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- EMDB-19487: Structure of RyR1 reconstituted into lipid nanodisc in primed sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19487
タイトルStructure of RyR1 reconstituted into lipid nanodisc in primed state in complex with Ca2+, ATP, caffeine and Nb9657
マップデータ
試料
  • 複合体: ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12 and nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 1
キーワードIon channel / Ca2+ / tetramer / TRANSPORT PROTEIN
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li C / Efremov RG
資金援助 ベルギー, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
European Research Council (ERC)726436European Union
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Rapid small-scale nanobody-assisted purification of ryanodine receptors for cryo-EM.
著者: Chenyao Li / Katrien Willegems / Tomasz Uchański / Els Pardon / Jan Steyaert / Rouslan G Efremov /
要旨: Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of ...Ryanodine receptors (RyRs) are large Ca release channels residing in the endoplasmic or sarcoplasmic reticulum membrane. Three isoforms of RyRs have been identified in mammals, the disfunction of which has been associated with a series of life-threatening diseases. The need for large amounts of native tissue or eukaryotic cell cultures limits advances in structural studies of RyRs. Here, we report a method that utilizes nanobodies to purify RyRs from only 5 mg of total protein. The purification process, from isolated membranes to cryo-EM grade protein, is achieved within 4 h on the bench, yielding protein usable for cryo-EM analysis. This is demonstrated by solving the structures of rabbit RyR1, solubilized in detergent, reconstituted into lipid nanodiscs or liposomes, and bovine RyR2 reconstituted in nanodisc, and mouse RyR2 in detergent. The reported method facilitates structural studies of RyRs directed toward drug development and is useful in cases where the amount of starting material is limited.
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19487.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 450 pix.
= 511.65 Å		1.14 Å/pix.
x 450 pix.
= 511.65 Å		1.14 Å/pix.
x 450 pix.
= 511.65 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.137 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.1957326 - 2.1922054
平均 (標準偏差)0.0030620873 (±0.052623603)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 511.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19487_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19487_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19487_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12 and nanobody

全体名称: ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12 and nanobody
要素
  • 複合体: ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12 and nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Ryanodine receptor 1

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超分子 #1: ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12 and nanobody

超分子名称: ryanodine receptor 1 in complex with FKBP12 and nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Ryanodine receptor 1

分子名称: Ryanodine receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTLE QSLSVRALQE MLANTVEAGV ESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS CLTTSRSMTD KLAFDVGLQE DATGEACWWT MHPASKQRSE GEKVRVGDDL I LVSVSSER ...文字列:
VQFLRTDDEV VLQCSATVLK EQLKLCLAAE GFGNRLCFLE PTSNAQNVPP DLAICCFTLE QSLSVRALQE MLANTVEAGV ESSQGGGHR TLLYGHAILL RHAHSRMYLS CLTTSRSMTD KLAFDVGLQE DATGEACWWT MHPASKQRSE GEKVRVGDDL I LVSVSSER YLHLSTASGE LQVDASFMQT LWNMNPICSC CEEGYVTGGH VLRLFHGHMD ECLTISAADS DDQRRLVYYE GG AVCTHAR SLWRLEPLRI SWSGSHLRWG QPLRIRHVTT GRYLALTEDQ GLVVVDACKA HTKATSFCFR VSKEKLDTAP KRD VEGMGP PEIKYGESLC FVQHVASGLW LTYAAPDPKA LRLGVLKKKA ILHQEGHMDD ALFLTRCQQE ESQAARMIHS TAGL YNQFI KGLDSFSGKP RGSGPPAGPA LPIEAVILSL QDLIGYFEPP SEELQHEEKQ SKLRSLRNRQ SLFQEEGMLS LVLNC IDRL NVYTTAAHFA EYAGEEAAES WKEIVNLLYE LLASLIRGNR ANCALFSTNL DWVVSKLDRL EASSGILEVL YCVLIE SPE VLNIIQENHI KSIISLLDKH GRNHKVLDVL CSLCVCNGVA VRSNQDLITE NLLPGRELLL QTNLINYVTS IRPNIFV GR AEGSTQYGKW YFEVMVDEVV PFLTAQATHL RVGWALTEGY SPYPGGGEGW GGNGVGDDLY SYGFDGLHLW TGHVARPV T SPGQHLLAPE DVVSCCLDLS VPSISFRING CPVQGVFEAF NLDGLFFPVV SFSAGVKVRF LLGGRHGEFK FLPPPGYAP CHEAVLPRER LRLEPIKEYR REGPRGPHLV GPSRCLSHTD FVPCPVDTVQ IVLPPHLERI REKLAENIHE LWALTRIEQG WTYGPVRDD NKRLHPCLVN 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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

詳細The movies were selected after MotionCor correction and CTF refinement with the parameters: total drift less than 30 angstrom and resolution better than 5 angstrom
粒子像選択選択した数: 2233299
詳細: Particles were picked by template picking in Cryosparc
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tzc

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.31) / 使用した粒子像数: 175535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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