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- PDB-6so5: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6so5
タイトルHomo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
要素
  • ATPase ASNA1
  • Calcium signal-modulating cyclophilin ligand
  • Tail-anchored protein insertion receptor WRB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ER / insertase / complex / tail-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis ...arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-membrane adaptor activity / vesicle-mediated transport / negative regulation of protein ubiquitination / epidermal growth factor receptor signaling pathway / defense response / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG / Get2-like / Get1 family / CHD5-like protein / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Helix hairpin bin domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guided entry of tail-anchored proteins factor 1 / ATPase GET3 / Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者McDowell, M.A. / Heimes, M. / Wild, K. / Flemming, D. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Leibniz SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TRR83 TP22 ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1230-2013European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Tail-Anchored Membrane Protein Biogenesis by the GET Insertase Complex.
著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk ...著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk Flemming / Stefan Pfeffer / Blanche Schwappach / Carol V Robinson / Irmgard Sinning /
要旨: Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and ...Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and inserts tail-anchored (TA) proteins into the endoplasmic reticulum (ER) membrane with an insertase (yeast Get1/Get2 or mammalian WRB/CAML) that captures the TA from a cytoplasmic chaperone (Get3 or TRC40, respectively). Here, we present cryo-electron microscopy reconstructions, native mass spectrometry, and structure-based mutagenesis of human WRB/CAML/TRC40 and yeast Get1/Get2/Get3 complexes. Get3 binding to the membrane insertase supports heterotetramer formation, and phosphatidylinositol binding at the heterotetramer interface stabilizes the insertase for efficient TA insertion in vivo. We identify a Get2/CAML cytoplasmic helix that forms a "gating" interaction with Get3/TRC40 important for TA insertion. Structural homology with YidC and the ER membrane protein complex (EMC) implicates an evolutionarily conserved insertion mechanism for divergent substrates utilizing a hydrophilic groove. Thus, we provide a detailed structural and mechanistic framework to understand TA membrane insertion.
履歴
登録2019年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10266
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase ASNA1
B: ATPase ASNA1
C: Tail-anchored protein insertion receptor WRB
D: Tail-anchored protein insertion receptor WRB
E: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand
F: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5607
ポリマ－150,4956
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10160 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area61640 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ATPase ASNA1 / Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Transmembrane domain recognition ...Arsenical pump-driving ATPase / Arsenite-stimulated ATPase / Transmembrane domain recognition complex 40 kDa ATPase subunit / hARSA-I / hASNA-I


分子量: 40146.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASNA1, ARSA, TRC40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43681, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: タンパク質 Tail-anchored protein insertion receptor WRB / Congenital heart disease 5 protein / Tryptophan-rich basic protein / WRB


分子量: 20821.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WRB, CHD5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00258
#3: タンパク質 Calcium signal-modulating cyclophilin ligand / CAML


分子量: 14279.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMLG, CAML
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49069
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimerCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2ATPase ASNA1COMPLEX#11RECOMBINANT
3Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-modulating cyclophilin ligandCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.150 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2200 mMNaCl1
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: complex stabilised in PMAL-C8 amphipol
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 45.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9470
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID
1Warp粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION3CTF補正
7Cootモデルフィッティング1
13RELION3分類
15RELION3３次元再構成
33Cootモデルフィッティング2
40PHENIXモデル精密化2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1698096
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225244 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル詳細空間
1RIGID BODY FIT3SJA
2BACKBONE TRACEREAL
原子モデル構築PDB-ID: 3SJA

3sja


Accession code: 3SJA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058918
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75212045
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3845406
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451386
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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