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万見
- PDB-2ivf: Ethylbenzene dehydrogenase from Aromatoleum aromaticum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ivf
タイトルEthylbenzene dehydrogenase from Aromatoleum aromaticum
要素(ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANAEROBIC HYDROCARBON DEGRADATION / MOCO / FE/S CLUSTER / MO- BISMGD ENZYME / DMSO REDUCTASE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin cofactor binding / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ethylbenzene dehydrogenase / DMSO reductase family, type II, haem b-binding subunit / Cytochrome c-552/DMSO reductase-like, haem-binding domain / Ethylbenzene dehydrogenase / DMSO reductase family, type II, iron-sulphur subunit / DMSO reductase family, type II, molybdopterin subunit / Immunoglobulin-like - #1190 / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain ...Ethylbenzene dehydrogenase / DMSO reductase family, type II, haem b-binding subunit / Cytochrome c-552/DMSO reductase-like, haem-binding domain / Ethylbenzene dehydrogenase / DMSO reductase family, type II, iron-sulphur subunit / DMSO reductase family, type II, molybdopterin subunit / Immunoglobulin-like - #1190 / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FE3-S4 CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-MD1 / Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Alpha-subunit of ethylbenzene dehydrogenase / Beta-subunit of ethylbenzene dehydrogenase / Gamma-subunit of ethylbenzene dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種AROMATOLEUM AROMATICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Kloer, D.P. / Hagel, C. / Heider, J. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Ethylbenzene Dehydrogenase from Aromatoleum Aromaticum
著者: Kloer, D.P. / Hagel, C. / Heider, J. / Schulz, G.E.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT
B: ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT
C: ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,27424
ポリマ－173,2333
非ポリマー5,04121
水14,736818
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19390 Å2
ΔGint-195.6 kcal/mol
Surface area44280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.532, 67.324, 114.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT


分子量: 110402.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AZOARCUS SP. EBN1 RENAMED TO AROMATOLEUM AROMATICUM / 由来: (天然) AROMATOLEUM AROMATICUM (バクテリア) / 株: EBN1 / 参照: UniProt: Q5P5I0, EC: 1.17.99.2
#2: タンパク質 ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT


分子量: 39737.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AZOARCUS SP. EBN1 RENAMED TO AROMATOLEUM AROMATICUM / 由来: (天然) AROMATOLEUM AROMATICUM (バクテリア) / 株: EBN1 / 参照: UniProt: Q5P5I1, EC: 1.17.99.2
#3: タンパク質 ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT


分子量: 23093.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AZOARCUS SP. EBN1 RENAMED TO AROMATOLEUM AROMATICUM / 由来: (天然) AROMATOLEUM AROMATICUM (バクテリア) / 株: EBN1 / 参照: UniProt: Q5P5I2, EC: 1.17.99.2

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非ポリマー , 11種, 839分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#9: 化合物 ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#10: 化合物 ChemComp-MD1 / PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER


分子量: 740.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#11: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#12: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#13: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.24
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 127864 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.993 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 6423 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.15 121438 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å2-0.32 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11571 0 250 818 12639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02212161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.97716506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9983.00120209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68951460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46823.352549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.602151981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6851579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.29825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.26009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.26308
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0311.59171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.174211652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17435922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8674.54797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.248 381
Rwork0.191 6970
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7082-0.08110.04760.6739-0.09030.2936-0.0181-0.17580.07210.16110.02340.0657-0.0426-0.0398-0.0053-0.0969-0.00050.0364-0.088-0.0107-0.105128.193134.741717.3356
20.653-0.07170.04870.6414-0.02670.66480.01270.1256-0.0229-0.1423-0.01930.00960.01570.04050.0065-0.09910.0010.0022-0.1184-0.0013-0.132736.366226.1966-16.8082
32.1362-0.34451.22052.0441-0.84653.0278-0.02240.25180.1445-0.38750.07830.2603-0.0432-0.1226-0.05590.1267-0.0425-0.1190.05230.0152-0.050114.442727.1924-52.7719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A65 - 976
2X-RAY DIFFRACTION1A1984
3X-RAY DIFFRACTION2B16 - 352
4X-RAY DIFFRACTION2B1356
5X-RAY DIFFRACTION2B1359
6X-RAY DIFFRACTION3C1 - 214
7X-RAY DIFFRACTION3C1217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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