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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10469 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, peripheral stalk, rotational state 1 | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | mitochondria / ATP synthase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Euglena gracilis (ミドリムシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Muhleip A / Amunts A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structure of a mitochondrial ATP synthase with bound native cardiolipin. 著者: Alexander Mühleip / Sarah E McComas / Alexey Amunts / 要旨: The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum ...The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum Euglenozoa that also includes human parasites. It features 29 different subunits, 8 of which are newly identified. The membrane region was determined to 2.8 Å resolution, enabling the identification of 37 associated lipids, including 25 cardiolipins, which provides insight into protein-lipid interactions and their functional roles. The rotor-stator interface comprises four membrane-embedded horizontal helices, including a distinct subunit . The dimer interface is formed entirely by phylum-specific components, and a peripherally associated subcomplex contributes to the membrane curvature. The central and peripheral stalks directly interact with each other. Last, the ATPase inhibitory factor 1 (IF) binds in a mode that is different from human, but conserved in Trypanosomatids. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10469.map.gz | 286.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10469-v30.xml emd-10469.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10469.png | 56.5 KB | ||
マスクデータ | emd_10469_msk_1.map | 325 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10469.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_10469_half_map_1.map.gz emd_10469_half_map_2.map.gz | 258.5 MB 258.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10469 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10469 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10469_validation.pdf.gz | 802.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10469_full_validation.pdf.gz | 802.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10469_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10469_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10469 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10469 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10469.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10469_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10469_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10469_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer, perpipheral st...
全体 | 名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer, perpipheral stalk region in rotational state 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer, perpipheral st...
超分子 | 名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer, perpipheral stalk region in rotational state 1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 2 MDa |
-分子 #1: ATPTB1
分子 | 名称: ATPTB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 56.010633 KDa |
配列 | 文字列: MTAVVKNLAK LPAATSQILT NVSKLQTFHG LLEERRDKYA PLAYHTYDNL KQKTTWHPIA HAWVDEGLPV SKKEYNEYCW LKKDMQRLL PLASPFVFGI YGILPLAVWL SNDGYLPSAF SSKKDIVSKK LEWYSSYGDD LRQQVGPMLQ HRLKRHLRGT L NNEHRLML ...文字列: MTAVVKNLAK LPAATSQILT NVSKLQTFHG LLEERRDKYA PLAYHTYDNL KQKTTWHPIA HAWVDEGLPV SKKEYNEYCW LKKDMQRLL PLASPFVFGI YGILPLAVWL SNDGYLPSAF SSKKDIVSKK LEWYSSYGDD LRQQVGPMLQ HRLKRHLRGT L NNEHRLML DEVTESYKEI FYSHYTGQLR DVRKCAHLRL YDGTSTVLLL TNKEPVELTS ELLQKWNAIK AAKLSPEEEK KA RNEALIE AYKEQELHGG PHVKHMQGYG IPSDTPLLGE NAKGDQYTQP PESASIPLEQ LEWTGDTVFI PAEYRTEVED WGR ELTKLA NQFLLLPWRF VSNAWNQRRL VSWFEEILQE DALIAKEGGV QALSDDELKV ALLDRAVIRC DEELTRGDME ARYK EISWL MSLRNPFIVL AWQTGYYRST YSPEDDLPEA SILPKLNRTV LDVDVHNELA PDHPEKPLPR VHPALYPNSH LALAK EVAV LAK |
-分子 #2: subunit d
分子 | 名称: subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 53.928289 KDa |
配列 | 文字列: MMRRACRIIR PSHVRGVSGV APTIYLRSKA ALPATSTTDV RPQLYALQRF AKAQLKTATE AERAAIEADI ARYQEYLDSD LEKLKQDVA EDTAKKQKLI PLLDRYPDVP IEKIPEHANV LLKKIDACLE ILSKDIGEVT DAEAHEMYFE TSKFQILHIY T GCVASFPE ...文字列: MMRRACRIIR PSHVRGVSGV APTIYLRSKA ALPATSTTDV RPQLYALQRF AKAQLKTATE AERAAIEADI ARYQEYLDSD LEKLKQDVA EDTAKKQKLI PLLDRYPDVP IEKIPEHANV LLKKIDACLE ILSKDIGEVT DAEAHEMYFE TSKFQILHIY T GCVASFPE GDVPPGAVEC LPGQVIRTKV NGEDVMLEID EVDPGYQVCW FKPDVPLPEN AEILWSYPYE PTAALPTGTT WE EGQANVL IPAEPTPEAA VWPPTPVTNV YAPMAEKLAL KSNPELKVLF KEALLQPAKL LPLDVDYQCS HDREVVEAKR DRY LTALVE AEQAPPLPFT PDVLQLQLEH NVLKGELIDR LRALEYTIVT EQLQARLHER RLRGDVIDEW EELDYHPLVR DDTY LAIDF GDPTFGRYIW KLFPHTDGDE ECMFKDTRLD VLPPQVNPLN AILAQHTAQT PVHRSLEKRL WTEVRATAVS E |
-分子 #3: ATPTB3
分子 | 名称: ATPTB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 35.175836 KDa |
配列 | 文字列: MAAKTIPFVA STALGERLFA GVQKVLAAAK APVSLVQTDA KFAPADAKYL LAEPLSAAAT GELANKYGLS SKVTSGAASQ FYPNSIYPS LNVEVVQNLY ALSNPAFSSL SATTTKAVTV KDESAIKLAE LQKETERNIS SFFRDEANKS VQATLRLACD K AIKTKADK ...文字列: MAAKTIPFVA STALGERLFA GVQKVLAAAK APVSLVQTDA KFAPADAKYL LAEPLSAAAT GELANKYGLS SKVTSGAASQ FYPNSIYPS LNVEVVQNLY ALSNPAFSSL SATTTKAVTV KDESAIKLAE LQKETERNIS SFFRDEANKS VQATLRLACD K AIKTKADK KTVMVVTKPH GDAFDDLLAQ VTKSESDGRA DELRNSSVSV EPTLVGNAWP KLVMFPEGVN VVVCGPNASG DQ VAQLFVG IAGGTGMVAQ QLVGDAVVFT SANAEDNENP TGALLAASNL LTALGHEAEA KKIAAAVAKA YTTDRILPKE LPG GKADLE AFIDAVAKHA SA |
-分子 #4: ATPTB4
分子 | 名称: ATPTB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 18.83351 KDa |
配列 | 文字列: MFRGFRPVLA ADAVKFQTLY NVLTGKQHLK DQVPVKDCNL TAIFGASWKA DLNKWFDSEY APKLPAAERD SAKKSLDLYL KRVDLTRYT REELTTYGIL ACGPGKVDAL TEKHLLETGK ARLEELTAGL GNKDEGVNAF RKEVEQEGKY ANWPAEKSKA L ADKVIAAS P |
-分子 #5: oligomycin sensitivity conferrring protein (OSCP)
分子 | 名称: oligomycin sensitivity conferrring protein (OSCP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 29.56452 KDa |
配列 | 文字列: MHMRRAVSVF GRCRSLNGLR NYAVPSPKYI EIYQSDFSRN AYPLELLGGS HVDFAKLLYS FADQVENKKF EVYVEDFKKL DSIIAEKGP FWAEEKIFQS PTFQGLSEGF KFILGWIQSE GAIDRLENVR LAYKELVNEA RKETTATVIV AKEPSGNDLA E IRKQVEEL ...文字列: MHMRRAVSVF GRCRSLNGLR NYAVPSPKYI EIYQSDFSRN AYPLELLGGS HVDFAKLLYS FADQVENKKF EVYVEDFKKL DSIIAEKGP FWAEEKIFQS PTFQGLSEGF KFILGWIQSE GAIDRLENVR LAYKELVNEA RKETTATVIV AKEPSGNDLA E IRKQVEEL HKESPLKDYK LVLETKVDPS IGGGYILEVC NQVVNRSAAA AAAETAALAK ASAAQVDWTS LPAAPPRPSP SA PDTLIRL LGSVVDDLAD ADKVEQKYGA |
-分子 #6: subunit b
分子 | 名称: subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 12.673109 KDa |
配列 | 文字列: MPSTSPADKD VPMSILHTHG LSYVNWCMSL APGLLVFEGF FRARYYRSRV PPSRTVLMNG LKMRMFSLAR QQAPKIVHKP VLSPIPEHL RLVKNVAQVQ IDMLKLLNAQ AAK |
-分子 #7: subunit 8
分子 | 名称: subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ) |
分子量 | 理論値: 7.112312 KDa |
配列 | 文字列: LIPVSLVDLI NINIIFYILL LYTLLLFFIP LFLASINYTY HYIYKYYNYN YNFINNNT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 9045 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 36.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |