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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vv5 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein | ||||||||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / glycoprotein / surface / receptor-binding / membrane fusion | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kirchdoerfer, R.N. / Ward, A.B. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Structure and immune recognition of the porcine epidemic diarrhea virus spike protein. 著者: Robert N Kirchdoerfer / Mahesh Bhandari / Olnita Martini / Leigh M Sewall / Sandhya Bangaru / Kyoung-Jin Yoon / Andrew B Ward / 要旨: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a ...Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a key target for the host antibody response and a good candidate for a protein-based vaccine immunogen. We used electron microscopy to evaluate the PEDV spike structure, as well as pig polyclonal antibody responses to viral infection. The structure of the PEDV spike reveals a configuration similar to that of HuCoV-NL63. Several PEDV protein-protein interfaces are mediated by non-protein components, including a glycan at Asn264 and two bound palmitoleic acid molecules. The polyclonal antibody response to PEDV infection shows a dominance of epitopes in the S1 region. This structural and immune characterization provides insights into coronavirus spike stability determinants and explores the immune landscape of viral spike proteins. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vv5.cif.gz | 671.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vv5.ent.gz | 557 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vv5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vv5_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vv5_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vv5_validation.xml.gz | 100.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vv5_validation.cif.gz | 152.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vv5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 148463.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) Variant: 13-019349 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: S5RJN4 #6: 化合物 | ChemComp-PAM / |
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-糖 , 4種, 45分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein / タイプ: COMPLEX 詳細: Recombinantly expressed in insect cells using a baculovirus vector. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 株: 13-019349 | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: Sf9 | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 12.8 sec. / 電子線照射量: 54.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 64 / 利用したフレーム数/画像: 1-64 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 19436 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19436 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5SZS PDB chain-ID: A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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