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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xji | ||||||
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タイトル | PmtCD ABC exporter at C1 symmetry | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / ABC exporter / Peptide transort | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Zeytuni, N. / Strynadka, N.J.C. / Hu, J. / Worrall, L.J. / Chou, H. / Yu, Z. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Structural insight into the ATP-driven exporter of virulent peptide toxins. 著者: N Zeytuni / S W Dickey / J Hu / H T Chou / L J Worrall / J A N Alexander / M L Carlson / M Nosella / F Duong / Z Yu / M Otto / N C J Strynadka / 要旨: is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs ... is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs are amphipathic, membrane-destructive cytolytic peptides that are exported to the host-cell environment by a designated adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, the PSM transporter (PmtABCD). Here, we demonstrate that the minimal Pmt unit necessary for PSM export is PmtCD and provide its first atomic characterization by single-particle cryo-EM and x-ray crystallography. We have captured the transporter in the ATP-bound state at near atomic resolution, revealing a type II ABC exporter fold, with an additional cytosolic domain. Comparison to a lower-resolution nucleotide-free map displaying an "open" conformation and putative hydrophobic inner chamber of a size able to accommodate the binding of two PSM peptides provides mechanistic insight and sets the foundation for therapeutic design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xji.cif.gz | 209.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xji.ent.gz | 167 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xji_validation.pdf.gz | 945.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xji_full_validation.pdf.gz | 952.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xji_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xji_validation.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xji | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30488.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: D7S40_12560 / プラスミド: pTX17 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A0A641A693, UniProt: Q2FWX0*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 33001.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pTX17 / 発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: X5EJW5 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PmtCD / タイプ: COMPLEX / 詳細: PmtCD ABC exporter / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Solution made fresh from concentrated stocks and filtered | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.16 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1132044 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113197 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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