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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yvv | ||||||||||||
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タイトル | Condensin complex from S.cerevisiae ATP-free apo bridged state | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / essential for the functional organization of genomes | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / meiotic chromosome condensation / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / meiotic chromosome condensation / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / nucleophagy / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / histone binding / double-stranded DNA binding / cell division / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lee, B.-G. / Cawood, C. / Gutierrez-Escribano, P. / Nakane, T. / Merkel, F. / Hassler, M. / Haering, C.H. / Aragon, L. / Lowe, J. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of holo condensin reveal a subunit flip-flop mechanism. 著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol ...著者: Byung-Gil Lee / Fabian Merkel / Matteo Allegretti / Markus Hassler / Christopher Cawood / Léa Lecomte / Francis J O'Reilly / Ludwig R Sinn / Pilar Gutierrez-Escribano / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Takanori Nakane / Juri Rappsilber / Luis Aragon / Martin Beck / Jan Löwe / Christian H Haering / 要旨: Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The ...Complexes containing a pair of structural maintenance of chromosomes (SMC) family proteins are fundamental for the three-dimensional (3D) organization of genomes in all domains of life. The eukaryotic SMC complexes cohesin and condensin are thought to fold interphase and mitotic chromosomes, respectively, into large loop domains, although the underlying molecular mechanisms have remained unknown. We used cryo-EM to investigate the nucleotide-driven reaction cycle of condensin from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our structures of the five-subunit condensin holo complex at different functional stages suggest that ATP binding induces the transition of the SMC coiled coils from a folded-rod conformation into a more open architecture. ATP binding simultaneously triggers the exchange of the two HEAT-repeat subunits bound to the SMC ATPase head domains. We propose that these steps result in the interconversion of DNA-binding sites in the catalytic core of condensin, forming the basis of the DNA translocation and loop-extrusion activities. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yvv.cif.gz | 409.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yvv.ent.gz | 296.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6yvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yvv_validation.pdf.gz | 840.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yvv_full_validation.pdf.gz | 860.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6yvv_validation.xml.gz | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yvv_validation.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 134806.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SMC2, YFR031C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38989 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 162435.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SMC4, YLR086W, L9449.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12267 |
#3: タンパク質 | 分子量: 87940.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: BRN1, YBL097W, YBL0830 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38170 |
#4: タンパク質 | 分子量: 133882.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: YCS4, LOC7, YLR272C, L8479.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06156 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Condensin / タイプ: COMPLEX 詳細: complex of 5 protein subunits: Smc2; Smc4; Brn1; Ycs4; Ycg1 Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 500 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 名称: Tris |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 100 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10000 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24593 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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