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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7egb | |||||||||
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タイトル | TFIID-based holo PIC on SCP promoter | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TFIID / preinitiation complex / core promoter / transcription initiation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microfibril binding / spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex ...microfibril binding / spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / TFIIH-class transcription factor complex binding / nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding / negative regulation of protein autoubiquitination / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / transcription factor TFTC complex / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / ventricular system development / hair follicle maturation / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / hair cell differentiation / snRNA transcription by RNA polymerase II / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / phosphatase activator activity / CAK-ERCC2 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / UV protection / transcription factor TFIIK complex / embryonic cleavage / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription factor TFIIF complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / DNA 5'-3' helicase / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / G protein-coupled receptor internalization / adult heart development / positive regulation of androgen receptor activity / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / transcription factor TFIIH holo complex / transcription factor TFIIH core complex / male pronucleus / female pronucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation by host of viral transcription / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / germinal vesicle / nuclear vitamin D receptor binding / DNA 3'-5' helicase / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / [RNA-polymerase]-subunit kinase 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, X. / Wu, Z. / Hou, H. / Qi, Y. / Wang, X. / Li, J. / Xu, Y. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters. 著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu / 要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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文書・要旨 | 7egb_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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CIF形式データ | 7egb_validation.cif.gz | 478.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7egb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31111MC 7edxC 7eg7C 7eg8C 7eg9C 7egaC 7egcC 7egdC 7egeC 7egfC 7eggC 7eghC 7egiC 7egjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 8分子 089PUxyz
#1: タンパク質 | 分子量: 35873.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51948 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 39090.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7, CAK, CAK1, CDKN7, MO15, STK1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P50613, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase |
#10: タンパク質 | 分子量: 37695.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51946 |
#22: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226 |
#27: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29083 |
#43: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) |
#44: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 |
#45: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6 |
-General transcription factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 12345
#2: タンパク質 | 分子量: 62116.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32780 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 44481.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H2, BTF2P44 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13888 |
#4: タンパク質 | 分子量: 34416.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13889 |
#5: タンパク質 | 分子量: 52245.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92759 |
#6: タンパク質 | 分子量: 8060.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H5, C6orf175, TTDA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZYL4 |
-General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 67
#7: タンパク質 | 分子量: 89404.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC3, XPB, XPBC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19447, DNA helicase |
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#8: タンパク質 | 分子量: 87021.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase |
-Transcription initiation factor ... , 17種, 23分子 ABDdEeFfGHIiJjLlOQRVckm
#11: タンパク質 | 分子量: 212956.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||||||||||||||||||||||||||
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#12: タンパク質 | 分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF2, CIF150, TAF2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1X5 | ||||||||||||||||||||||||||||
#13: タンパク質 | 分子量: 110221.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF4, TAF2C, TAF2C1, TAF4A, TAFII130, TAFII135 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268 #14: タンパク質 | 分子量: 86932.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF5, TAF2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542 #15: タンパク質 | 分子量: 72749.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF6, TAF2E, TAFII70 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848 #16: タンパク質 | | 分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF7, TAF2F, TAFII55 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15545 #17: タンパク質 | | 分子量: 34304.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF8, TAFII43, TBN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8 #18: タンパク質 | 分子量: 29006.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF9, TAF2G, TAFII31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594 #19: タンパク質 | 分子量: 21731.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF10, TAF2A, TAF2H, TAFII30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962 #20: タンパク質 | 分子量: 17948.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF12, TAF15, TAF2J, TAFII20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514 #21: タンパク質 | | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52657 #23: タンパク質 | | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52655 #24: タンパク質 | | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase #28: タンパク質 | | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29084 #31: タンパク質 | | 分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWG9 #32: タンパク質 | | 分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF11, TAF2I, PRO2134 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15544 #33: タンパク質 | | 分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF13, TAF2K, TAFII18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15543 |
-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST
#25: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35269 |
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#26: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#29: DNA鎖 | 分子量: 29188.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#30: DNA鎖 | 分子量: 21094.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-DNA-directed RNA ... , 9種, 9分子 opqrstuvw
#34: タンパク質 | 分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase |
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#35: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase |
#36: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#37: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481BYI6 |
#38: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4 |
#39: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9 |
#40: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7 |
#41: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 |
#42: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
-非ポリマー , 3種, 19分子
#46: 化合物 | ChemComp-ZN / #47: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #48: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92806 / 対称性のタイプ: POINT |