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万見
- EMDB-11053: Cryo-EM density map of nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11053
タイトルCryo-EM density map of nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5
マップデータLocal-resolution filtered, masked cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, sharpened with B = -1200 A2.
試料
  • 複合体: Nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5
    • 複合体: CD9 - EWI-F-deltaIg1-5 complex
      • タンパク質・ペプチド: CD9
      • タンパク質・ペプチド: EWI-F / CD9-partner-1 / FPRP
    • 複合体: Nanobody 4C8 molecule 2
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 4C8
機能・相同性
機能・相同性情報


Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of macrophage migration / paranodal junction assembly / glial cell migration / platelet alpha granule membrane / negative regulation of platelet aggregation / Uptake and function of diphtheria toxin ...Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of macrophage migration / paranodal junction assembly / glial cell migration / platelet alpha granule membrane / negative regulation of platelet aggregation / Uptake and function of diphtheria toxin / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor internalization / platelet activation / endocytic vesicle membrane / integrin binding / Platelet degranulation / extracellular vesicle / cell population proliferation / cell adhesion / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD9, extracellular domain / Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Oosterheert W / Gros P
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)731.015.201 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.002.009 オランダ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Implications for tetraspanin-enriched microdomain assembly based on structures of CD9 with EWI-F.
著者: Wout Oosterheert / Katerina T Xenaki / Viviana Neviani / Wouter Pos / Sofia Doulkeridou / Jip Manshande / Nicholas M Pearce / Loes Mj Kroon-Batenburg / Martin Lutz / Paul Mp van Bergen En ...著者: Wout Oosterheert / Katerina T Xenaki / Viviana Neviani / Wouter Pos / Sofia Doulkeridou / Jip Manshande / Nicholas M Pearce / Loes Mj Kroon-Batenburg / Martin Lutz / Paul Mp van Bergen En Henegouwen / Piet Gros /
要旨: Tetraspanins are eukaryotic membrane proteins that contribute to a variety of signaling processes by organizing partner-receptor molecules in the plasma membrane. How tetraspanins bind and cluster ...Tetraspanins are eukaryotic membrane proteins that contribute to a variety of signaling processes by organizing partner-receptor molecules in the plasma membrane. How tetraspanins bind and cluster partner receptors into tetraspanin-enriched microdomains is unknown. Here, we present crystal structures of the large extracellular loop of CD9 bound to nanobodies 4C8 and 4E8 and, the cryo-EM structure of 4C8-bound CD9 in complex with its partner EWI-F. CD9-EWI-F displays a tetrameric arrangement with two central EWI-F molecules, dimerized through their ectodomains, and two CD9 molecules, one bound to each EWI-F transmembrane helix through CD9-helices h3 and h4. In the crystal structures, nanobodies 4C8 and 4E8 bind CD9 at loops C and D, which is in agreement with the 4C8 conformation in the CD9-EWI-F complex. The complex varies from nearly twofold symmetric (with the two CD9 copies nearly anti-parallel) to ca. 50° bent arrangements. This flexible arrangement of CD9-EWI-F with potential CD9 homo-dimerization at either end provides a "concatenation model" for forming short linear or circular assemblies, which may explain the occurrence of tetraspanin-enriched microdomains.
履歴
登録2020年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11053.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11053.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local-resolution filtered, masked cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, sharpened with B = -1200 A2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.09 Å/pix.
x 100 pix.
= 308.55 Å		3.09 Å/pix.
x 100 pix.
= 308.55 Å		3.09 Å/pix.
x 100 pix.
= 308.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.0855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.268 / ムービー #1: 0.268
最小 - 最大-0.5952537 - 0.9095872
平均 (標準偏差)0.0033312985 (±0.032967992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 308.55 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.08553.08553.0855
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.550308.550308.550
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.5950.9100.003

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添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_11053_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Refined, unsharpened cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5...

ファイルemd_11053_additional_1.map
注釈Refined, unsharpened cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Local-resolution filtered, masked cryo-EM density map of the...

ファイルemd_11053_additional_2.map
注釈Local-resolution filtered, masked cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, sharpened with B = -750 A2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5 -...

ファイルemd_11053_additional_3.map
注釈Unsharpened cryo-EM density map of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, subjected to a postprocessing step in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Class #1 of a 3D classification of the...

ファイルemd_11053_additional_4.map
注釈Class #1 of a 3D classification of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, performed in Relion3.1beta.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class #2 of a 3D classification of the...

ファイルemd_11053_additional_5.map
注釈Class #2 of a 3D classification of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, performed in Relion3.1beta.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class #3 of a 3D classification of the...

ファイルemd_11053_additional_6.map
注釈Class #3 of a 3D classification of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, performed in Relion3.1beta.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Class #4 of a 3D classification of the...

ファイルemd_11053_additional_7.map
注釈Class #4 of a 3D classification of the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex, performed in Relion3.1beta.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Unfiltered half map 1 the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex.

ファイルemd_11053_half_map_1.map
注釈Unfiltered half map 1 the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Unfiltered half map 2 the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex.

ファイルemd_11053_half_map_2.map
注釈Unfiltered half map 2 the EWI-F%u0394Ig1-5 - CD9 - 4C8 complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5

全体名称: Nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5
要素
  • 複合体: Nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5
    • 複合体: CD9 - EWI-F-deltaIg1-5 complex
      • タンパク質・ペプチド: CD9
      • タンパク質・ペプチド: EWI-F / CD9-partner-1 / FPRP
    • 複合体: Nanobody 4C8 molecule 2
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 4C8

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超分子 #1: Nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5

超分子名称: Nanobody-4C8 bound, human CD9 in complex with EWI-F-deltaIg1-5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The complex is arranged as a hetero-hexamer: 4C8 - CD9 - EWI-F - EWI-F - CD9 - 4C8
分子量理論値: 188 KDa

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超分子 #2: CD9 - EWI-F-deltaIg1-5 complex

超分子名称: CD9 - EWI-F-deltaIg1-5 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: The complex was purified from HEK293 GNT1- cells as a hetero-tetramer, arranged as CD9 - EWI-F - EWI-F - CD9.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 GNT1-
分子量理論値: 158 KDa

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超分子 #3: Nanobody 4C8 molecule 2

超分子名称: Nanobody 4C8 molecule 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
詳細: The nanobody was purified from a bacterial expression system.
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換細胞: BL-21 Codon Plus (DE3)-RIL / 組換プラスミド: pHEN6
分子量理論値: 30 KDa

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分子 #1: CD9

分子名称: CD9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSWSHPQFEK GSWSHPQFEK GSPVKGGTKC IKYLLFGFNF IFWLAGIAVL AIGLWLRFDS QTKSIFEQET NNNNSSFYTG VYILIGAGAL MMLVGFLGCC GAVQESQCML GLFFGFLLVI FAIEIAAAIW GYSHKDEVIK EVQEFYKDTY NKLKTKDEPQ RETLKAIHYA ...文字列:
GSWSHPQFEK GSWSHPQFEK GSPVKGGTKC IKYLLFGFNF IFWLAGIAVL AIGLWLRFDS QTKSIFEQET NNNNSSFYTG VYILIGAGAL MMLVGFLGCC GAVQESQCML GLFFGFLLVI FAIEIAAAIW GYSHKDEVIK EVQEFYKDTY NKLKTKDEPQ RETLKAIHYA LNCCGLAGGV EQFISDICPK KDVLETFTVK SCPDAIKEVF DNKFHIIGAV GIGIAVVMIF GMIFSMILCC AIRRNREMVA AA

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分子 #2: EWI-F / CD9-partner-1 / FPRP

分子名称: EWI-F / CD9-partner-1 / FPRP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSTSGPIFN ASVHSDTPSV IRGDLIKLFC IITVEGAALD PDDMAFDVSW FAVHSFGLDK APVLLSSLDR KGIVTTSRRD WKSDLSLERV SVLEFLLQVH GSEDQDFGNY YCSVTPWVKS PTGSWQKEAE IHSKPVFITV KMDVLNAFKY PLLIGVGLST VIGLLSCLIG ...文字列:
MGSTSGPIFN ASVHSDTPSV IRGDLIKLFC IITVEGAALD PDDMAFDVSW FAVHSFGLDK APVLLSSLDR KGIVTTSRRD WKSDLSLERV SVLEFLLQVH GSEDQDFGNY YCSVTPWVKS PTGSWQKEAE IHSKPVFITV KMDVLNAFKY PLLIGVGLST VIGLLSCLIG YCSSHWCCKK EVQETRRERR RLMSMEMDAA AHHHHHH

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分子 #3: Nanobody 4C8

分子名称: Nanobody 4C8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGRTFS DYVMGWFRQA PGKERTFVAR IGWSGDLTYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPED TAIYYCAADE RWGTGGKFDY WGQGTQVTVS SHGSGLVPRG SGGGHHHHHH

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.08 % (w/v)digitonin

詳細: 50 mM Tris pH 7.8, 150 mM NaCl, 0.08 % (w/v) digitonin.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The blotting was performed at 20 degrees Celsius for four seconds with blot force 1..
詳細The CD9 - EWI-F-deltaIg1-5 was purified from HEK293 GNT1- cells. Nanobody 4C8 was added to the thew complex prior to size-exclusion chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-36 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10724 / 平均露光時間: 7.2 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1148718 / 詳細: particles were picked in EMAN2
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Original model was obtained in Relion.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
詳細: 354272 particles were 3D-auto refined using a mask and solvent flattening fourier shell correlations (FSCs), which yielded a map at a global resolution of 8.6 Angstrom based on the gold- ...詳細: 354272 particles were 3D-auto refined using a mask and solvent flattening fourier shell correlations (FSCs), which yielded a map at a global resolution of 8.6 Angstrom based on the gold-standard FSC = 0.143 criterion. This map was sharpened with a B-factor of -1200 A2 and filtered based on local-resolution in Relion.
使用した粒子像数: 354272
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta) / 詳細: Performed in Relion
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 3次元分類クラス数: 20 / 平均メンバー数/クラス: 34400 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6z20

chain_id: A

6z20

chain_id: B

5tcx

chain_id: A, residue_range: 6-116

5tcx

chain_id: A, residue_range: 201-232

1f3r

chain_id: B, residue_range: 9-122

1f3r

chain_id: B, residue_range: 9-122

5eh4

chain_id: A, residue_range: 70-98

5eh4

chain_id: A, residue_range: 70-98
詳細Models were rigid-body fitted into the map using UCSF Chimera and not refined.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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