-flipped, non-resampled)
ファイル | emd_11583_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of Dyh5 motor map (Z-flipped, non-resampled) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 of Dyh5 motor map (Z-flipped, non-resampled)
ファイル | emd_11583_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of Dyh5 motor map (Z-flipped, non-resampled) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tetrahymena thermophila ODA Dyh5 motor
全体 | 名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh5 motor |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrahymena thermophila ODA Dyh5 motor
超分子 | 名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh5 motor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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