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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xzq | ||||||||||||
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タイトル | Influenza C virus polymerase in complex with human ANP32A - Subclass 1 | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza Polymerase / ANP32 / replication / RNA-dependent RNA polymerase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nucleocytoplasmic transport / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / histone binding / regulation of apoptotic process / endonuclease activity ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nucleocytoplasmic transport / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / histone binding / regulation of apoptotic process / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / intracellular signal transduction / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
![]() | Fan, H. / Carrique, L. / Keown, J.R. / Grimes, J.M. / Fodor, E. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Host ANP32A mediates the assembly of the influenza virus replicase. 著者: Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Jeremy R Keown / Jane Sharps / Ecco Staller / Wendy S Barclay / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes / ![]() 要旨: Aquatic birds represent a vast reservoir from which new pandemic influenza A viruses can emerge. Influenza viruses contain a negative-sense segmented RNA genome that is transcribed and replicated by ...Aquatic birds represent a vast reservoir from which new pandemic influenza A viruses can emerge. Influenza viruses contain a negative-sense segmented RNA genome that is transcribed and replicated by the viral heterotrimeric RNA polymerase (FluPol) in the context of viral ribonucleoprotein complexes. RNA polymerases of avian influenza A viruses (FluPolA) replicate viral RNA inefficiently in human cells because of species-specific differences in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32), a family of essential host proteins for FluPol activity. Host-adaptive mutations, particularly a glutamic-acid-to-lysine mutation at amino acid residue 627 (E627K) in the 627 domain of the PB2 subunit, enable avian FluPolA to overcome this restriction and efficiently replicate viral RNA in the presence of human ANP32 proteins. However, the molecular mechanisms of genome replication and the interplay with ANP32 proteins remain largely unknown. Here we report cryo-electron microscopy structures of influenza C virus polymerase (FluPolC) in complex with human and chicken ANP32A. In both structures, two FluPolC molecules form an asymmetric dimer bridged by the N-terminal leucine-rich repeat domain of ANP32A. The C-terminal low-complexity acidic region of ANP32A inserts between the two juxtaposed PB2 627 domains of the asymmetric FluPolA dimer, suggesting a mechanism for how the adaptive PB2(E627K) mutation enables the replication of viral RNA in mammalian hosts. We propose that this complex represents a replication platform for the viral RNA genome, in which one of the FluPol molecules acts as a replicase while the other initiates the assembly of the nascent replication product into a viral ribonucleoprotein complex. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 979.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 98.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 153.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 14901.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 82025.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PA, P3 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9IMP5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #3: タンパク質 | 分子量: 86145.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PB1 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9IMP4, RNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | 分子量: 104272.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PB2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9IMP3 #5: タンパク質 | | 分子量: 30328.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P39687 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.28 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 32.1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9287 詳細: Single specimen tilt of 20 degrees for around three quarter of the images |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2312045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: The structure has been determined by single particle cryo-EM. PDB ids 4XOS, 5D98, and 6RR7 were used as initial models after rigid body fitting in chimera. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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