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- EMDB-10958: The structure of the small subunit of the mitoribosome from Neuro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10958
タイトルThe structure of the small subunit of the mitoribosome from Neurospora crassa
マップデータComposite map made out of following maps: head, body and tail.
試料
  • 複合体: Mitoribosome of Neurospora crassa
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / ATPase inhibitor activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / ribosomal small subunit biogenesis ...3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / ATPase inhibitor activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
54S ribosomal protein L36, yeast / : / : / : / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit ...54S ribosomal protein L36, yeast / : / : / : / Ribosomal protein L31p, N-terminal / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / S4 RNA-binding domain / S4 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein mS47 / Large ribosomal subunit protein bL31m ...Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein mS47 / Large ribosomal subunit protein bL31m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein uS13m / Small ribosomal subunit protein mS42 / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS46 / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein uS8m / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS2m / F(1)-ATPase inhibitor IF(1), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa OR74A (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Amunts A / Itoh Y / Naschberger A
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
European Research Council (ERC)(ERC-2018-StG-805230European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Analysis of translating mitoribosome reveals functional characteristics of translation in mitochondria of fungi.
著者: Yuzuru Itoh / Andreas Naschberger / Narges Mortezaei / Johannes M Herrmann / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each ...Mitoribosomes are specialized protein synthesis machineries in mitochondria. However, how mRNA binds to its dedicated channel, and tRNA moves as the mitoribosomal subunit rotate with respect to each other is not understood. We report models of the translating fungal mitoribosome with mRNA, tRNA and nascent polypeptide, as well as an assembly intermediate. Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is found in the central protuberance of the large subunit, and the ATPase inhibitory factor 1 (IF) in the small subunit. The models of the active mitoribosome explain how mRNA binds through a dedicated protein platform on the small subunit, tRNA is translocated with the help of the protein mL108, bridging it with L1 stalk on the large subunit, and nascent polypeptide paths through a newly shaped exit tunnel involving a series of structural rearrangements. An assembly intermediate is modeled with the maturation factor Atp25, providing insight into the biogenesis of the mitoribosomal large subunit and translation regulation.
履歴
登録2020年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2020年11月11日-
現状2020年11月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.74
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3.74
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yw5
  • 表面レベル: 3.74
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6yw5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10958.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map made out of following maps: head, body and tail.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.74 / ムービー #1: 3.74
最小 - 最大-22.282217 - 49.86823
平均 (標準偏差)0.0019076765 (±1.1022679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.000424.000424.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-22.28249.8680.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10958_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus map for the SSU of the mitoribosome from Neurospora crassa

ファイルemd_10958_additional_1.map
注釈Consensus map for the SSU of the mitoribosome from Neurospora crassa
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10958_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10958_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitoribosome of Neurospora crassa

全体名称: Mitoribosome of Neurospora crassa
要素
  • 複合体: Mitoribosome of Neurospora crassa
    • タンパク質・ペプチド: uS2m
    • タンパク質・ペプチド: Mito ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mito ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: Mito ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_S7 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: uS9m
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein subunit S18
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial 40S ribosomal protein MRP2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial 37S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: Mito ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: Mito ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: mS26
    • タンパク質・ペプチド: mS27
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ribosomal protein DAP3
    • タンパク質・ペプチド: mS33
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: DUF1713 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: IGR domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Fe superoxide dismutase
    • タンパク質・ペプチド: mS42
    • タンパク質・ペプチド: mS46
    • タンパク質・ペプチド: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: mS47
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: IF1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: POTASSIUM ION

+
超分子 #1: Mitoribosome of Neurospora crassa

超分子名称: Mitoribosome of Neurospora crassa / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)

+
分子 #1: uS2m

分子名称: uS2m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 51.59634 KDa
配列文字列: MAFSRGVSPG GALLRTSRMF SLPPVIPPPP GNKLQMISER ASATEAYPTH QVLTTFESSR SRGDWGLKRP LPLKSTTGTT YPMVKVKEM DSLEQITDFT SGTQHGLTLK KFQALNIPIS TPSEISDPSR LFRPVQRSVF EADTDVTAFS PDEQIQEAEK R WKFSGPWL ...文字列:
MAFSRGVSPG GALLRTSRMF SLPPVIPPPP GNKLQMISER ASATEAYPTH QVLTTFESSR SRGDWGLKRP LPLKSTTGTT YPMVKVKEM DSLEQITDFT SGTQHGLTLK KFQALNIPIS TPSEISDPSR LFRPVQRSVF EADTDVTAFS PDEQIQEAEK R WKFSGPWL AGMTPGEFKE YLAKTVRPKR AEFRKFIQKK IAAQKTEAAN RELQETAALR GDAVAETQEP FKPESITDDE VT EYLRRLR NDNQVLYDLV GQFLDLAPLK PPQAAEARQH SLLVNLRATD SPYGGRGPPI THPSAGISYL RTAAYLNNHP IYG PQKSHP PVQARVLKPR RGGLGNDAKI GVAGFVADGP LGTSHSNLRG NSVMDKFDPS IEGGAKLWVN VDKATVDSTG RVQL TVSDA KATDVLIAKE LIGDAREPIF GSAPKRQEKT FKKIPMTAAR LRGRYENSDS PSSPTMSGSS GYGLR

+
分子 #2: Mito ribosomal protein S2

分子名称: Mito ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 47.197305 KDa
配列文字列: MIVRNIGARL GRRALATPLS RASFPAQSRF LSQDNFTAPP PPPTNSKKQA AKTAFAEPTL EEQAEFYAES IEKHTPEFAA SPAAEAWSA PSATATETVT TWDPSLVDEE ALKLKQQIEA IPGNFKLFKQ TKAQTQKLGA GVEVRYIPEQ YLRNPPSDAS L EDLMAAQA ...文字列:
MIVRNIGARL GRRALATPLS RASFPAQSRF LSQDNFTAPP PPPTNSKKQA AKTAFAEPTL EEQAEFYAES IEKHTPEFAA SPAAEAWSA PSATATETVT TWDPSLVDEE ALKLKQQIEA IPGNFKLFKQ TKAQTQKLGA GVEVRYIPEQ YLRNPPSDAS L EDLMAAQA HMGHNTSLWN PANARYIYGV RQGIHIISLE TTATHLRRAA RVVEEVAYRG GLILFVGTRP GQRPIVVRAA EL AKACHLF TKWRPGTITN REQLLGGVPL TVVDELDRPL SGFEDHLHDR RPLAPDLVVC LNPKENMTLL YECSLAKIPT IGI IDTNTN PSWVTYQIPA NDDSLRATAL ISGVLGRAGE RGQKRRLEAA QRGVVTWKTP ADVQGYFELA SARAADARRR QAQD NSVEE QKEKDTFLSE DALKAMFGGD ARI

+
分子 #3: Ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: Ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 58.907285 KDa
配列文字列: MNNTNTNTNN KNLASSSASV IFSKYINNNN NKLIPFKIKN SDLGRTRYFP PISKEWKNSI YVFNHNNLKN LPLFDININS LIKDYFNLQ FKDKILFKKK RLSKVKVVSL NKIYASKAEI KHTNTKAILT VYTFNREKIS LYKKIKKLKK SFYFVFDKII S FSERVILS ...文字列:
MNNTNTNTNN KNLASSSASV IFSKYINNNN NKLIPFKIKN SDLGRTRYFP PISKEWKNSI YVFNHNNLKN LPLFDININS LIKDYFNLQ FKDKILFKKK RLSKVKVVSL NKIYASKAEI KHTNTKAILT VYTFNREKIS LYKKIKKLKK SFYFVFDKII S FSERVILS GVPIRVDKDG KVLSNLYLPF RLRGVLPWIT ESHVNIWRKI IIASLYKELI LLRKYKLRLD LNKYKFEEKL LY RLNNLIM KYYNKKVEFN IVNMRSFLLN SDILTKILAL KLKNRNARVI KIMDVILNKA NLPKINRVQE KASLIKSVDW NLL ENKFKN LNLSFILNDA SYAERNNLSE LLNKLYYNVL LVSQKGVWAL RSPKGEQPSF HSKSGGSPTK FIQKGAGAAS LGGN AKAQP KVSSFAKAKK YAKIYQIIFN SINYKNMGGL RLEIKGRLTK RYRADRSLFK VKWKGGLKNL DSSYKGLSSV NMRGY AKPN VEYSIFTSKR RIGAFAVKGW VSGK

+
分子 #4: Mito ribosomal protein S4

分子名称: Mito ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 51.610031 KDa
配列文字列: MKIRRLFKYH SLKKKPIRPT WNKYNLYNLA TAGREPRISG KTFFQQKWLA KSLTRAYHGE HIKERKWARM FSRRLPAVVN MDPAYMAKY NGSEQAAGRG SGLSEPPAYE KTADEKPAKQ VIANPGRKVP TPYEQMTFAP LERRLDIAIF RALFASSARQ A RQMVVHGA ...文字列:
MKIRRLFKYH SLKKKPIRPT WNKYNLYNLA TAGREPRISG KTFFQQKWLA KSLTRAYHGE HIKERKWARM FSRRLPAVVN MDPAYMAKY NGSEQAAGRG SGLSEPPAYE KTADEKPAKQ VIANPGRKVP TPYEQMTFAP LERRLDIAIF RALFASSARQ A RQMVVHGA VTVNGKKMKH PGYLLNPGDL FQVDVERVLY ATGAPKDKKL LAAAMKAAKK ELAEEAQEAA EEKDAEAEEA EE GEAQEAA SKSGKKEKQV DTSKFDEAWN RKYELLQLQR LLQYAKHIAD SPSHQLSATR KQALRALKRD IKAAIKQAQR RDG SVSPTG NVVDDLTMLL ERLAVSPSKA IQQEEAAKEL SKKLDKQSRQ VLKKVIEYND EHEDNEIDPS KPYMTPWRPR NYMS AFAFI PRYLEVNQNI CAAVYLRHPV ARPGESEVPS PFSPTINQLA FNWYLRRG

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分子 #5: 37S ribosomal protein S5

分子名称: 37S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 53.297543 KDa
配列文字列: MSAARFAARS FLSRRLAATV PAAAPAASTP AASTCPAAQQ QQSQFHSSAH LEARRRSRFK NVRAVEMGLT SDAKIESFTK KKFAEYTED EKAALAHNYP AEHMEAIEAA EAAIDPKDLT IQGRLRVDPY RMPYIDDFSE IQPIIDKRAR RSAPPSHKAR F MDVDEFTQ ...文字列:
MSAARFAARS FLSRRLAATV PAAAPAASTP AASTCPAAQQ QQSQFHSSAH LEARRRSRFK NVRAVEMGLT SDAKIESFTK KKFAEYTED EKAALAHNYP AEHMEAIEAA EAAIDPKDLT IQGRLRVDPY RMPYIDDFSE IQPIIDKRAR RSAPPSHKAR F MDVDEFTQ DLINWADEIR RGEPTHRMKK LRDFVPEEFF EKPEGQWPKD VRDEAFTKFW AYLKEQKDAD AKAAANATGP TD GDILSYI LERSSMTDNN LQANSSLAPA LPDKVPGVEG KYRNAIDPAD DGLDDKGQYQ ELKKRTGMSV RQILQLKTKK LVH RRVVNQ TRLGKIASDS VMVIAGNGDG WLGLGMAKSV EASIAVEKAT LLAIQNMQPI PRYENRTIYG EVTTKVSGTI VRLN SRPPG FGLRVSHRIF EMCRAAGIRD LSAKFLRSRN PMNTVKATYQ ALLSQPNPED LAIGRGKKLV DVRKVYYGGS VY

+
分子 #6: Mito ribosomal protein S6

分子名称: Mito ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 13.304392 KDa
配列文字列:
MLYETIGIVR PGNIAEVKEL VLTAGKLILN QGGVIRDIKN WGTFLLPRPI STNQQRHNRG HYFVMRYDAS IATHEEVRRT MKADPRVIR TANVKLGDGK LETLSRFGAI PWRSLEEA

+
分子 #7: Ribosomal_S7 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_S7 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 33.821914 KDa
配列文字列: MPARLGLSAA FRSLSIRTNQ LPQQQSIAAA VQARTLITDS TTSSRLPPRV QIQQQQQQRT QPYSTETTPP PNSNNGDLAG IEGQPPVEV TPENAAALSQ LSEIAYGVKA ADVAIEGHKY GLPTLPLPSE LHHKYRYSEV VNHATKLLMK DGKLSKAQRD M AMILNYLR ...文字列:
MPARLGLSAA FRSLSIRTNQ LPQQQSIAAA VQARTLITDS TTSSRLPPRV QIQQQQQQRT QPYSTETTPP PNSNNGDLAG IEGQPPVEV TPENAAALSQ LSEIAYGVKA ADVAIEGHKY GLPTLPLPSE LHHKYRYSEV VNHATKLLMK DGKLSKAQRD M AMILNYLR SSPPPKLNPS RPLIPGHPPA SHLPLNPVEY LTVAIDSVAP LIKMRGYKGL AGGGRSLEVP QPIPARQRRS TA FKWILDV VNKKPSKGSG RTMFAHRVAE EIVAVVEGRS SVWDKRMLIH KLGTANRANL NSPALQLKGK RF

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 17.743707 KDa
配列文字列:
MGIQQITNMC SHLQNASRAR LGLTSLPNTK YNLALALALH RAGFISSITR GGPHPPTPEA LMTYEPEPVT SANVATRRLW VGLKYWNEE PVLKELKPIS KPSRLVTASL EQLNRVARGF PAGYMKGLQL GECLFVNTDR GVLEVREAVE RKVGGLVLCK V K

+
分子 #9: uS9m

分子名称: uS9m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 35.31957 KDa
配列文字列: MMASLRHSIT SALRSSRQGC SKSAQWQSLD QQFGALRISS RSLSTHAHDH NPNVDGQFIA APALSIDNFK LHPYARAVPV SPSYFTRTP RFYDNYLSLE KLMEEYEDLP VIPATAVERV AWKTLEDIRK ELGEQVKASE FARCLALVKR LNSIHPDLKP Q EIKDVLDS ...文字列:
MMASLRHSIT SALRSSRQGC SKSAQWQSLD QQFGALRISS RSLSTHAHDH NPNVDGQFIA APALSIDNFK LHPYARAVPV SPSYFTRTP RFYDNYLSLE KLMEEYEDLP VIPATAVERV AWKTLEDIRK ELGEQVKASE FARCLALVKR LNSIHPDLKP Q EIKDVLDS FRRNVQPFTN VAKPIPIDQF GRACGVGKRK ASSARAFVVE GTGEVLVNGK TLAEYFGRVH DRESAVWALR AT NRIDKYN VWVKVEGGGT TGQAEAITLA IAKALLAHEP ALKPALRRAG CVTRDPRKVE RKKHGHVKAR KMPTWVKR

+
分子 #10: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 30.37707 KDa
配列文字列: MIIRPVVRSL QGRAPLATLR SAQSVFQPLP QLRRNASVTT GPDAASKAST TPIARITTTT EAPKDQKKAK AAAAAAAEPE EQEVIMSRM PRSLEALYLQ PLRREAEYGV PSCDLQLRSY SIRNLEFFCD FALRAAYYLG LPAFGPVPLP RMIERWTVPK S HFIFKKSQ ...文字列:
MIIRPVVRSL QGRAPLATLR SAQSVFQPLP QLRRNASVTT GPDAASKAST TPIARITTTT EAPKDQKKAK AAAAAAAEPE EQEVIMSRM PRSLEALYLQ PLRREAEYGV PSCDLQLRSY SIRNLEFFCD FALRAAYYLG LPAFGPVPLP RMIERWTVPK S HFIFKKSQ ENFERVTLRR LIQIKDGHPE TVQLWLAFLQ KHAYYGIGMK ANVWEFSKLG VSKAMDESKS EVEKLLETRW EH LSHVSDM KGVGNFEDFL AKERLRISGG R

+
分子 #11: Mitochondrial ribosomal protein subunit S18

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein subunit S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 42.159832 KDa
配列文字列: MAGQIDPIRA ELVGWTPRVP RNLLASLPPL GRKTAPKLPQ NISFSPPLSA HPCYQCQEKC LPHRRPVSWS PLILQRCRLR CLPRGHPLK ISRTFELPVG ERDGSHPLTA FARAPRTTEP RSLHYLYDSL PPTPALCAQL LFHQLIQGHF SFVVHPTVAT A PRSIWPAK ...文字列:
MAGQIDPIRA ELVGWTPRVP RNLLASLPPL GRKTAPKLPQ NISFSPPLSA HPCYQCQEKC LPHRRPVSWS PLILQRCRLR CLPRGHPLK ISRTFELPVG ERDGSHPLTA FARAPRTTEP RSLHYLYDSL PPTPALCAQL LFHQLIQGHF SFVVHPTVAT A PRSIWPAK MSRFSTGRLL AQNLFQAFNK PVFPSATPVW TRAFSQTAAR RDADSESSAK LMESLTRGIV GMAADPTDLT GD KLATNIG LRDTEDEPYH FHIYSHKHNT HITVTKPNRD ALISLSCGNL GFKKSNRKHY DSAYQLGAYV VDKMHQMNLH NKI KKMEVV LRGFGPGREA VIKVLLGNEG RMLRSSIVRV SDATRLKFGG TRSKKPRRLG

+
分子 #12: Mitochondrial 30S ribosomal protein S12

分子名称: Mitochondrial 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 18.657877 KDa
配列文字列:
MATTFLRNLF SQAQPSLLRR PLMPSSSSIL PAAARLFSST PAQNATLNQV MRGCRKPQRA RHAVSPALSS IKSPALKGVC VKVGITRPK KPNSGERKTA RVRLSTGKVI TAYIPGEGHN ISQHSVVLVR GGRAQDCPGV RYHLVRGALD LAGVATRMSS R SKYGTKKP KKASVG

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 13.503821 KDa
配列文字列:
MVFILGVNFN EHKLVQKALE SFYGLGQQAS ARILAKYSIH PRAKMGTLPP KIVTALTAEL STMTIENDAR RLVLDNIKRL RDMGTYRGR RHAMGLPVRG QQTRNQIANA RKLNKIERHG

+
分子 #14: Mitochondrial 40S ribosomal protein MRP2

分子名称: Mitochondrial 40S ribosomal protein MRP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 13.210644 KDa
配列文字列:
MSMFRAKKLD LGCFTNVRVL RDHSKRKAFL EAEPERQALR YVIRNTTLPA RTRAVAQLQL TQMHAYTRPT QIRNRCILGG KSRGILRDF KMTRYNFRMN ALMGNIPGVK KASW

+
分子 #15: Ribosomal protein S15

分子名称: Ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 35.803988 KDa
配列文字列: MPPRLPGPQG LRSLTLCLRP AVASPAQALQ PLIQTANISQ KEKKRKMKQD PYGWAQAQQR KAVNVKRQAE LQAQRDAAWG DPVKGITTP FVESFDSAGQ ASVSPPKVGP DGQLVEEPKP LPTSPHLRNY LLNKDEFDSA IQYAEHILKP IKAEDRLTAD P EKEDEEAR ...文字列:
MPPRLPGPQG LRSLTLCLRP AVASPAQALQ PLIQTANISQ KEKKRKMKQD PYGWAQAQQR KAVNVKRQAE LQAQRDAAWG DPVKGITTP FVESFDSAGQ ASVSPPKVGP DGQLVEEPKP LPTSPHLRNY LLNKDEFDSA IQYAEHILKP IKAEDRLTAD P EKEDEEAR EHAARHAKAV AALERIAKLE HGGAKDRKHA NIRRCIETFG RHITDQSLER PTPPLARGVE PKPQPVRAGP DT GSSEVQI AILTSKIRAL SKALEGHGGN RDKNNKRSLR RLCHKRQRLL RYMERKERGS GRWHHMLETL GLTPATWKGQ ITL

+
分子 #16: Ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: Ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 12.140166 KDa
配列文字列:
MVLKLRLARF GRTNAPFYNI VVAHARTARN SKPLEVIGTY DPVPKKDTYD TTGKLHKDIK LDVTRAKYWI GVGAQPTDTV WRLLSLVGI LDPKYKKPQP AQEQKTKA

+
分子 #17: Mitochondrial 37S ribosomal protein S17

分子名称: Mitochondrial 37S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 18.505701 KDa
配列文字列:
MASTIAAATK VSRKMFRELH GVVVTSGLID KTVKVRVGGQ KFNKFLQKHF DDPKQYLVHD PNNSLRAGDV VAIMPGFITS KSKRHVVKH IIAPAGTPIE ERPPIPSLDE LWDAKDAAKA AKKERKVLRE KMQAAEEAIE LAERMARHAV REIAMREKII S LQKVD

+
分子 #18: Mito ribosomal protein S18

分子名称: Mito ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 28.468594 KDa
配列文字列: MSSSRQFLSS ALRQCRAAGQ RTAQFSTTSP AAAIRDIPTT SFQNAPRTNT NTSSPSSNNN NNAGSSQYKS DMFNLLNSGA GSRGGRDSY NNARDVDGGQ RYGSNSQKVQ ELLQSEVTSN NYMRMMRRRW NNGDVYAPRD LSPYEMKGRN GGWVEAADVV D ELGFSPLD ...文字列:
MSSSRQFLSS ALRQCRAAGQ RTAQFSTTSP AAAIRDIPTT SFQNAPRTNT NTSSPSSNNN NNAGSSQYKS DMFNLLNSGA GSRGGRDSY NNARDVDGGQ RYGSNSQKVQ ELLQSEVTSN NYMRMMRRRW NNGDVYAPRD LSPYEMKGRN GGWVEAADVV D ELGFSPLD NYRNFSLISD YITPFGRIRH SKETGLKPVN QRKIAKMVRR AIGLGIHPSV HKHPEILKNS NGRHLLPLVV PK GQKANKT KNFDGEDEN

+
分子 #19: Mitochondrial ribosomal protein S19

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 10.408332 KDa
配列文字列:
MQPTRVLFKR SVWKGPHIVP LPIQRPEPGK KIAPIRTQAR SATILPNFVG LKFQVHNGKD YIDLTVTEEM VGHKLGEFSA TRKPFIWGK KK

+
分子 #20: Mito ribosomal protein S21

分子名称: Mito ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 25.679785 KDa
配列文字列: MELRSALQSV CRTTAAAASA SARSSLAGRH AFSTSARFQL QPPPNPYVSG KSRIETLRAA LSNRKPAAGA AAGGSPGATS ASSALPPRP PTANDSPWSI VDAINKDSNS STSSSSSSSS SGGALYSSSK PSPMQTWNET DFETRHMAPQ QELNIRLRPS T GRTFYVSG ...文字列:
MELRSALQSV CRTTAAAASA SARSSLAGRH AFSTSARFQL QPPPNPYVSG KSRIETLRAA LSNRKPAAGA AAGGSPGATS ASSALPPRP PTANDSPWSI VDAINKDSNS STSSSSSSSS SGGALYSSSK PSPMQTWNET DFETRHMAPQ QELNIRLRPS T GRTFYVSG HQDFAGALKL LHRTVAANKV KKDVRLQRFH ERPALKRKRN LRERWRARFK EGFKAAVNRT FELKNQGW

+
分子 #21: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 29.553588 KDa
配列文字列: MGKGRIFQAA KVYQRASEAA ATNIVSGLPP RNPPLWLKAI ESIPPAEINT RPYPIQHSPP NPRARKPRNL FRPTKIVYPE DELRRDFYR DHPWELARPR MIIELDGKDA RFLDWSKGLR QRGIPLSGER HGNWMLTRIA NDSVVQRQLW LMENQGMTKQ E AYDKARHE ...文字列:
MGKGRIFQAA KVYQRASEAA ATNIVSGLPP RNPPLWLKAI ESIPPAEINT RPYPIQHSPP NPRARKPRNL FRPTKIVYPE DELRRDFYR DHPWELARPR MIIELDGKDA RFLDWSKGLR QRGIPLSGER HGNWMLTRIA NDSVVQRQLW LMENQGMTKQ E AYDKARHE FYKLRQLEQM ERRIAVEEAR MVGGYFGKDL LTVGMELENK TYESWKKWAT TEIARQESAR ASMYTNVVDN SA LEESEED ELLAQN

+
分子 #22: mS26

分子名称: mS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 35.312184 KDa
配列文字列: MAPTLARPSL SGVQFILSSP TTTCAATSVV TRAIAARSFS TTRSARDSVS IPPDSPNYIK VPEPPQSSEV RHPFVKGHLP IPRSIFPKK GVPEKVQSGY VNRIAPKSAA ELAGLPPKSK QESWRRKMAE ARRQSLEAGL QGLWQRKVKR DQKQAKESKA R YLANKRAA ...文字列:
MAPTLARPSL SGVQFILSSP TTTCAATSVV TRAIAARSFS TTRSARDSVS IPPDSPNYIK VPEPPQSSEV RHPFVKGHLP IPRSIFPKK GVPEKVQSGY VNRIAPKSAA ELAGLPPKSK QESWRRKMAE ARRQSLEAGL QGLWQRKVKR DQKQAKESKA R YLANKRAA QAPERLDEVF TRATIRESTA KNTFVPLDPE AFVKAEEARI KHAEKEAMKS EARRDAVVQL YVASKNFIVD EK ELEEHVN KHFTEKIHNA GLWESGRSIW DSQKNPISMR ELRNEFSGFN DRVTATTSAA VKTTVRQKNV AEELTGGKL

+
分子 #23: mS27

分子名称: mS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 44.923723 KDa
配列文字列: MAGRAPQHAL RVGCRAVPEA LSKPAQQSRC LSSTVPRQAT YPVVSFNKTS SPELKEALET LREKVILPTY LPPELRQKIF NKKYEKELA HDPVTIQIDG QPQRFSYINM LTDMPNTPKN IRAALLSMKN GGDFANLSGL LEGMHRANRK LPYWLSAQIV R KACKAGHL ...文字列:
MAGRAPQHAL RVGCRAVPEA LSKPAQQSRC LSSTVPRQAT YPVVSFNKTS SPELKEALET LREKVILPTY LPPELRQKIF NKKYEKELA HDPVTIQIDG QPQRFSYINM LTDMPNTPKN IRAALLSMKN GGDFANLSGL LEGMHRANRK LPYWLSAQIV R KACKAGHL QLILNMVRDV KRTGFTLERH ETVNELLFWI QRFAWKSDYS EPETRKALRE VQEILDALEG DERHMSKDRK RQ QALTRFP YHRDPQFLAA RLNLTAELAA RRAVTGQTSE QQLNSANDVK NLVKYAEQLV RLWPADKALL DMYTDEAYVA RVD LRYLIK PQVHLRYASF TLQALKNAAK IVGQLGHGPL AAQLINRAAA VEAESQLAYA KVDDGMAGQK IYEMVVGGKK

+
分子 #24: Mitochondrial ribosomal protein DAP3

分子名称: Mitochondrial ribosomal protein DAP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 51.451414 KDa
配列文字列: MSASNCLRCL VRPSAVALVP RQMLQVGGGS LTFTATAATK GASSANTGGR QNANRPQKLR FKKTKKKNVV SSGKPPLPGE RKAYRKKIV LSNNNALPVP GLETLRPNDL AKQDNVGSVK ALPEDVVDAL RAMEAFKPTQ CWGIFRQPSV LIRQETVDLT K KMKAAGAD ...文字列:
MSASNCLRCL VRPSAVALVP RQMLQVGGGS LTFTATAATK GASSANTGGR QNANRPQKLR FKKTKKKNVV SSGKPPLPGE RKAYRKKIV LSNNNALPVP GLETLRPNDL AKQDNVGSVK ALPEDVVDAL RAMEAFKPTQ CWGIFRQPSV LIRQETVDLT K KMKAAGAD GKTIRMVIEG NRVTGKSLLL LQAMTHAFMN DWVVLHIPEA QELTTAVTEY APIENSPLWT QPTYTLKLLQ SF KRANEKV LSRMNTVYSH ADLPQIIPVN SPLLQLINSA KEADGAWTVF QALWRELNAE NVPGRPPILF SLDGLAHIMK VSD YRNPAF ELIHSHDLAL VKLFTDCLSG ATVMPNGGAV LGATTRGNSP RSASMELAIA QREAEKAGEK EVPQRDPYSK KYDD RVEAV MKSVEILRLK GVSKTEARGL LEYWAASGML KKRVDESMVS EKWTLSGNGV VGEMERASLL TMKA

+
分子 #25: mS33

分子名称: mS33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 12.169154 KDa
配列文字列:
MSVPRARLLQ LVKARCELFS TTFNPEGIRT GNKILRQRLK GPALATYYPR KNVGIRELQK EFGTLGLEVD DEVDDDRLEH LAALRARDK GAPKKKRTAP SAADAKKKK

+
分子 #26: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 44.05709 KDa
配列文字列: MASSANALRL GLRTCSRPTQ TSNLRIAALQ RRALSATATR CEGVPVPKRE DDAKLEFTRP YNPGEFLSEK LRSDDLQDWE RERYERALT SWEQTPDDLK RGWSTMIRDI EQAAAPLRRV VMPRRSTFWY EEEKDTDLIT NEDGEDDFHE NDIMSLGHGK L EEHREFRE ...文字列:
MASSANALRL GLRTCSRPTQ TSNLRIAALQ RRALSATATR CEGVPVPKRE DDAKLEFTRP YNPGEFLSEK LRSDDLQDWE RERYERALT SWEQTPDDLK RGWSTMIRDI EQAAAPLRRV VMPRRSTFWY EEEKDTDLIT NEDGEDDFHE NDIMSLGHGK L EEHREFRE YARIAVWEMP LLSKYAKPFV PPTSEEVLRF RYTTYMGEFH PADRKVVVEF CPKDLRDLSE VQQRKLMKLA GP RYNPEKD IIKMSCEKFE HQAQNKRYLG DLIEKMIAAA KDPKDTFEDI PLDTRHHTFT KKISFPKEWL LTEERKKELE AAR QQALLK DAEKVVQGAL VDGADVVKQY LESGAAEALH AVPVMAGRGG KALPGGKGGK MQRSKR

+
分子 #27: 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein mrp10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 9.907534 KDa
配列文字列:
MPNKPIRLPP LKQLRVRQAN KAEENPCIAV MSSVLACWAS AGYNSAGCAT VENALRACMD APKPAPKPNN TINYHLSRFQ ERLTQGKSK K

+
分子 #28: DUF1713 domain-containing protein

分子名称: DUF1713 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 38.12625 KDa
配列文字列: MIPQSVRRVV AAAPQSPVVS SLAASSAPRA GASYILSSYQ PNALQKRRYS SSKPSSPDDG SSRAFAARAS VPAAGTSKTP GEKRKRKAK EPVMPPLPSV PSTRHIKDEA LALSTFFALH RPISVTQLLP KTVTEESFAE IFNHRKGHKA TDVLSTLSQA V HDLESPMS ...文字列:
MIPQSVRRVV AAAPQSPVVS SLAASSAPRA GASYILSSYQ PNALQKRRYS SSKPSSPDDG SSRAFAARAS VPAAGTSKTP GEKRKRKAK EPVMPPLPSV PSTRHIKDEA LALSTFFALH RPISVTQLLP KTVTEESFAE IFNHRKGHKA TDVLSTLSQA V HDLESPMS GLRLSDNDVE DGSTKISLKH PDGTESDVYF QLNSMSGHFL PFNPPPPPEP IAEVDEAAAE AEASAAIAEE IA ATAEQEP ETRVYKAVVT IEETRDTNGQ YKIMAHSPQL VEDDAVQPRS FLERLALRQI RYEEARQQQG IMHAISVRRQ KKL KIKKKK YKKLMRRTRN ERRKQDRL

+
分子 #29: IGR domain-containing protein

分子名称: IGR domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 26.612898 KDa
配列文字列: MKSSLRIQST LGLLFRPCAV SAPATAPGLN AHARWAHKTA AQLPLIPKPT PFVPDVPTFL TLIGRDLKQH ADKFPTWEAL FTLTTDQLR ELGVEPPRAR RYLLRWRQRF REGKFGIGGD LKHVENGVAY LKIHEKEASP TRTSRRVVNV PANQHVEEVS E GERVKVKG ...文字列:
MKSSLRIQST LGLLFRPCAV SAPATAPGLN AHARWAHKTA AQLPLIPKPT PFVPDVPTFL TLIGRDLKQH ADKFPTWEAL FTLTTDQLR ELGVEPPRAR RYLLRWRQRF REGKFGIGGD LKHVENGVAY LKIHEKEASP TRTSRRVVNV PANQHVEEVS E GERVKVKG YKVKGVSTIV GPYALPVQKG VAKLAVTEGM WEDKRGHKVD GGERRRAEVR FKRGVAERKA LREKMGFY

+
分子 #30: Fe superoxide dismutase

分子名称: Fe superoxide dismutase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 34.270785 KDa
配列文字列: MIGSMGLRIP RATSSLLGRA VNAVATNQSA VAGASIAAQR RWQHYLMPLR DNFEQEGIRN FLSPGSVNMA YTEYQTFILE KLNALVVGT DFEQKDTKSI VLATARDPEL AHVFNHASMA HNNHFFFDHL SPVPVKMGDK LFYHINENFG SVDTLRDEMI G TAVSMFGP ...文字列:
MIGSMGLRIP RATSSLLGRA VNAVATNQSA VAGASIAAQR RWQHYLMPLR DNFEQEGIRN FLSPGSVNMA YTEYQTFILE KLNALVVGT DFEQKDTKSI VLATARDPEL AHVFNHASMA HNNHFFFDHL SPVPVKMGDK LFYHINENFG SVDTLRDEMI G TAVSMFGP GFVWLVRTQL PGQPVALRVM ATYLAGSPYP GAHWRRQEMD AQTSIGSSPQ GLSNGQRFFE RSAAGFKGNK LE PTAPGGT DLIPILCLNT WEYAWLREYG TGVGGMGGKL AYAQSWWNMI DWAKVEEEAR LETRILTGGD SSV

+
分子 #31: mS42

分子名称: mS42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 39.274625 KDa
配列文字列: MPPRIPNAPS SLLLQSSACS GSSSRCTASR LPTWASSCSS SSPQSSQPTT HQQQCSSFST TAPAHVQSVR RQKMFSWLDK KGSAYKEHT RQGPNLLGGQ GKDGLAVPFP NNPYFKSQPV LSEGSREIIY QDVMEKGLPI KAVSAKYNVD VRRVAAVIRL K EIEKRWIK ...文字列:
MPPRIPNAPS SLLLQSSACS GSSSRCTASR LPTWASSCSS SSPQSSQPTT HQQQCSSFST TAPAHVQSVR RQKMFSWLDK KGSAYKEHT RQGPNLLGGQ GKDGLAVPFP NNPYFKSQPV LSEGSREIIY QDVMEKGLPI KAVSAKYNVD VRRVAAVIRL K EIEKRWIK EYKPLARPYA RAVMKMLPQT VLGGPDQKPH ESINDVHVHS YTTQQLFVPV SESREFTRED AAKAFGDHIL PV DKKLRVP ELIEFQKDLL KEVPLQEANR KFLNATAASE AKIAEREAKR RQAVEDAITR VKTDRFEFRF QEFNAENVGH DGR DRNAVG WRYGVPFPDR KRSQIKIPTK VE

+
分子 #32: mS46

分子名称: mS46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 43.112672 KDa
配列文字列: MNRQVVTSTL GRRGVASTIL NAQQQQRPFS STTTRCAAED DSKKPAAAPS TPRAAAPGPI SASRQKSEAA VGKLTQLRGS FTSLTNDNS FHKTLPAGAR DARRLAAAPI AGKGAGAGAV APLGGGGGAS GAPKVINVRS LKGTLGSRGS NNIPGAVAPG A ALRPRFAA ...文字列:
MNRQVVTSTL GRRGVASTIL NAQQQQRPFS STTTRCAAED DSKKPAAAPS TPRAAAPGPI SASRQKSEAA VGKLTQLRGS FTSLTNDNS FHKTLPAGAR DARRLAAAPI AGKGAGAGAV APLGGGGGAS GAPKVINVRS LKGTLGSRGS NNIPGAVAPG A ALRPRFAA GPGAAAGRPR FGAAASPGAG PTGAARRPPF GARRARPAGD KKRSGGSGDK RPRGDDYDAP PTEEEKAFLR GL EQGKVTE YVPKLTPDTL LGYGPPVATD AALGKVESAM RTMRILGGGL PFNDQSGVTS DPTAIKHRYV HEKKPVFFSS VEE KEWVRE SLDKFAVSEG PEKKTKQKIL ETSVLGKYEE PKYVESLTET VKMVEKYQGG TFSYAPSDAD KFNKKLNQLL AAGL PRAAP APAQAQKKA

+
分子 #33: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial

分子名称: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 56.401191 KDa
配列文字列: MLVSKSIASR AGLASAVASR SCRPSFTAMP LRAKVLGQQA PISTQAAAEL FKPVEGDEPE DVLFNSLYNL RSVELNRPAK YNALNGSMI RKIAPRLLEW ERSDMANVIV IKGSGEKAFC AGGDVAALAK QNAEGPEGVK KSVDYFGLEY KLNHLISTYT R PYVAFLDG ...文字列:
MLVSKSIASR AGLASAVASR SCRPSFTAMP LRAKVLGQQA PISTQAAAEL FKPVEGDEPE DVLFNSLYNL RSVELNRPAK YNALNGSMI RKIAPRLLEW ERSDMANVIV IKGSGEKAFC AGGDVAALAK QNAEGPEGVK KSVDYFGLEY KLNHLISTYT R PYVAFLDG ITMGGGVGLS IHAPFRIATE RTVFAMPETK IGFFPDVGAS FFLPRMPGQV GPYLGLTSAL LKGVQVYYAG IA THYLHSS SLPALESRLA ELTPRDYWTI EQRLSVINDT IEEFSTGVPY DENIEIGGKI RLAIDRCFKY DKIDEIIAAL KEE AAEGAK GGVQSWAKNT LEELTQRSPT SLHVTLRQMR LGKSWGIAHT FKREHQMAAK FMKSHDFNEG VTALLIDKGA NGPA KWKPA SLDEIPPGAN ISEDYFRNDP EVPVLELLND RSYMQYPYNK FGLPNDYDVK EAIEKGNFTR EKLIDHFVET RRGKQ GVRE AVSDVLDRMA VRSKGTEHVQ WKKE

+
分子 #34: mS47

分子名称: mS47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 10.664098 KDa
配列文字列:
MLRTTVSKLA RPTVSRAFAT TSRALAGETG APPKTGGPGD AFQRREKANE DFAIRQREKE KLLELKKKLA EQQKHLKTLS DHIDEITRE QGGERN

+
分子 #36: IF1

分子名称: IF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 23.766729 KDa
配列文字列: MSSKLPTTLL RRPSALPSTT TYTAYSASRP TPPSCTAHGA QGQQIRNATF VPRHRRPYQF TQLVQLSDGS TFTVRTTMPT ALYKSAKDS RNHLLWQPSD KSLKNVELDE AGKLAAFRER YGRGWDLDAK MTPEEEAAAA AALAAGGGAG VPGGKAAKKA A EEALLAKK ...文字列:
MSSKLPTTLL RRPSALPSTT TYTAYSASRP TPPSCTAHGA QGQQIRNATF VPRHRRPYQF TQLVQLSDGS TFTVRTTMPT ALYKSAKDS RNHLLWQPSD KSLKNVELDE AGKLAAFRER YGRGWDLDAK MTPEEEAAAA AALAAGGGAG VPGGKAAKKA A EEALLAKK KKEEEEAAKK AAEAEEADPF DSLTDLISGY ATENMNPGLN FKETRHYGKK K

+
分子 #35: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Neurospora crassa OR74A (菌類)
分子量理論値: 600.339375 KDa
配列文字列: GAUGUAAUAA AAAAAAUUUU UUUUAAUUUU AUAUUACAUC AAUAAAAAUA GAUGAGUUUG GUGAUGGCUC UGAUUGAACA CUGUCCAAA UACUUGACAC AUGCUAAUCG AACGUUUAAU UUUGGCCUAA GAAAGGGGUU UCAUCGUGGC UUAAGCUAAG G GGUUUAUU ...文字列:
GAUGUAAUAA AAAAAAUUUU UUUUAAUUUU AUAUUACAUC AAUAAAAAUA GAUGAGUUUG GUGAUGGCUC UGAUUGAACA CUGUCCAAA UACUUGACAC AUGCUAAUCG AACGUUUAAU UUUGGCCUAA GAAAGGGGUU UCAUCGUGGC UUAAGCUAAG G GGUUUAUU GUGGCUUAAG CUAAGGUUUA AUCUUUGACU UAAGCGGGUG UUUUAGGGGA ACUUGUGCCC CUAAAACCUC UU AAUUAAA AGUGGUGUAC AGGUGAGUAU AAUAUUUUUU CGCUUAACUU AAAGUGAAGG CAAAUCCUUC AUAUUGCAAA AGG AUAUCU UAGGCACCUG UUGAAAGGGG CCUACUUAUA UUAUAUCCGC UUUAAGAGGA UGAGAAAAGU UUCAGAGAUA GGUA GUUGU UAAGGUCAUG GCUUAACAAG CCAAUAAUUC UCUUAGUCGA AGCUGAAAAG GCUGAUCGAC CACAUUGGGA AUGAA AAAA UCCCAAGGCA AAUAGGUACA GCAGUGAGGA AUCUUGGUCA AUGGGCCCAC GCCUGAACUG GUAACUUGGA GGAAUG AGG GGUCAACUUU GCAAAUGGAU GAGUGAUCGU UAGAAGAUCC UUAGUCCCCU GGUCUUCUUG ACACAUGAGG UAUAUAC UU CUAGUCCAUA UUGGGGGGAG ACUCCACGUC GAUUUAUCGA GUAAAAUUCU GUAUACAUAU UGAUAAUGAC AAUAUGUA C AUUUGUCUUG ACUAAUUACG UGCCAGCAGU CGCGGCAAUA CGUAAGAGAC UAGUGUUAAU CAUCAUAAAU AGGUUUAAA GGGUACUCAG ACGGAAAAAU UCGCCCAAAU AUAGGGGACA AUUUUUCUAG AGUUUUAUGU AAGAAGGUCG UACUCUAGAG UGGAGAGAU AAAAUUCUGU GAUACCUAGG GGACGGGUAA AGGCGAAGGC AAUCUUUUAU GUAAAAACUG ACGUCGAAGG A CGAAGGCA AAGGGAACAA AAAGGAUUAG AUACCCCAGU AGUCUUUGCA GACAAUUAUG AAUGCCAUAG GUUAGAUUUU UA AUUUAGU CUAUAAAUGA AAGUGUAAGC AUUUCACCUC AAGAGUAAGG CGGCAACGCA GGAACUGAAA UCACUAGACC GUU UCUGAC ACCAGCAAUG AAGUAUGUUA UUUAAUUCGG UGACCCACGA AAAACCUUAC CACAAUUUGA AUAUUAAUAA UAAU GAUAU UAUUUUUUAU GCUUGAUAUG GCAAGCACUC AAUUUUCCCC UCCCCGUAGG UUUGCCGCGG GGGGGGAGAA AAAAG AAAA AUAAUGGAUA AUAUAGUAAA UACCAUAUUC CAACUAUAUU UAAUUAUUAA UACAAGUGUU GCACGGCUGU CUUCAG UUG AUGUUGCGAA ACUGUGGUUC GUUCCAUGGA AUUAACGUAA ACCCUUGCUU UAUUUGUAAA UAUUAUAAAG CAGUUCA CC UUUAUAUAGG AAAUGAUAAA AGGGAUCAAG ACAAGUCAUC AUGGCCUAAA UAUUGUGGGC UAUAGACGUG CCACAUUU U CCUAAACAAA GAGAUGCAAA AAUGUGAAUU UUAGCUAAUC UCAAAAAAUA GGAUAAAAAU AUACAAGGAU UGUAGUCUG AAAUUCGACU GCAUGAAUAA GAAAUUGCUA GUAAUCGUGA AUCACCAUGA CACGGUGAAU AUUCCCUCGG AUUGGUACUA ACCACUCGU CACAUGCUGA AAGGAGUGCG UGCAAUAAGU UUGCUUUUCU GUUAUAAGUA AGUAGACAUA UAGGUUUAGA U GUUAUAAU AGGAUCCUUC GUAUGCGCGG CUCUGAUUAG UGUUAAGUCG AAAUACGGUU CGUGUAGUGG AAGUUGCACG GG ACUUAUC AAUGUUGAAC AAUACGA

+
分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 97 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #38: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #39: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 22 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES-KOH4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid-KOH
15.0 mMKClPotassium chloride
15.0 mMMg(C2H3O2)2Magnesium acetate
0.05 %DDMn-Dodecyl B-D-maltoside
0.0075 %Cardiolipin1,3-bis(sn-3-phosphatidyl)-sn-glycerol
2.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.7 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 3172 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3551

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 131806
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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