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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nw0 | ||||||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Initiation | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / : / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion ...MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / : / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / ventricular system development / hair follicle maturation / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / hair cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / phosphatase activator activity / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / UV protection / transcription factor TFIIK complex / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription factor TFIIF complex / DNA 5'-3' helicase / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / G protein-coupled receptor internalization / adult heart development / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / male pronucleus / female pronucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / germinal vesicle / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / nuclear thyroid hormone receptor binding / Signaling by FGFR2 IIIa TM / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Viral Messenger RNA Synthesis / hematopoietic stem cell proliferation / 3'-5' DNA helicase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription factor TFIID complex / bone mineralization / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / organelle membrane / mRNA Capping / spinal cord development / protein acetylation / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) Human mastadenovirus C (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Aibara, S. / Schilbach, S. / Cramer, P. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structures of mammalian RNA polymerase II pre-initiation complexes. 著者: Shintaro Aibara / Sandra Schilbach / Patrick Cramer / 要旨: The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) ...The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) assembles with general transcription factors into a pre-initiation complex (PIC) that opens promoter DNA. Previous work provided the molecular architecture of the yeast and human PIC and a topological model for DNA opening by the general transcription factor TFIIH. Here we report the high-resolution cryo-electron microscopy structure of PIC comprising human general factors and Sus scrofa domesticus Pol II, which is 99.9% identical to human Pol II. We determine the structures of PIC with closed and opened promoter DNA at 2.5-2.8 Å resolution, and resolve the structure of TFIIH at 2.9-4.0 Å resolution. We capture the TFIIH translocase XPB in the pre- and post-translocation states, and show that XPB induces and propagates a DNA twist to initiate the opening of DNA approximately 30 base pairs downstream of the TATA box. We also provide evidence that DNA opening occurs in two steps and leads to the detachment of TFIIH from the core PIC, which may stop DNA twisting and enable RNA chain initiation. | ||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 7nw0.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nw0.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nw0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 7nw0_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nw0_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nw0_validation.xml.gz | 208.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nw0_validation.cif.gz | 318.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/7nw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/7nw0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12619MC 7nvrC 7nvsC 7nvtC 7nvuC 7nvvC 7nvwC 7nvxC 7nvyC 7nvzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 8分子 03ABDKLO
#1: タンパク質 | 分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P51948 |
#9: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) |
#10: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
#19: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 |
#20: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
#23: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20226 |
-General transcription ... , 9種, 9分子 124567QRW
#2: タンパク質 | 分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32780 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92759 |
#5: タンパク質 | 分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13889 |
#6: タンパク質 | 分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H5, C6orf175, TTDA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6ZYL4 |
#7: タンパク質 | 分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H2, BTF2P44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13888 |
#8: タンパク質 | 分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC3, XPB, XPBC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19447, DNA helicase |
#24: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269 |
#25: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase |
#29: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083 |
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 CEFGI
#11: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#14: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#15: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9 |
#17: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ
#16: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MUVX
#21: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase |
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#27: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52655 |
#28: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52657 |
#30: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#22: DNA鎖 | 分子量: 32911.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Human mastadenovirus C (ウイルス) / 参照: GenBank: 1706691521 |
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#26: DNA鎖 | 分子量: 32508.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Human mastadenovirus C (ウイルス) / 参照: GenBank: 1706691521 |
-Unassigned peptide, likely ... , 2種, 2分子 YZ
#31: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#32: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-非ポリマー , 5種, 20分子
#33: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||||
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#34: 化合物 | ChemComp-ZN / #35: 化合物 | ChemComp-ADP / | #36: 化合物 | #37: 化合物 | ChemComp-BEF / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#32 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 1.37 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26146 / 対称性のタイプ: POINT |