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- EMDB-24408: The Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adeno... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24408
タイトルThe Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adenovirus Y25
マップデータRelion-generated, post-processed map
試料
  • ウイルス: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
キーワードAdenovirus / simian adenovirus / chimpanzee adenovirus / vaccine vector / DNA virus / AdV / ChAdV-Y25 / adenovirus Y25 / Y25 / viral vector / ChAdOx1 / chimp Ad / dsDNA virus / icosahedral / chimpanzee adenovirus Y25 / Y-25 / Y 25 / ChAdV / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI ...Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-protein VI / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Baker AT / Boyd RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1531991 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: ChAdOx1 interacts with CAR and PF4 with implications for thrombosis with thrombocytopenia syndrome.
著者: Alexander T Baker / Ryan J Boyd / Daipayan Sarkar / Alicia Teijeira-Crespo / Chun Kit Chan / Emily Bates / Kasim Waraich / John Vant / Eric Wilson / Chloe D Truong / Magdalena Lipka-Lloyd / ...著者: Alexander T Baker / Ryan J Boyd / Daipayan Sarkar / Alicia Teijeira-Crespo / Chun Kit Chan / Emily Bates / Kasim Waraich / John Vant / Eric Wilson / Chloe D Truong / Magdalena Lipka-Lloyd / Petra Fromme / Josh Vermaas / Dewight Williams / LeeAnn Machiesky / Meike Heurich / Bolni M Nagalo / Lynda Coughlan / Scott Umlauf / Po-Lin Chiu / Pierre J Rizkallah / Taylor S Cohen / Alan L Parker / Abhishek Singharoy / Mitesh J Borad /
要旨: Vaccines derived from chimpanzee adenovirus Y25 (ChAdOx1), human adenovirus type 26 (HAdV-D26), and human adenovirus type 5 (HAdV-C5) are critical in combatting the severe acute respiratory ...Vaccines derived from chimpanzee adenovirus Y25 (ChAdOx1), human adenovirus type 26 (HAdV-D26), and human adenovirus type 5 (HAdV-C5) are critical in combatting the severe acute respiratory coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic. As part of the largest vaccination campaign in history, ultrarare side effects not seen in phase 3 trials, including thrombosis with thrombocytopenia syndrome (TTS), a rare condition resembling heparin-induced thrombocytopenia (HIT), have been observed. This study demonstrates that all three adenoviruses deployed as vaccination vectors versus SARS-CoV-2 bind to platelet factor 4 (PF4), a protein implicated in the pathogenesis of HIT. We have determined the structure of the ChAdOx1 viral vector and used it in state-of-the-art computational simulations to demonstrate an electrostatic interaction mechanism with PF4, which was confirmed experimentally by surface plasmon resonance. These data confirm that PF4 is capable of forming stable complexes with clinically relevant adenoviruses, an important step in unraveling the mechanisms underlying TTS.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The Structure of ChAdOx1/AZD-1222 Reveals Interactions with CAR and PF4 with Implications for Vaccine-induced Immune Thrombotic Thrombocytopenia
著者: Baker AT / Boyd RJ / Sarkar D / Vant J / Crespo AT / Waraich K / Truong CD / Bates E / Wilson E / Chan CK / Lipka-Lloyd M / Fromme P / Nagalo MB / Heurich M / Williams D / Chiu PL / Rizkallah ...著者: Baker AT / Boyd RJ / Sarkar D / Vant J / Crespo AT / Waraich K / Truong CD / Bates E / Wilson E / Chan CK / Lipka-Lloyd M / Fromme P / Nagalo MB / Heurich M / Williams D / Chiu PL / Rizkallah PJ / Parker AL / Singharoy A / Borad MJ
履歴
登録2021年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月15日-
マップ公開2021年12月15日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rd1
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7rd1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Relion-generated, post-processed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.53143 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.05644682 - 0.0945594
平均 (標準偏差)0.0001226028 (±0.0024764268)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ126012601260
Spacing126012601260
セルA=B=C: 1929.6006 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.53142936507941.53142936507941.5314293650794
M x/y/z126012601260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1929.6011929.6011929.601
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS126012601260
D min/max/mean-0.0560.0950.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_24408_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer-sharpened using highRes model

ファイルemd_24408_additional_1.map
注釈DeepEMhancer-sharpened using highRes model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer-sharpened using wideTarget model

ファイルemd_24408_additional_2.map
注釈DeepEMhancer-sharpened using wideTarget model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer-sharpened using wideTarget model and low pass-filtered

ファイルemd_24408_additional_3.map
注釈DeepEMhancer-sharpened using wideTarget model and low pass-filtered
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Hollowed to remove noise generated by nonstructured genome

ファイルemd_24408_additional_4.map
注釈Hollowed to remove noise generated by nonstructured genome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Random half map

ファイルemd_24408_half_map_1.map
注釈Random half map
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: Random half map

ファイルemd_24408_half_map_2.map
注釈Random half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chimpanzee adenovirus Y25

全体名称: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII

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超分子 #1: Chimpanzee adenovirus Y25

超分子名称: Chimpanzee adenovirus Y25 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Rescued from a bacterial artificial chromosome containing the ChAdOx1 genome and propagated in HEK293 T-Rex cells.
NCBI-ID: 1123958 / 生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 / Sci species strain: ChAdOx1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pan troglodytes (チンパンジー)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Icosahedral Capsid / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 25

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分子 #1: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
分子量理論値: 26.299689 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEDINFSSLA PRHGTRPFMG TWSDIGTSQL NGGAFNWSSL WSGLKNFGST LKTYGSKAWN STTGQALRDK LKEQNFQQKV VDGLASGIN GVVDLANQAV QRQINSRLDP VPPAGSVEMP QVEEELPPLD KRGEKRPRPD AEETLLTHTD EPPPYEEAVK L GLPTTRPI ...文字列:
MEDINFSSLA PRHGTRPFMG TWSDIGTSQL NGGAFNWSSL WSGLKNFGST LKTYGSKAWN STTGQALRDK LKEQNFQQKV VDGLASGIN GVVDLANQAV QRQINSRLDP VPPAGSVEMP QVEEELPPLD KRGEKRPRPD AEETLLTHTD EPPPYEEAVK L GLPTTRPI APLATGVLKP ESNKPATLDL PPPASRPSTV AKPLPPVAVA RARPGGSARP HANWQSTLNS IVGLGVQSVK RR RCY

UniProtKB: Pre-protein VI

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分子 #2: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
分子量理論値: 106.121141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATPSMLPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREDNTYSY KVRYTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNSSQWEQKK AGNGDTMETH TFGVAPMGGE N ITIDGLQI ...文字列:
MATPSMLPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREDNTYSY KVRYTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNSSQWEQKK AGNGDTMETH TFGVAPMGGE N ITIDGLQI GTDATADQDK PIYADKTFQP EPQVGEENWQ ETESFYGGRA LKKDTSMKPC YGSYARPTNV KGGQAKLKVG AD GVPTKEF DIDLAFFDTP GGTVNGQDEY KADIVMYTEN TYLETPDTHV VYKPGKDDAS SEINLVQQSM PNRPNYIGFR DNF IGLMYY NSTGNMGVLA GQASQLNAVV DLQDRNTELS YQLLLDSLGD RTRYFSMWNQ AVDSYDPDVR IIENHGVEDE LPNY CFPLD GSGTNAAYQG VKVKNGNDGD VESEWENDDT VAARNQLCKG NIFAMEINLQ ANLWRSFLYS NVALYLPDSY KYTPA NITL PTNTNTYDYM NGRVVPPSLV DAYINIGARW SLDPMDNVNP FNHHRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHIQVPQ KFFAIK SLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMIL QSSLGNDLRT DGASISFTSI NLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTNDQSF NDYLSAA NM LYPIPANATN VPISIPSRNW AAFRGWSFTR LKTKETPSLG SGFDPYFVYS GSIPYLDGTF YLNHTFKKVS ITFDSSVS W PGNDRLLTPN EFEIKRTVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML AHYNIGYQGF YVPEGYKDRM YSFFRNFQPM SRQVVDEVN YKDYQAVTLA YQHNNSGFVG YLAPTMRQGQ PYPANYPYPL IGKSAVTSVT QKKFLCDRVM WRIPFSSNFM SMGALTDLGQ NMLYANSAH ALDMNFEVDP MDESTLLYVV FEVFDVVRVH QPHRGVIEAV YLRTPFSAGN ATT

UniProtKB: Hexon protein

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分子 #3: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
分子量理論値: 59.533656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMRRAYPEGP PPSYESVMQQ AMAAAAAMQP PLEAPYVPPR YLAPTEGRNS IRYSELAPLY DTTRLYLVDN KSADIASLNY QNDHSNFLT TVVQNNDFTP TEASTQTINF DERSRWGGQL KTIMHTNMPN VNEFMYSNKF KARVMVSRKT PNGVTVTDGS Q DILEYEWV ...文字列:
MMRRAYPEGP PPSYESVMQQ AMAAAAAMQP PLEAPYVPPR YLAPTEGRNS IRYSELAPLY DTTRLYLVDN KSADIASLNY QNDHSNFLT TVVQNNDFTP TEASTQTINF DERSRWGGQL KTIMHTNMPN VNEFMYSNKF KARVMVSRKT PNGVTVTDGS Q DILEYEWV EFELPEGNFS VTMTIDLMNN AIIDNYLAVG RQNGVLESDI GVKFDTRNFR LGWDPVTELV MPGVYTNEAF HP DIVLLPG CGVDFTESRL SNLLGIRKRQ PFQEGFQIMY EDLEGGNIPA LLDVDAYEKS KEESAAAATA AVATASTEVR GDN FASPAA VAAAEAAETE SKIVIQPVEK DSKDRSYNVL PDKINTAYRS WYLAYNYGDP EKGVRSWTLL TTSDVTCGVE QVYW SLPDM MQDPVTFRST RQVSNYPVVG AELLPVYSKS FFNEQAVYSQ QLRAFTSLTH VFNRFPENQI LVRPPAPTIT TVSEN VPAL TDHGTLPLRS SIRGVQRVTV TDARRRTCPY VYKALGIVAP RVLSSRTF

UniProtKB: Penton protein

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分子 #4: Hexon-interlacing protein

分子名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
分子量理論値: 14.468118 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSGSGSFEGG VFSPYLTGRL PSWAGVRQNV MGSTVDGRPV QPANSSTLTY ATLSSSSVDA AAAAAAASAA SAVRGMAMGA GYYGTLVAN SSSTNNPASL NEEKLLLLMA QLEALTQRLG ELTQQVAQLQ EQTRAAVATV KSK

UniProtKB: Hexon-interlacing protein

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分子 #5: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
分子量理論値: 65.9545 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQQQPPPDPA MRAALQSQPS GINSSDDWTQ AMQRIMALTT RNPEAFRQQP QANRLSAILE AVVPSRSNPT HEKVLAIVNA LVENKAIRG DEAGLVYNAL LERVARYNST NVQTNLDRMV TDVREAVAQR ERFHRESNLG SMVALNAFLS TQPANVPRGQ E DYTNFISA ...文字列:
MQQQPPPDPA MRAALQSQPS GINSSDDWTQ AMQRIMALTT RNPEAFRQQP QANRLSAILE AVVPSRSNPT HEKVLAIVNA LVENKAIRG DEAGLVYNAL LERVARYNST NVQTNLDRMV TDVREAVAQR ERFHRESNLG SMVALNAFLS TQPANVPRGQ E DYTNFISA LRLMVTEVPQ SEVYQSGPDY FFQTSRQGLQ TVNLSQAFKN LQGLWGVQAP VGDRATVSSL LTPNSRLLLL LV APFTDSG SINRNSYLGY LINLYREAIG QAHVDEQTYQ EITHVSRALG QDDPGNLEAT LNFLLTNRSQ KIPPQYTLSA EEE RILRYV QQSVGLFLMQ EGATPSAALD MTARNMEPSM YASNRPFINK LMDYLHRAAA MNSDYFTNAI LNPHWLPPPG FYTG EYDMP DPNDGFLWDD VDSSVFSPRP GANERPLWKK EGSDRRPSSA LSGREGAAAA VPEAASPFPS LPFSLNSIRS SELGR ITRP RLLGEEEYLN DSLLRPEREK NFPNNGIESL VDKMSRWKTY AQEHRDDPSQ GATSRGSAAR KRRWHDRQRG LMWDDE DSA DDSSVLDLGG SGNPFAHLRP RIGRMM

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa

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分子 #6: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chimpanzee adenovirus Y25 (ウイルス)
分子量理論値: 24.779684 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR MNWLSAGPAM ISRVNDIRAH RNQILLEQSA LTATPRNHLN PRNWPAALVY QEIPQPTTV LLPRDAQAEV QLTNSGVQLA GGATLCRHRP AQGIKRLVIR GRGTQLNDEV VSSSLGLRPD GVFQLAGSGR S SFTPRQAV ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR MNWLSAGPAM ISRVNDIRAH RNQILLEQSA LTATPRNHLN PRNWPAALVY QEIPQPTTV LLPRDAQAEV QLTNSGVQLA GGATLCRHRP AQGIKRLVIR GRGTQLNDEV VSSSLGLRPD GVFQLAGSGR S SFTPRQAV LTLESSSSQP RSGGIGTLQF VEEFTPSVYF NPFSGSPGHY PDEFIPNFDA ISESVDGYD

UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSalt
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grid was R2/2 UltrAUFoil. Sample was applied and blotted twice before plunging..
詳細Concentrated by centrifugation

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2875 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.1802 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 8375
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 5748
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7rd1:
The Capsid Structure of the ChAdOx1 viral vector/chimpanzee adenovirus Y25

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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