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万見
- EMDB-10470: Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10470
タイトルCryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, rotor, rotational state 1
マップデータ
試料
  • 複合体: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: F-type H+-transporting ATPase subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG1
キーワードmitochondria / ATP synthase / MEMBRANE PROTEIN
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Muhleip A / Amunts A
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure of a mitochondrial ATP synthase with bound native cardiolipin.
著者: Alexander Mühleip / Sarah E McComas / Alexey Amunts /
要旨: The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum ...The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum Euglenozoa that also includes human parasites. It features 29 different subunits, 8 of which are newly identified. The membrane region was determined to 2.8 Å resolution, enabling the identification of 37 associated lipids, including 25 cardiolipins, which provides insight into protein-lipid interactions and their functional roles. The rotor-stator interface comprises four membrane-embedded horizontal helices, including a distinct subunit . The dimer interface is formed entirely by phylum-specific components, and a peripherally associated subcomplex contributes to the membrane curvature. The central and peripheral stalks directly interact with each other. Last, the ATPase inhibitory factor 1 (IF) binds in a mode that is different from human, but conserved in Trypanosomatids.
履歴
登録2019年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月27日-
マップ公開2019年11月27日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tdx
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10470.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.086183734 - 0.15326795
平均 (標準偏差)0.00025058468 (±0.0021981446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z462.000462.000462.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-420-29
NX/NY/NZ887886
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0860.1530.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10470_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10470_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10470_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer

全体名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
要素
  • 複合体: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: F-type H+-transporting ATPase subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG1

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超分子 #1: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer

超分子名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 2 MDa

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分子 #1: ATP synthase F1 subunit gamma

分子名称: ATP synthase F1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 35.110375 KDa
配列文字列: MPGGGTIRFW REKLEGYKKY HQIVKTIKMV TLAKYRQTVV RTRVRDQTLR YTRKALDAKT QDDQEVIEKS ECLLYVPITT NRGSCGALN TNMVRYLQEV ENPKMTIISV GKKALDAMTK VFQDTYRRTI LNDMKQAMSF QFAAYVLEHM NTVPWDRAQI V YNRYHGAA ...文字列:
MPGGGTIRFW REKLEGYKKY HQIVKTIKMV TLAKYRQTVV RTRVRDQTLR YTRKALDAKT QDDQEVIEKS ECLLYVPITT NRGSCGALN TNMVRYLQEV ENPKMTIISV GKKALDAMTK VFQDTYRRTI LNDMKQAMSF QFAAYVLEHM NTVPWDRAQI V YNRYHGAA SQKLAIFNLP KFEDWKQKLE EDSAGDGKIE EDGLLQSLPM KTALGELEET AVEDFYNFHS CLAVLNAVSE NE LSEYAAR IVAVENQLGN ITGLMQLADY TYNKTRKELI TAELLEIIGT MTAMHAGKKV GLKKTEFWK

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分子 #2: F-type H+-transporting ATPase subunit delta

分子名称: F-type H+-transporting ATPase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.559953 KDa
配列文字列:
MRASRTLLLS VSRFMRQDPR KFFPDNGFRF FDGPEDSFGD GNIPAQIILT LTRQDEFILK QEPVAAITIR TNEGEMGVLA GHEYTVQQL APGILEVEYE GGKKDQYVIS GGFAHVNDTG VVDINTVEAV PLEEIDHEKL AKALEEARAK SQSPDEAVRI Q GEIALEIF EPLEAALH

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分子 #3: ATP synthase F1 subunit epsilon

分子名称: ATP synthase F1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 8.751981 KDa
配列文字列:
MSWRDAGISY LRYLSIVTRC IHEVQKEGPL LTKNVRFSTI GWKSLYLDHG ATKEYTAIPA ELEKIPENQV AQQHHA

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分子 #4: ATP synthase subunit c

分子名称: ATP synthase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 10.820831 KDa
配列文字列:
MQRGSSITKV VRRAALARST RNAAIAYEVT VNGANLIGAG MAASGVGVPA IGVAMCFSSY MLAAARQPNM SAKLLPYCIL GFALSEALA LFTLLIALLE LFVFS

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分子 #5: ATPEG1

分子名称: ATPEG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.708709 KDa
配列文字列:
MSLAKVWTYA SWIPRGIPKA MANELSSAAA ALAHPEAIAR VAQLESQGKN PYRVARAEFW QMYLACWPYR FRNTVVEWET CKAKVLKGS VDLQDIVDLL YLLAWAYLFW ILGEIYGRGS LYGYRFDGEI HRQEAQNVIL YKEKEAQEMA VVMEKLEKEI Q EWLKTMEQ E

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blot.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 9045 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 36.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 555269
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3559

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 150744
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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