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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o7r | |||||||||||||||
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タイトル | (h-alpha2M)4 plasmin-activated I state | |||||||||||||||
要素 | Alpha-2-macroglobulin | |||||||||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / alpha2-macroglobulin / proteinase / serum proteostasis / hydrolase inhibitor | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / brain-derived neurotrophic factor binding / interleukin-8 binding / response to prostaglandin E / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / interleukin-1 binding / brain-derived neurotrophic factor binding / interleukin-8 binding / response to prostaglandin E / embryonic liver development / acute inflammatory response to antigenic stimulus / luteinization / tumor necrosis factor binding / HDL assembly / response to carbon dioxide / nerve growth factor binding / endopeptidase inhibitor activity / growth factor binding / response to nutrient / response to glucocorticoid / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Degradation of the extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / stem cell differentiation / calcium-dependent protein binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Platelet degranulation / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / signaling receptor binding / enzyme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Luque, D. / Goulas, T. / Mata, C.P. / Mendes, S.R. / Gomis-Ruth, F.X. / Caston, J.R. | |||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures show the mechanistic basis of pan-peptidase inhibition by human α-macroglobulin. 著者: Daniel Luque / Theodoros Goulas / Carlos P Mata / Soraia R Mendes / F Xavier Gomis-Rüth / José R Castón / 要旨: Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we ...Human α2-macroglobulin (hα2M) is a multidomain protein with a plethora of essential functions, including transport of signaling molecules and endopeptidase inhibition in innate immunity. Here, we dissected the molecular mechanism of the inhibitory function of the ∼720-kDa hα2M tetramer through eight cryo–electron microscopy (cryo-EM) structures of complexes from human plasma. In the native complex, the hα2M subunits are organized in two flexible modules in expanded conformation, which enclose a highly porous cavity in which the proteolytic activity of circulating plasma proteins is tested. Cleavage of bait regions exposed inside the cavity triggers rearrangement to a compact conformation, which closes openings and entraps the prey proteinase. After the expanded-to-compact transition, which occurs independently in the four subunits, the reactive thioester bond triggers covalent linking of the proteinase, and the receptor-binding domain is exposed on the tetramer surface for receptor-mediated clearance from circulation. These results depict the molecular mechanism of a unique suicidal inhibitory trap. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o7r.cif.gz | 886 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o7r.ent.gz | 745.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o7r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o7r_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o7r_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7o7r_validation.xml.gz | 136.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o7r_validation.cif.gz | 192.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/7o7r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12754MC 7o7lC 7o7mC 7o7nC 7o7oC 7o7pC 7o7qC 7o7sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 163465.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01023 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human alpha-2-macroglobulin plasmin-activated I state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Blood plasma |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 38.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 4978 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1035080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121437 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL |