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- PDB-6cgv: Revised crystal structure of human adenovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgv
タイトルRevised crystal structure of human adenovirus
要素
  • (Pre-hexon-linking protein ...) x 2
  • Hexon protein
  • Hexon-interlacing protein
  • Penton protein
  • Pre-protein VI
キーワードVIRUS / Human adenovirus Crystal structure Ad5F35 Ad35F
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport along microtubule / hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral life cycle / viral capsid ...protein transport along microtubule / hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral life cycle / viral capsid / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI ...Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein IIIa / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Natchiar, S.K. / Venkataraman, S. / Nemerow, G.R. / Reddy, V.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI070771 米国
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / : 2018
タイトル: Revised Crystal Structure of Human Adenovirus Reveals the Limits on Protein IX Quasi-Equivalence and on Analyzing Large Macromolecular Complexes.
著者: Kundhavai Natchiar, S. / Venkataraman, S. / Mullen, T.M. / Nemerow, G.R. / Reddy, V.S.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2014
タイトル: Structures and organization of adenovirus cement proteins provide insights into the role of capsid maturation in virus entry and infection.
著者: Reddy, V.S. / Nemerow, G.R.
履歴
登録2018年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年4月25日ID: 4CWU
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / refine / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton protein
M: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
U: Pre-hexon-linking protein VIII
V: Pre-hexon-linking protein VIII
W: Pre-protein VI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,532,27421
ポリマ-1,532,27421
非ポリマー00
00
1
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton protein
M: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
U: Pre-hexon-linking protein VIII
V: Pre-hexon-linking protein VIII
W: Pre-protein VI
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,936,4371260
ポリマ-91,936,4371260
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton protein
M: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
U: Pre-hexon-linking protein VIII
V: Pre-hexon-linking protein VIII
W: Pre-protein VI
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 7.66 MDa, 105 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,661,370105
ポリマ-7,661,370105
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton protein
M: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
U: Pre-hexon-linking protein VIII
V: Pre-hexon-linking protein VIII
W: Pre-protein VI
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 9.19 MDa, 126 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,193,644126
ポリマ-9,193,644126
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一(異なる座標系)
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作
transform to point frame1
6
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton protein
M: Pre-hexon-linking protein IIIa
P: Hexon-interlacing protein
Q: Hexon-interlacing protein
R: Hexon-interlacing protein
S: Hexon-interlacing protein
U: Pre-hexon-linking protein VIII
V: Pre-hexon-linking protein VIII
W: Pre-protein VI
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 91.9 MDa, 1260 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,936,4371260
ポリマ-91,936,4371260
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)854.245, 855.315, 865.907
Angle α, β, γ (deg.)60.38, 60.43, 61.98
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対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
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19generate(0.76935041, 0.45547871, 0.44792756), (0.4554787, -0.88274745, 0.11530868), (0.44792757, 0.11530869, -0.88660296)
20generate(-0.32341827, 0.42913052, 0.84335499), (0.4291305, -0.72781856, 0.53490854), (0.84335498, 0.53490855, 0.05123682)
21generate(-0.36104716, 0.47020323, 0.80532844), (-0.93012904, -0.11941809, -0.34727406), (-0.06711861, -0.87444167, 0.48046525)
22generate(-0.997761, 0.04227114, -0.05182797), (0.04227114, -0.20194351, -0.97848453), (-0.05182799, -0.97848453, 0.19970451)
23generate(-0.29810609, -0.18071805, -0.93726931), (0.92528851, 0.18648085, -0.33025151), (0.23446517, -0.96569451, 0.11162524)
24generate(0.77101826, 0.10939916, -0.62734574), (0.49862307, 0.50906572, 0.701589), (0.39611345, -0.85374699, 0.33795001)
25generate(0.73211854, 0.51169064, 0.4496389), (-0.64808803, 0.32000978, 0.69106848), (0.20972443, -0.79734963, 0.56590567)
26generate(0.36063713, -0.47110034, -0.8049878), (0.65133185, -0.49056414, 0.57889), (-0.66761341, -0.73308342, 0.12992701)
27generate(0.99772554, -0.04330054, 0.05166054), (-0.06638193, -0.49799191, 0.8646372), (-0.01171271, -0.86609995, -0.49973363)
28generate(0.29867724, 0.1798448, 0.93725544), (-0.53693784, -0.78023752, 0.32082265), (0.78898014, -0.59907033, -0.13647371)
29generate(-0.77044677, -0.1100436, 0.62793486), (-0.1100436, -0.94724712, -0.30102043), (0.62793484, -0.30102042, 0.7176939)
30generate(-0.73215346, -0.51234982, -0.44883068), (0.62434746, -0.76821913, -0.14152604), (-0.27228948, -0.38384507, 0.8823386)
31generate(-0.36159672, -0.18137505, -0.91452223), (-0.65094832, 0.75134719, 0.10836823), (0.66746841, 0.6344923, -0.38975048)
32generate(0.73152549, 0.08535728, -0.67645001), (-0.6247696, 0.48118256, -0.61491973), (0.27300808, 0.87245486, 0.40532594)
33generate(0.77101826, 0.49862309, 0.39611346), (0.10939917, 0.50906571, -0.85374699), (-0.62734572, 0.701589, 0.33795002)
34generate(-0.29769607, 0.48730307, 0.82092191), (0.5369617, 0.79646308, -0.2780624), (-0.78933464, 0.35802554, -0.498767)
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40generate(0.99772554, -0.06638192, -0.01171273), (-0.04330053, -0.49799192, -0.86609994), (0.05166055, 0.8646372, -0.49973362)
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42generate(0.33837625, -0.89821778, -0.28054653), (0.94099705, 0.3246004, 0.09570326), (0.00510313, -0.29637717, 0.95505734)
43generate(0.73152548, -0.62476961, 0.27300807), (0.08535727, 0.48118257, 0.87245485), (-0.67645, -0.61491973, 0.40532594)
44generate(0.27508165, -0.48768063, 0.82855156), (-0.91425102, 0.13393719, 0.3823688), (-0.29744772, -0.86268676, -0.40901885)
45generate(-0.40016537, -0.67640315, 0.61834171), (-0.67640313, -0.23725443, -0.69727263), (0.61834171, -0.69727264, -0.3625802)
46generate(-0.36159673, -0.65094833, 0.66746842), (-0.18137505, 0.7513472, 0.6344923), (-0.91452222, 0.10836821, -0.38975047)
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53generate(-0.73215346, 0.62434747, -0.27228947), (-0.51234981, -0.76821913, -0.38384507), (-0.44883068, -0.14152603, 0.8823386)
54generate(-0.27571018, 0.48688827, -0.82880861), (0.48688827, -0.67269982, -0.55714878), (-0.8288086, -0.55714878, -0.05159)
55generate(0.40051802, 0.67563465, -0.61895327), (0.91618825, -0.28528264, 0.28144785), (0.0135793, -0.67980265, -0.73326937)
56generate(0.36063713, 0.65133186, -0.66761342), (-0.47110033, -0.49056415, -0.73308342), (-0.80498778, 0.57889001, 0.12992702)
57generate(0.40051802, 0.91618827, 0.0135793), (0.67563464, -0.28528264, -0.67980265), (-0.61895326, 0.28144786, -0.73326936)
58generate(-0.27445368, 0.91467318, 0.29672913), (0.91467316, 0.15309937, 0.37407697), (0.29672912, 0.37407697, -0.87864569)
59generate(-0.73149002, 0.6488804, -0.20946737), (-0.08432788, 0.21875285, 0.97212962), (0.67661743, 0.72876706, -0.10529683)
60generate(-0.33898231, 0.48612652, -0.80546384), (-0.940783, -0.17905308, 0.28786687), (-0.00428106, 0.85534848, 0.51803539)

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 17分子 ABCDEFGHIJKLNPQRS

#1: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 107804.242 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04133
#2: タンパク質 Penton protein / CP-P / Penton base protein / Protein III


分子量: 63356.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12538
#4: タンパク質
Hexon-interlacing protein / Protein IX


分子量: 14468.134 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: IX / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03281

-
Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 MUV

#3: タンパク質 Pre-hexon-linking protein IIIa / Capsid vertex-specific component IIIa / CVSC / Protein IIIa / pIIIa


分子量: 65322.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12537
#5: タンパク質 Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VIII / pVIII


分子量: 24710.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24936

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 W

#6: タンパク質・ペプチド Pre-protein VI / pVI


分子量: 2649.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24937

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: Trapazoidal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100MM HEPES PH 7.0, 200MM CALCIUM ACETATE, 14% PEG550 MME, 15% GLYCEROL.
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.85506 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85506 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→129 Å / Num. obs: 15015304 / % possible obs: 53.2 % / Observed criterion σ(F): 1.1 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 20.04 Å2 / Rsym value: 0.363 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.8→129 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.427 -
Rwork0.422 -
obs-15015304
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数99723 0 0 0 99723

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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