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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6thn | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E symmetry expansion+2fold focused classification | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / BEV1 / enterovirus / picornavirus / RNA | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bovine enterovirus Bovine enterovirus strain VG-5-27 (エンテロウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chandler-Bostock, R. / Mata, C.P. / Bingham, R. / Dykeman, E.J. / Meng, B. / Tuthill, T.J. / Rowlands, D.J. / Ranson, N.A. / Twarock, R. / Stockley, P.G. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020 タイトル: Assembly of infectious enteroviruses depends on multiple, conserved genomic RNA-coat protein contacts. 著者: Rebecca Chandler-Bostock / Carlos P Mata / Richard J Bingham / Eric C Dykeman / Bo Meng / Tobias J Tuthill / David J Rowlands / Neil A Ranson / Reidun Twarock / Peter G Stockley / 要旨: Picornaviruses are important viral pathogens, but despite extensive study, the assembly process of their infectious virions is still incompletely understood, preventing the development of anti-viral ...Picornaviruses are important viral pathogens, but despite extensive study, the assembly process of their infectious virions is still incompletely understood, preventing the development of anti-viral strategies targeting this essential part of the life cycle. We report the identification, via RNA SELEX and bioinformatics, of multiple RNA sites across the genome of a typical enterovirus, enterovirus-E (EV-E), that each have affinity for the cognate viral capsid protein (CP) capsomer. Many of these sites are evolutionarily conserved across known EV-E variants, suggesting they play essential functional roles. Cryo-electron microscopy was used to reconstruct the EV-E particle at ~2.2 Å resolution, revealing extensive density for the genomic RNA. Relaxing the imposed symmetry within the reconstructed particles reveals multiple RNA-CP contacts, a first for any picornavirus. Conservative mutagenesis of the individual RNA-contacting amino acid side chains in EV-E, many of which are conserved across the enterovirus family including poliovirus, is lethal but does not interfere with replication or translation. Anti-EV-E and anti-poliovirus aptamers share sequence similarities with sites distributed across the poliovirus genome. These data are consistent with the hypothesis that these RNA-CP contacts are RNA Packaging Signals (PSs) that play vital roles in assembly and suggest that the RNA PSs are evolutionarily conserved between pathogens within the family, augmenting the current protein-only assembly paradigm for this family of viruses. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6thn.cif.gz | 161.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6thn.ent.gz | 122.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6thn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6thn_validation.pdf.gz | 853.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6thn_full_validation.pdf.gz | 859.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6thn_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6thn_validation.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6thn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6thn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 1234
#1: タンパク質 | 分子量: 31280.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス) 参照: UniProt: P12915, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27325.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス) 参照: UniProt: P12915, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 26627.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス) 参照: UniProt: P12915, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 5619.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス) 参照: UniProt: P12915, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#5: RNA鎖 | 分子量: 3531.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bovine enterovirus strain VG-5-27 (エンテロウイルス) |
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-非ポリマー , 3種, 101分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bovine enterovirus strain VG-5-27 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Bovine enterovirus strain VG-5-27 (エンテロウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
ウイルス殻 | 三角数 (T数): 3 |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
緩衝液成分 | 式: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 49.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 8785 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 260348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 946982 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1BEV Accession code: 1BEV / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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