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万見
- PDB-7rd1: The Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adeno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rd1
タイトルThe Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adenovirus Y25
要素
  • (Pre-hexon-linking protein ...) x 2
  • Hexon protein
  • Hexon-interlacing protein
  • Penton protein
  • Pre-protein VI
キーワードVIRUS / Adenovirus / simian adenovirus / chimpanzee adenovirus / vaccine vector / DNA virus / AdV / ChAdV-Y25 / adenovirus Y25 / Y25 / viral vector / ChAdOx1 / chimp Ad / dsDNA virus / icosahedral / chimpanzee adenovirus Y25 / Y-25 / Y 25 / ChAdV
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI ...Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-protein VI / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Baker, A.T. / Boyd, R.J. / Sarkar, D. / Vermaas, J.V. / Williams, D. / Singharoy, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1531991 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: ChAdOx1 interacts with CAR and PF4 with implications for thrombosis with thrombocytopenia syndrome.
著者: Alexander T Baker / Ryan J Boyd / Daipayan Sarkar / Alicia Teijeira-Crespo / Chun Kit Chan / Emily Bates / Kasim Waraich / John Vant / Eric Wilson / Chloe D Truong / Magdalena Lipka-Lloyd / ...著者: Alexander T Baker / Ryan J Boyd / Daipayan Sarkar / Alicia Teijeira-Crespo / Chun Kit Chan / Emily Bates / Kasim Waraich / John Vant / Eric Wilson / Chloe D Truong / Magdalena Lipka-Lloyd / Petra Fromme / Josh Vermaas / Dewight Williams / LeeAnn Machiesky / Meike Heurich / Bolni M Nagalo / Lynda Coughlan / Scott Umlauf / Po-Lin Chiu / Pierre J Rizkallah / Taylor S Cohen / Alan L Parker / Abhishek Singharoy / Mitesh J Borad /
要旨: Vaccines derived from chimpanzee adenovirus Y25 (ChAdOx1), human adenovirus type 26 (HAdV-D26), and human adenovirus type 5 (HAdV-C5) are critical in combatting the severe acute respiratory ...Vaccines derived from chimpanzee adenovirus Y25 (ChAdOx1), human adenovirus type 26 (HAdV-D26), and human adenovirus type 5 (HAdV-C5) are critical in combatting the severe acute respiratory coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic. As part of the largest vaccination campaign in history, ultrarare side effects not seen in phase 3 trials, including thrombosis with thrombocytopenia syndrome (TTS), a rare condition resembling heparin-induced thrombocytopenia (HIT), have been observed. This study demonstrates that all three adenoviruses deployed as vaccination vectors versus SARS-CoV-2 bind to platelet factor 4 (PF4), a protein implicated in the pathogenesis of HIT. We have determined the structure of the ChAdOx1 viral vector and used it in state-of-the-art computational simulations to demonstrate an electrostatic interaction mechanism with PF4, which was confirmed experimentally by surface plasmon resonance. These data confirm that PF4 is capable of forming stable complexes with clinically relevant adenoviruses, an important step in unraveling the mechanisms underlying TTS.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The Structure of ChAdOx1/AZD-1222 Reveals Interactions with CAR and PF4 with Implications for Vaccine-induced Immune Thrombotic Thrombocytopenia
著者: Baker, A.T. / Boyd, R.J. / Sarkar, D. / Vant, J. / Crespo, A.T. / Waraich, K. / Truong, C.D. / Bates, E. / Wilson, E. / Chan, C.K. / Lipka-Lloyd, M. / Fromme, P. / Nagalo, M.B. / Heurich, M. ...著者: Baker, A.T. / Boyd, R.J. / Sarkar, D. / Vant, J. / Crespo, A.T. / Waraich, K. / Truong, C.D. / Bates, E. / Wilson, E. / Chan, C.K. / Lipka-Lloyd, M. / Fromme, P. / Nagalo, M.B. / Heurich, M. / Williams, D. / Chiu, P.L. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L. / Singharoy, A. / Borad, M.J.
履歴
登録2021年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_struct_oper_list.name ..._citation.journal_id_ISSN / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24408
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24408
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Pre-protein VI
U: Pre-protein VI
1: Pre-protein VI
V: Pre-protein VI
2: Pre-protein VI
W: Pre-protein VI
3: Pre-protein VI
X: Pre-protein VI
4: Pre-protein VI
Y: Pre-protein VI
8: Pre-protein VI
Z: Pre-protein VI
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Hexon-interlacing protein
O: Hexon-interlacing protein
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Pre-hexon-linking protein IIIa
S: Pre-hexon-linking protein VIII
T: Pre-hexon-linking protein VIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,821,97032
ポリマ－1,821,97032
非ポリマー00
水00
1
0: Pre-protein VI
U: Pre-protein VI
1: Pre-protein VI
V: Pre-protein VI
2: Pre-protein VI
W: Pre-protein VI
3: Pre-protein VI
X: Pre-protein VI
4: Pre-protein VI
Y: Pre-protein VI
8: Pre-protein VI
Z: Pre-protein VI
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Hexon-interlacing protein
O: Hexon-interlacing protein
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Pre-hexon-linking protein IIIa
S: Pre-hexon-linking protein VIII
T: Pre-hexon-linking protein VIII
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,318,1971920
ポリマ－109,318,1971920
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
0: Pre-protein VI
U: Pre-protein VI
1: Pre-protein VI
V: Pre-protein VI
2: Pre-protein VI
W: Pre-protein VI
3: Pre-protein VI
X: Pre-protein VI
4: Pre-protein VI
Y: Pre-protein VI
8: Pre-protein VI
Z: Pre-protein VI
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Hexon-interlacing protein
O: Hexon-interlacing protein
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Pre-hexon-linking protein IIIa
S: Pre-hexon-linking protein VIII
T: Pre-hexon-linking protein VIII
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 9.11 MDa, 160 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,109,850160
ポリマ－9,109,850160
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
0: Pre-protein VI
U: Pre-protein VI
1: Pre-protein VI
V: Pre-protein VI
2: Pre-protein VI
W: Pre-protein VI
3: Pre-protein VI
X: Pre-protein VI
4: Pre-protein VI
Y: Pre-protein VI
8: Pre-protein VI
Z: Pre-protein VI
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
M: Penton protein
N: Hexon-interlacing protein
O: Hexon-interlacing protein
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Pre-hexon-linking protein IIIa
S: Pre-hexon-linking protein VIII
T: Pre-hexon-linking protein VIII
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 10.9 MDa, 192 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,931,820192
ポリマ－10,931,820192
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 29分子 0U1V2W3X4Y8ZABCDEFGHIJKLMNOPQ

#1: タンパク質
Pre-protein VI / pVI


分子量: 26299.689 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
遺伝子: L3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G9G853
#2: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 106121.141 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
遺伝子: L3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G9G854
#3: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 59533.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
遺伝子: L2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G9G849
#4: タンパク質
Hexon-interlacing protein / Protein IX


分子量: 14468.118 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
遺伝子: IX / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G9G843

-
Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 RST

#5: タンパク質 Pre-hexon-linking protein IIIa / Capsid vertex-specific component IIIa / CVSC / Protein IIIa / pIIIa


分子量: 65954.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G9G848
#6: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 24779.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
遺伝子: L4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G9G860

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Chimpanzee adenovirus Y25 / タイプ: VIRUS
詳細: Rescued from a bacterial artificial chromosome containing the ChAdOx1 genome and propagated in HEK293 T-Rex cells.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス) / 株: ChAdOx1
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pan troglodytes
ウイルス殻名称: Icosahedral Capsid / 直径: 500 nm / 三角数 (T数): 25
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSaltNaCl1
21 mMMagnesium ChlorideMgCl21
320 mMTrisC4H11NO31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Concentrated by centrifugation
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: Grid was R2/2 UltrAUFoil. Sample was applied and blotted twice before plunging.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.1802 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2875
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2CTFFIND4.1粒子像選択
5RELION3.1.1CTF補正
6CTFFIND4.1CTF補正
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
14RELION3.1.1３次元再構成
15MDFFモデル精密化
16ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 8375
3次元再構成解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5748 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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