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Yorodumi- PDB-6euy: Structure of the midlink and cap-binding domains of influenza A p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6euy | ||||||
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Title | Structure of the midlink and cap-binding domains of influenza A polymerase PB2 subunit with a bound azaindazole cap-binding inhibitor | ||||||
Components | Polymerase basic protein 2 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Influenza A polymerase PB2 subunit cap-binding domain cap-binding inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Cusack, S. / Gaudon, S. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2018 Title: Capped RNA primer binding to influenza polymerase and implications for the mechanism of cap-binding inhibitors. Authors: Pflug, A. / Gaudon, S. / Resa-Infante, P. / Lethier, M. / Reich, S. / Schulze, W.M. / Cusack, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6euy.cif.gz | 345.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6euy.ent.gz | 288.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6euy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6euy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6euy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6euvC 6euwC 6euxC 6evjC 6evkC 5fmmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32524.322 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) Gene: PB2 / Plasmid: pETM11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): star / References: UniProt: P31345 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Crystals were obtained with A/H3N2 double domain at 15 mg/ml in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM beta-mercaptoethanolmixed with 5 mM of VX-787 mixed with 0.2 M ammonium sulphate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.966 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 42728 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.36 |
Reflection shell | Highest resolution: 3 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 6839 / CC1/2: 0.794 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FMM Resolution: 3→49.031 Å / SU ML: 0.49 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / Phase error: 32.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→49.031 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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