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- PDB-7mby: Human Cholecystokinin 1 receptor (CCK1R) Gq chimera (mGsqi) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mby
タイトルHuman Cholecystokinin 1 receptor (CCK1R) Gq chimera (mGsqi) complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Cholecystokinin receptor type A
  • Cholecystokinin-8
キーワードMEMBRANE PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / GPCR / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide hormone activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma ...cholecystokinin receptor activity / cholecystokinin signaling pathway / regulation of hormone secretion / neuropeptide hormone activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / eating behavior / photoreceptor outer segment membrane / spectrin binding / peptide hormone receptor binding / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / forebrain development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / peptide hormone binding / regulation of skeletal muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / photoreceptor outer segment / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / digestion / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / Hedgehog 'off' state / cellular response to acidic pH / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / cardiac muscle cell apoptotic process / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / photoreceptor inner segment / D2 dopamine receptor binding / axonogenesis / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / cellular response to glucagon stimulus / G protein-coupled serotonin receptor binding / intracellular glucose homeostasis / cellular response to forskolin / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / trans-Golgi network membrane / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to prostaglandin E / hormone activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / bone development / G protein-coupled receptor binding / platelet aggregation / response to peptide hormone / cognition / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron migration / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / sensory perception of smell / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors
類似検索 - 分子機能
Cholecystokinin-like / Gastrin/cholecystokinin peptide hormone / Gastrin/cholecystokinin, conserved site / Gastrin/cholecystokinin family / Gastrin / cholecystokinin family signature. / gastrin / cholecystokinin / caerulein family / Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal ...Cholecystokinin-like / Gastrin/cholecystokinin peptide hormone / Gastrin/cholecystokinin, conserved site / Gastrin/cholecystokinin family / Gastrin / cholecystokinin family signature. / gastrin / cholecystokinin / caerulein family / Cholecystokinin receptor type A / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin A receptor, N-terminal domain superfamily / Cholecystokinin A receptor, N-terminal / Cholecystokinin receptor / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / WD domain, G-beta repeat / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Cholecystokinin / Cholecystokinin receptor type A / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Mobbs, J.I. / Belousoff, M.J. / Danev, R. / Thal, D.M. / Sexton, P.M.
資金援助 オーストラリア, 日本, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
Japan Science and Technology 日本
引用
ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2021
タイトル: Structures of the human cholecystokinin 1 (CCK1) receptor bound to Gs and Gq mimetic proteins provide insight into mechanisms of G protein selectivity.
著者: Jesse I Mobbs / Matthew J Belousoff / Kaleeckal G Harikumar / Sarah J Piper / Xiaomeng Xu / Sebastian G B Furness / Hari Venugopal / Arthur Christopoulos / Radostin Danev / Denise Wootten / ...著者: Jesse I Mobbs / Matthew J Belousoff / Kaleeckal G Harikumar / Sarah J Piper / Xiaomeng Xu / Sebastian G B Furness / Hari Venugopal / Arthur Christopoulos / Radostin Danev / Denise Wootten / David M Thal / Laurence J Miller / Patrick M Sexton /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) are critical regulators of cellular function acting via heterotrimeric G proteins as their primary transducers with individual GPCRs capable of pleiotropic ...G protein-coupled receptors (GPCRs) are critical regulators of cellular function acting via heterotrimeric G proteins as their primary transducers with individual GPCRs capable of pleiotropic coupling to multiple G proteins. Structural features governing G protein selectivity and promiscuity are currently unclear. Here, we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of the cholecystokinin (CCK) type 1 receptor (CCK1R) bound to the CCK peptide agonist, CCK-8 and 2 distinct transducer proteins, its primary transducer Gq, and the more weakly coupled Gs. As seen with other Gq/11-GPCR complexes, the Gq-α5 helix (αH5) bound to a relatively narrow pocket in the CCK1R core. Surprisingly, the backbone of the CCK1R and volume of the G protein binding pocket were essentially equivalent when Gs was bound, with the Gs αH5 displaying a conformation that arises from "unwinding" of the far carboxyl-terminal residues, compared to canonically Gs coupled receptors. Thus, integrated changes in the conformations of both the receptor and G protein are likely to play critical roles in the promiscuous coupling of individual GPCRs.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structures of the human cholecystokinin 1 (CCK1) receptor bound to Gs and Gq mimetic proteins: insight into mechanisms of G protein selectivity
著者: Mobbs, J. / Belousoff, M.J. / Harikumar, K.G. / Piper, S.J. / Xu, X. / Furness, S.G.B. / Venugopal, H. / Christopoulos, A. / Danev, R. / Wootten, D. / Thal, D.M. / Miller, L.J. / Sexton, P.M.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年5月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23750
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
P: Cholecystokinin-8
R: Cholecystokinin receptor type A
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,with certain residues mutated to match Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8076
ポリマ－123,3205
非ポリマー4871
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 BGA

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P54311
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,with certain residues mutated to match Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / ...Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 29144.971 Da / 分子数: 1
Mutation: R39, L41, K343, V346, D347, I358, K380, L384, Q385, N387, E390, N392, V394 represent residues from G(q)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1, GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63096, UniProt: P63092

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 PR

#3: タンパク質・ペプチド Cholecystokinin-8 / CCK-8


分子量: 1142.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06307
#4: タンパク質 Cholecystokinin receptor type A / CCK-A receptor / CCK-AR / Cholecystokinin-1 receptor / CCK1-R


分子量: 47754.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCKAR, CCKRA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32238
#6: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1CCK1R/CCK-8/mGsqi complexCOMPLEXCCK1R/CCK-8/mGsqi/Gb1/Gg2/scfv16#1-#50MULTIPLE SOURCES
2G protein subunit beta-1COMPLEX#11RECOMBINANT
3G(sqi)-alpha/G protein subunit gamma-2COMPLEX#2, #51RECOMBINANT
4CCK1RCOMPLEX#41RECOMBINANT
5CCK-8COMPLEX#31SYNTHETIC
6scFv16COMPLEX1RECOMBINANT
分子量値: 150 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Homo sapiens (ヒト)9606
56Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
34Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
46Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 63.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 444000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0057021
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9149543
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.9442447
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0581123
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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