PDB-5b57: Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV from Burkho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b57

タイトル

Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV from Burkholderia cenocepacia

要素

Hemin import ATP-binding protein HmuV
Putative hemin ABC transport system, membrane protein

キーワード

METAL TRANSPORT / metal-binding / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore-iron import into cell / transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

Model details

Bacterial heme transporter BhuUV

データ登録者

Naoe, Y. / Nakamura, N. / Doi, A. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.

資金援助

日本, 4件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of bacterial haem importer complex in the inward-facing conformation
著者: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Doi, A. / Sawabe, M. / Nakamura, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H.

履歴

登録	2016年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b57.cif.gz	439.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b57.ent.gz	363.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b57	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
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登録構造単位

A: Putative hemin ABC transport system, membrane protein

B: Putative hemin ABC transport system, membrane protein

C: Hemin import ATP-binding protein HmuV

D: Hemin import ATP-binding protein HmuV

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.824, 118.283, 142.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative hemin ABC transport system, membrane protein / heme importer transmembrane subunit BhuU 分子量: 38801.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: hmuU, BCAM2629 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): c41(DE3) / 参照: UniProt: B4EKB4
#2: タンパク質	Hemin import ATP-binding protein HmuV / heme importer ATP-binding subunit BhuV 分子量: 29232.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: hmuV, BCAM2630 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): c41(DE3) 参照: UniProt: B4EKB5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: 糖	ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.22 % / Mosaicity: 0.323 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 30% PEG 400, 0.1M CAPSO, 0.1M NaCl, 0.1M Li2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 46529 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.943 / Net I/av σ(I): 16.5 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 355680

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.8-2.85	5.9	0.878	2143	0.732	0.354	0.951	0.819	92.5
2.85-2.9	6.4	0.764	2194	0.801	0.306	0.826	0.846	95.3
2.9-2.96	6.7	0.752	2255	0.843	0.298	0.811	0.856	97.5
2.96-3.02	7	0.737	2283	0.816	0.29	0.794	0.858	98.9
3.02-3.08	7.3	0.61	2291	0.92	0.237	0.656	0.872	99
3.08-3.15	7.5	0.503	2309	0.943	0.195	0.54	0.899	99.8
3.15-3.23	7.6	0.469	2317	0.931	0.181	0.504	0.885	100
3.23-3.32	7.8	0.375	2345	0.967	0.143	0.401	0.91	100
3.32-3.42	7.9	0.302	2302	0.976	0.114	0.323	0.915	100
3.42-3.53	8	0.227	2325	0.987	0.086	0.243	0.943	100
3.53-3.65	8	0.192	2341	0.991	0.072	0.205	0.918	100
3.65-3.8	8	0.156	2317	0.992	0.059	0.167	0.926	100
3.8-3.97	8	0.126	2354	0.995	0.047	0.134	0.915	100
3.97-4.18	8.1	0.093	2342	0.997	0.034	0.099	0.868	100
4.18-4.44	8.2	0.076	2352	0.998	0.028	0.081	0.89	100
4.44-4.79	8.2	0.077	2353	0.997	0.028	0.082	1.072	100
4.79-5.27	8.1	0.091	2378	0.996	0.033	0.097	1.487	100
5.27-6.03	8.1	0.104	2383	0.995	0.038	0.111	1.6	100
6.03-7.59	8	0.058	2407	0.999	0.022	0.062	0.886	100
7.59-50	7.6	0.021	2538	1	0.008	0.023	0.357	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155_1692: ???	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER	2.5.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BhuUV-T

解像度: 2.8→45.539 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2652	1903	4.99 %	Random selection
R_work	0.2123	36226	-	-
obs	0.215	38129	81.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.37 Å² / B_iso mean: 43.3546 Å² / B_iso min: 8.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→45.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8484	0	76	22	8582
B_iso mean	-	-	71.36	30.47	-
残基数	-	-	-	-	1170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	11981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.516	5249

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8005-2.8705	0.3813	35	0.2908	1036	1071	33
2.8705-2.9481	0.3156	82	0.2671	1346	1428	43
2.9481-3.0348	0.3292	94	0.2752	1668	1762	54
3.0348-3.1328	0.3166	100	0.2651	1986	2086	63
3.1328-3.2447	0.3542	122	0.2683	2280	2402	73
3.2447-3.3746	0.2833	128	0.2369	2592	2720	82
3.3746-3.5281	0.2832	151	0.2238	2873	3024	92
3.5281-3.714	0.2934	158	0.2147	3121	3279	99
3.714-3.9466	0.2632	167	0.2186	3191	3358	100
3.9466-4.2511	0.249	179	0.195	3150	3329	100
4.2511-4.6786	0.2521	168	0.1638	3175	3343	100
4.6786-5.3546	0.223	160	0.1713	3224	3384	100
5.3546-6.7428	0.2623	192	0.2271	3228	3420	100
6.7428-45.5451	0.2262	167	0.2109	3356	3523	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5814	-1.3939	-2.1294	1.5039	3.2186	7.1054	-0.0658	-0.2702	0.0107	0.3677	-0.0428	0.1614	-1.25	0.4987	-0.0587	0.8427	0.1491	0.1646	0.8922	-0.0328	0.2759	-54.4009	32.2371	-25.4261
2	0.4989	-0.1635	0.3433	0.0694	-0.2807	0.7218	-0.1351	0.3789	0.2254	0.0102	-0.1047	0.1028	-0.1668	-0.7026	-0.0231	0.0475	0.1028	-0.15	0.9276	-0.106	0.2721	-50.7411	29.902	-54.9181
3	5.6895	-0.6142	-2.5609	4.9246	-1.2284	1.7749	-0.1571	0.4143	-0.1602	-0.1402	0.3364	-0.2617	0.4179	-0.528	0.0618	0.3446	-0.0996	-0.013	0.2284	-0.092	0.3375	-29.5693	16.6367	-57.3964
4	2.4541	0.1214	0.1785	1.6355	1.1531	1.7214	-0.0281	-0.1273	-0.7133	0.6991	0.2227	-0.1951	1.034	0.2653	-0.1127	0.6165	0.0429	0.1167	0.1025	-0.145	0.6796	-25.0679	10.7356	-37.5089
5	0.9235	0.7224	0.1024	0.6404	0.1476	0.025	0.0961	0.1335	-0.2028	-0.0994	-0.2135	-0.0868	-0.0438	-0.1275	-0.035	0.2814	0.0346	-0.0017	0.406	-0.0774	0.1578	-30.7279	21.3552	-55.5231
6	5.3429	-1.7361	0.4755	5.6347	-0.512	6.6366	-0.2634	0.5166	-0.6974	-0.0795	-0.1557	0.0756	0.399	-0.4509	0.3962	0.2499	-0.0844	0.0928	0.3835	-0.0213	0.2422	-38.576	15.8063	-27.7015
7	1.2296	0.2697	0.0106	1.5828	-0.2779	0.8377	-0.0838	0.2705	0.1852	-0.0494	0.0431	0.1691	-0.1221	-0.2995	0.0857	0.1847	0.0908	-0.0743	0.3367	-0.0635	0.1937	-41.0439	31.0195	-47.5856
8	2.5922	-0.538	0.9669	3.1559	-4.49	6.4063	-0.5051	-0.7123	0.6894	0.6284	-0.2585	0.6598	-1.0493	-0.2868	0.0262	0.4338	0.2689	-0.0874	0.6582	-0.2582	0.5331	-32.6659	44.5763	-35.2992
9	5.0736	6.4899	-6.6911	8.4858	-8.7076	8.9416	-0.439	0.8578	0.3305	-0.1454	0.3308	-0.0839	0.5533	-0.4142	0.1821	0.4336	0.1119	-0.0549	0.5553	-0.1223	0.3764	6.6555	27.2686	-24.95
10	2.3962	-0.1416	-0.4298	1.1896	-0.2515	0.468	-0.2861	0.2369	0.227	-0.0457	0.0058	-0.1717	0.1935	0.3087	0.1437	0.121	0.0361	0.0079	0.6228	-0.0413	0.3136	9.9263	24.9569	-53.9045
11	1.6959	-0.2025	-1.1589	0.0568	-0.0067	1.6936	0.0749	0.6291	0.0656	-0.0037	0.0631	-0.1185	-0.2564	0.5462	-0.1766	0.1085	-0.128	0.2206	0.6271	-0.0457	0.0649	2.5338	33.318	-53.0849
12	3.8769	-0.6073	0.0445	7.8801	-3.1122	2.8401	-0.42	-0.0248	0.0202	0.3581	-0.286	-0.1859	-0.3359	0.3702	0.3509	0.3134	-0.0377	-0.0034	0.0648	0.0456	0.1912	-18.0574	41.932	-55.2961
13	3.9846	-0.1674	-0.9588	4.3025	0.1508	2.7002	0.3189	0.364	0.534	-0.1894	-0.1908	0.0895	-1.0485	-0.1632	-0.1773	0.2551	-0.0306	-0.083	0.0394	0.0872	0.4729	-16.8237	48.8345	-48.2961
14	2.0264	0.0337	0.4652	0.64	-0.1778	0.2302	0.016	0.3772	0.0659	-0.2398	-0.0394	-0.0076	-0.3592	0.2046	-0.0012	0.2205	-0.0492	-0.0394	0.3208	0.0159	0.1762	-14.639	39.4585	-54.1565
15	0.6706	-0.5083	0.387	1.041	1.3938	6.7305	-0.1414	0.1521	0.4032	-0.1316	0.0378	0.0868	-0.3855	0.5629	-0.0436	0.1904	-0.0857	-0.0753	0.2042	0.0172	0.277	-8.405	43.6313	-33.9777
16	1.699	0.3585	0.2337	1.6422	0.7454	3.4697	0.0417	0.116	-0.5849	0.0601	0.0081	-0.1726	0.4103	0.2405	0.139	0.1916	0.0992	0.0842	0.2106	-0.0047	0.2036	-5.4379	24.6102	-44.0293
17	1.1474	1.2738	-1.1695	2.0369	-0.3213	2.9017	0.0383	-0.0066	0.7135	0.1337	0.151	0.4589	-0.8331	-0.5141	0.4893	0.2587	0.1883	-0.0831	0.1188	-0.2115	0.4646	-22.1545	52.1785	-7.3789
18	2.8344	-1.9012	-1.1129	5.3217	2.6425	4.0491	0.0996	0.0939	0.3544	-0.0545	-0.2032	-0.0587	-0.304	0.1378	0.0977	0.1752	-0.0893	-0.0371	0.2478	0.0374	0.1897	-6.6838	45.6858	-15.3256
19	0.0923	0.2675	-0.8363	0.7727	-2.3146	9.0378	0.5661	0.3112	-0.2433	-0.8158	0.4022	1.3757	0.2201	-1.1639	-0.8573	0.6349	0.3524	-0.2306	1.6827	-0.159	1.2769	8.0273	42.9469	-21.6605
20	5.4076	1.8811	-4.1911	5.5214	-1.7453	4.8986	-0.4236	-0.3752	-0.3944	0.1754	0.2376	-0.6249	0.5371	0.6021	0.1033	0.2616	0.2412	-0.0376	0.6592	-0.3161	0.3245	5.8937	35.8449	-9.6371
21	1.8514	1.1283	0.9005	1.9923	-0.028	2.1141	-0.0886	0.4289	-0.3716	-0.0028	0.1461	-0.3485	1.1096	0.4779	-0.0213	0.4559	0.0492	-0.0071	0.2127	0.0087	0.1979	-4.4193	31.2916	-10.4666
22	3.299	0.2441	-0.2198	1.8353	0.0223	1.7719	-0.034	-0.3113	-0.3606	0.3686	-0.0974	0.1195	0.0706	0.0744	-0.0546	0.1626	-0.0051	-0.1598	0.2083	-0.0796	0.097	-11.164	39.2417	-0.6223
23	4.3513	-1.0184	-1.688	2.1299	0.6381	1.9571	0.0626	-0.4206	0.4234	0.38	-0.3282	0.3686	-0.2902	-0.6448	-0.2013	0.3815	-0.028	0.0851	0.3397	-0.2251	0.3443	-23.6793	45.5935	6.8167
24	0.9168	-0.3328	0.0452	7.5434	-0.488	3.5322	0.365	-0.6424	0.5067	1.0202	0.2195	-0.0724	-0.3012	0.3125	-0.0872	0.2744	0.0383	0.1155	0.671	-0.1872	0.4022	-29.435	37.7151	11.1079
25	2.8687	0.0524	-0.4757	1.9744	0.1629	0.0912	0.1159	-0.4328	-0.6581	0.1429	-0.0777	-0.3135	0.342	0.0244	1.0264	0.8479	-0.0331	0.1599	0.2233	0.2395	0.3644	-26.7105	4.3991	-4.4383
26	3.4355	0.6055	-0.0411	4.0926	-0.3189	4.3099	0.1361	-0.1216	-0.2256	-0.0071	-0.4858	-0.2724	0.504	0.2697	0.1994	0.4652	-0.058	0.0427	0.1331	0.0796	0.3275	-26.2781	11.4231	-9.2254
27	3.3823	-0.7423	0.3537	1.2508	-0.6681	2.4866	-0.3933	0.1282	-0.3951	-0.3608	0.3077	-0.3192	0.799	-0.3667	0.1409	0.5887	-0.1801	0.0901	0.2444	0.0493	0.2801	-36.6061	8.7611	-13.7082
28	1.8931	0.3438	-0.1934	4.0101	-1.6116	2.5969	-0.0851	0.0441	0.3857	0.5117	0.2302	0.9297	-0.3648	-1.2487	0.0012	0.2935	0.0382	0.1097	0.5483	-0.0558	0.3	-47.08	26.0395	-14.6606
29	2.3044	0.2173	-0.845	4.343	1.3845	4.152	-0.1752	0.2014	0.022	-0.1048	0.0485	0.1711	0.1577	-0.4961	-0.2834	0.3535	-0.0857	0.1621	0.3264	0.1136	0.2828	-37.7579	20.023	-5.8211
30	0.1953	-0.2404	0.0075	0.7493	0.6731	1.723	0.2501	-0.1202	0.1174	0.2224	-0.3736	0.0891	0.1523	-0.4486	-1.0876	0.3891	-0.2693	0.1879	0.5712	0.0132	0.0771	-37.3545	21.4332	0.9057
31	4.7414	-0.5977	1.4872	2.0581	0.4634	2.2478	0.0787	-0.6686	-0.5888	0.5002	-0.4254	-0.119	0.7115	0.4184	-0.2026	0.6621	-0.0417	-0.0975	0.3271	0.2184	0.325	-22.8788	15.5552	6.8976
32	3.9407	0.3968	-1.2149	6.9236	0.9624	2.9254	-0.0821	-0.8792	-0.148	1.3869	0.3112	0.7912	0.3142	-0.5453	-0.3762	0.5807	-0.0558	-0.0382	0.8253	0.1613	0.3939	-23.7395	25.5964	15.2292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:29)	A	24 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 30:112)	A	30 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:156)	A	113 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 157:173)	A	157 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 174:237)	A	174 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 238:266)	A	238 - 266
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 267:347)	A	267 - 347
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 348:359)	A	348 - 359
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 25:30)	B	25 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 31:59)	B	31 - 59
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 60:112)	B	60 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 113:133)	B	113 - 133
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 140:171)	B	140 - 171
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 172:237)	B	172 - 237
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 238:285)	B	238 - 285
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 286:358)	B	286 - 358
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and (resid 1:64 or resid 274))	C	0
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 65:113)	C	65 - 113
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain C and resid 114:120)	C	114 - 120
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain C and resid 121:131)	C	121 - 131
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 132:164)	C	132 - 164
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 165:220)	C	165 - 220
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 221:246)	C	221 - 246
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 247:273)	C	247 - 273
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 1:27)	D	1 - 27
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and (resid 28:61 or resid 274))	D	0
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 62:95)	D	62 - 95
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain D and resid 96:165)	D	96 - 165
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid 166:189)	D	166 - 189
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 190:220)	D	190 - 220
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 221:257)	D	221 - 257
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 258:273)	D	258 - 273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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