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万見
- PDB-1eys: CRYSTAL STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM A THERMO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eys
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM A THERMOPHILIC BACTERIUM, THERMOCHROMATIUM TEPIDUM
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 4
キーワードELECTRON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane light-harvesting complex / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / PRC-barrel-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / SPIRILLOXANTHIN / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / H subunit of photosynthetic reaction center complex
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nogi, T. / Fathir, I. / Kobayashi, M. / Nozawa, T. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of photosynthetic reaction center and high-potential iron-sulfur protein from Thermochromatium tepidum: thermostability and electron transfer.
著者: Nogi, T. / Fathir, I. / Kobayashi, M. / Nozawa, T. / Miki, K.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994
タイトル: Preliminary X-ray Crystallographic Studies of Photosynthetic Reaction Center from a Thermophilic Sulfur Bacterium, Chromatium tepidum
著者: Katayama, N. / Kobayashi, M. / Motojima, F. / Inaka, K. / Nozawa, T. / Miki, K.
履歴
登録2000年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,84925
ポリマ－136,9134
非ポリマー11,93621
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47460 Å2
ΔGint-365 kcal/mol
Surface area41500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.299, 196.596, 84.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 4種, 4分子 CLMH

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 40880.738 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOCHROME SUBUNIT / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 31417.588 Da / 分子数: 1 / 断片: L SUBUNIT / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 36328.285 Da / 分子数: 1 / 断片: M SUBUNIT / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
#4: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 28286.398 Da / 分子数: 1 / 断片: H SUBUNIT / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: Q93RD8

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糖 , 1種, 6分子

#6: 糖
ChemComp-BGL / 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-D-Glcp2octylIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 9種, 203分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#7: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#9: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE


分子量: 717.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H72O2
#12: 化合物 ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2
#13: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG4000, sodium chloride, phosphate, beta-octyl-glucopyranoside, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: Kobayashi, M., (1993) Bull. Chem. Soc. Jpn., 66, 3834.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein1drop
20.36 M1dropNaCl
315 mMphosphate1reservoir
40.6 M1reservoirNaCl
61.0 mMEDTA1reservoir
51reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.708
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 110923 / Num. obs: 103031 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Num. unique all: 6548 / % possible all: 78.6
反射
*PLUS
Num. obs: 110923 / Num. measured all: 508729
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.287 4785 RANDOM
Rwork0.231 --
all0.234 95278 -
obs0.234 95278 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9009 0 847 188 10044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.87
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.312 / Rfactor Rwork: 0.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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