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万見
- EMDB-11072: Reconstruction of bovine Ryanodine receptor 2 dimer of tetramers ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11072
タイトルReconstruction of bovine Ryanodine receptor 2 dimer of tetramers in complex with FKBP12.6 and nanobodies
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimer of bovine Ryanodine receptor 2
キーワードnanodisc / nanobody / FKBP12.6 / RyR2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide binding / Stimuli-sensing channels / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / Ion homeostasis / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / suramin binding / regulation of AV node cell action potential ...cyclic nucleotide binding / Stimuli-sensing channels / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / Ion homeostasis / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / suramin binding / regulation of AV node cell action potential / regulation of SA node cell action potential / positive regulation of axon regeneration / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sequestering of calcium ion / embryonic heart tube morphogenesis / cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / neuronal action potential propagation / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion transport into cytosol / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to redox state / insulin secretion / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of heart rate / response to vitamin E / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / FK506 binding / protein kinase A regulatory subunit binding / response to muscle activity / protein kinase A catalytic subunit binding / positive regulation of the force of heart contraction / cellular response to caffeine / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / smooth muscle contraction / detection of calcium ion / regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to glucose / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / T cell proliferation / smooth endoplasmic reticulum / positive regulation of heart rate / calcium channel inhibitor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to muscle stretch / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / regulation of heart rate / sarcoplasmic reticulum / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / establishment of localization in cell / response to hydrogen peroxide / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / calmodulin binding / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / : / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Willegems K / Efremov R
資金援助 ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)131261 ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G.0266.15N ベルギー
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Rapid small-scale nanobody-assisted purification of ryanodine receptors for cryo-EM.
著者: Chenyao Li / Katrien Willegems / Tomasz Uchański / Els Pardon / Jan Steyaert / Rouslan G Efremov /
要旨: Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of ...Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of which has been associated with a series of life-threatening diseases. The need for large amounts of native tissue or eukaryotic cell cultures limits advances in structural studies of RyRs. Here, we report a method that utilizes nanobodies to purify RyRs from only 5 mg of total protein. The purification process, from isolated membranes to cryo-EM grade protein, is achieved within 4 h on the bench, yielding protein usable for cryo-EM analysis. This is demonstrated by solving the structures of rabbit RyR1, solubilized in detergent, reconstituted into lipid nanodiscs or liposomes, and bovine RyR2 reconstituted in nanodisc, and mouse RyR2 in detergent. The reported method facilitates structural studies of RyRs directed toward drug development and is useful in cases where the amount of starting material is limited.
履歴
登録2020年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 560. Å		2.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 560. Å		2.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 560. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.049299493 - 0.09309337
平均 (標準偏差)0.0023231034 (±0.00980667)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 560.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z560.000560.000560.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0490.0930.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11072_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_11072_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_11072_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimer of bovine Ryanodine receptor 2

全体名称: Dimer of bovine Ryanodine receptor 2
要素
  • 複合体: Dimer of bovine Ryanodine receptor 2

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超分子 #1: Dimer of bovine Ryanodine receptor 2

超分子名称: Dimer of bovine Ryanodine receptor 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Complex of Ryanodine receptor 2 with auxiliary protein FKBP12.6 and high affinity nanobody
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: heart / 組織: ventricle / Organelle: Sarcoplasmic reticulum / 細胞中の位置: Sarcoplasmic reticulum membrane
分子量理論値: 2.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol
50.0 mMHEPES4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid
200.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride
0.06 %fOMfluorinated octyl maltoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細: .Grid was blotted manually from the back in CP3 cryoplunge (Gatan) for 2s.
詳細The RyR2 tetrameric channels formed channel-dimers with the nanobody at the dimer-interface bound to the repeat12 domain of the individual channels

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4088 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 149707
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated in sx_rviper of sphire package
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 9977
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5go9


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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