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- PDB-7na6: Cryo-EM structure of AAV True Type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7na6
タイトルCryo-EM structure of AAV True Type
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / Icosahedron / vector / therapeutic / beta-barrel
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Bennett, A.D. / McKenna, R.
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Comparative structural, biophysical, and receptor binding study of true type and wild type AAV2.
著者: Antonette Bennett / Joshua Hull / Nelly Jolinon / Julie Tordo / Katie Moss / Enswert Binns / Mario Mietzsch / Cathleen Hagemann / R Michael Linden / Andrea Serio / Paul Chipman / Duncan Sousa ...著者: Antonette Bennett / Joshua Hull / Nelly Jolinon / Julie Tordo / Katie Moss / Enswert Binns / Mario Mietzsch / Cathleen Hagemann / R Michael Linden / Andrea Serio / Paul Chipman / Duncan Sousa / Felix Broecker / Peter Seeberger / Els Henckaerts / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Adeno-associated viruses (AAV) are utilized as gene transfer vectors in the treatment of monogenic disorders. A variant, rationally engineered based on natural AAV2 isolates, designated AAV-True Type ...Adeno-associated viruses (AAV) are utilized as gene transfer vectors in the treatment of monogenic disorders. A variant, rationally engineered based on natural AAV2 isolates, designated AAV-True Type (AAV-TT), is highly neurotropic compared to wild type AAV2 in vivo, and vectors based on it, are currently being evaluated for central nervous system applications. AAV-TT differs from AAV2 by 14 amino acids, including R585S and R588T, two residues previously shown to be essential for heparan sulfate binding of AAV2. The capsid structures of AAV-TT and AAV2 visualized by cryo-electron microscopy at 3.4 and 3.0 Å resolution, respectively, highlighted structural perturbations at specific amino acid differences. Differential scanning fluorimetry (DSF) performed at different pH conditions demonstrated that the melting temperature (T) of AAV2 was consistently ∼5 °C lower than AAV-TT, but both showed maximal stability at pH 5.5, corresponding to the pH in the late endosome, proposed as required for VP1u externalization to facilitate endosomal escape. Reintroduction of arginines at positions 585 and 588 in AAV-TT caused a reduction in T, demonstrating that the lack of basic amino acids at these positions are associated with capsid stability. These results provide structural and thermal annotation of AAV2/AAV-TT residue differences, that account for divergent cell binding, transduction, antigenic reactivity, and transduction of permissive tissues between the two viruses. Specifically, these data indicate that AAV-TT may not utilize a glycan receptor mediated pathway to enter cells and may have lower antigenic properties as compared to AAV2.
履歴
登録2021年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24266
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
U: Capsid protein VP1
V: Capsid protein VP1
W: Capsid protein VP1
X: Capsid protein VP1
Y: Capsid protein VP1
Z: Capsid protein VP1
a: Capsid protein VP1
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x: Capsid protein VP1
y: Capsid protein VP1
z: Capsid protein VP1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Capsid protein VP1
8: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,508,93560
ポリマ－3,508,93560
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein VP1


分子量: 58482.258 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q670S0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: SF9
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 260 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
実像数: 1444

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4Auto3DEMCTF補正
12cisTEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 14778
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9241 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 25 / プロトコル: FLEXIBLE FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01255180
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.823348120
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.721202980
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05136420
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00546080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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