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Yorodumi- PDB-5b58: Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b58 | |||||||||||||||
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Title | Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV in complex with periplasmic heme binding protein BhuT from Burkholderia cenocepacia | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | METAL BINDING PROTEIN / metal-binding | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.21 Å | |||||||||||||||
Model details | Bacterial heme transporter BhuUV-T | |||||||||||||||
Authors | Naoe, Y. / Nakamura, N. / Doi, A. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. | |||||||||||||||
Funding support | Japan, 4items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: Crystal structure of bacterial haem importer complex in the inward-facing conformation Authors: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Doi, A. / Sawabe, M. / Nakamura, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b58.cif.gz | 532.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b58.ent.gz | 440.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5b58_validation.pdf.gz | 478.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5b58_full_validation.pdf.gz | 526.5 KB | Display | |
Data in XML | 5b58_validation.xml.gz | 52.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5b58_validation.cif.gz | 71.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b58 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5b57C 2qi9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38801.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria) Strain: J2315 / Gene: hmuU, BCAM2629 / Plasmid: pET-19b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): c41(DE3) / References: UniProt: B4EKB4 #2: Protein | Mass: 29232.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria) Strain: J2315 / Gene: hmuV, BCAM2630 / Plasmid: pET-19b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): c41(DE3) References: UniProt: B4EKB5, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to catalyse transmembrane movement of substances #3: Protein | | Mass: 28016.029 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria) Strain: J2315 / Gene: hmuT, BCAM2628 / Plasmid: pGEX6P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: B4EKB3 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.74 % / Mosaicity: 1.267 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.6 / Details: 15% PEG 2000, 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2012 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 28840 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 61.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.888 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 111437 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QI9 Resolution: 3.21→32.612 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / Phase error: 30.95 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 264.62 Å2 / Biso mean: 72.8637 Å2 / Biso min: 6.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.21→32.612 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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