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Yorodumi- PDB-5b57: Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV from Burkho... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5b57 | |||||||||||||||
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| Title | Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV from Burkholderia cenocepacia | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | METAL TRANSPORT / metal-binding / membrane protein | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsiderophore-iron import into cell / transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria) | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||||||||
| Model details | Bacterial heme transporter BhuUV | |||||||||||||||
Authors | Naoe, Y. / Nakamura, N. / Doi, A. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. | |||||||||||||||
| Funding support | Japan, 4items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016Title: Crystal structure of bacterial haem importer complex in the inward-facing conformation Authors: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Doi, A. / Sawabe, M. / Nakamura, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5b57.cif.gz | 439.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5b57.ent.gz | 363.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5b57.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5b57_validation.pdf.gz | 771.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5b57_full_validation.pdf.gz | 796 KB | Display | |
| Data in XML | 5b57_validation.xml.gz | 42.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5b57_validation.cif.gz | 57.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b57 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38801.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria)Strain: J2315 / Gene: hmuU, BCAM2629 / Plasmid: pET-19b / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 29232.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria)Strain: J2315 / Gene: hmuV, BCAM2630 / Plasmid: pET-19b / Production host: ![]() References: UniProt: B4EKB5, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to catalyse transmembrane movement of substances #3: Sugar | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.22 % / Mosaicity: 0.323 ° |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 9.5 / Details: 30% PEG 400, 0.1M CAPSO, 0.1M NaCl, 0.1M Li2SO4 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B2 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 21, 2014 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 46529 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 40.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.943 / Net I/av σ(I): 16.5 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 355680 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: BhuUV-T Resolution: 2.8→45.539 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.27 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 162.37 Å2 / Biso mean: 43.3546 Å2 / Biso min: 8.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→45.539 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Burkholderia cenocepacia J2315 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Japan, 4items
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