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- PDB-3qf4: Crystal structure of a heterodimeric ABC transporter in its inwar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qf4
タイトルCrystal structure of a heterodimeric ABC transporter in its inward-facing conformation
要素
  • ABC transporter, ATP-binding protein
  • Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
キーワードTRANSPORT PROTEIN / multidrug transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ABC transporter, ATP-binding protein / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hohl, M. / Briand, C. / Gruetter, M.G. / Seeger, M.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a heterodimeric ABC transporter in its inward-facing conformation
著者: Hohl, M. / Briand, C. / Grutter, M.G. / Seeger, M.A.
履歴
登録2011年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, ATP-binding protein
B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3814
ポリマ－132,8512
非ポリマー5312
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13100 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area51360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.330, 84.310, 115.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, ATP-binding protein / ABC transporter TM287


分子量: 65060.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0287 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC3
#2: タンパク質 Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288 / ABC transporter TM288


分子量: 67789.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC4
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 29% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM Na-cacodylate, 100mM CaCl2, 2.5mM AMP-PNP, 3mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 46481 / Num. obs: 46251 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.14
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→24.927 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7035 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2632 2312 5.01 %Random
Rwork0.217 ---
obs0.2193 46149 99.28 %-
all-46481 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 75.536 Å2 / ksol: 0.269 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 271.21 Å2 / Biso mean: 118.1531 Å2 / Biso min: 38.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7027 Å20 Å238.6133 Å2
2---5.1601 Å20 Å2
3---5.8628 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9166 0 32 4 9202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72812657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4283509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021590
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9001-2.95920.47621330.368252099
2.9592-3.02340.41941360.3374257399
3.0234-3.09360.34711340.3146254699
3.0936-3.17080.39641340.28162551100
3.1708-3.25640.38921370.26842589100
3.2564-3.3520.32091350.2613256999
3.352-3.45990.34451360.2324255999
3.4599-3.58320.28941360.2204257799
3.5832-3.72620.25351340.2265255499
3.7262-3.89520.31921360.21912574100
3.8952-4.09970.24821360.20552584100
4.0997-4.35530.23711370.19022590100
4.3553-4.68960.22421350.173256399
4.6896-5.15770.23081370.16472598100
5.1577-5.89540.22651370.21112611100
5.8954-7.39530.29571380.2412614100
7.3953-24.92820.20521410.2065266599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9279-0.9592-1.46411.23990.2372.01150.1011-0.15640.4225-0.08950.11190.0102-0.17240.2176-0.1260.4418-0.12370.02410.2323-0.11050.4757-29.127617.409833.1918
23.55030.8031-1.56910.6777-0.49831.69420.34011.41661.28460.07780.01220.33830.0319-0.5485-0.10290.686-0.17190.25270.8206-0.0580.7856-44.0419.56413.9077
31.4877-0.5013-1.90950.7126-0.00441.88960.5383-0.53910.6151-0.04110.0723-0.2221-0.59880.3538-0.33550.7667-0.17270.31930.4801-0.04020.8342-60.497928.34751.1554
43.1912-0.1348-0.34760.7890.1085.2035-0.75051.23380.4178-0.88660.1594-0.0658-1.3889-0.0746-0.41292.3549-0.83180.78381.4463-0.34591.3089-74.808431.428142.2227
51.3822-0.4148-0.5930.27860.18822.29410.1627-0.35170.62490.48610.0723-0.0077-0.5123-0.7213-0.35690.57120.0150.16120.46260.00680.8405-75.686827.12260.1201
62.6186-0.5045-0.67161.6761-0.36511.97510.08990.3462-0.5585-0.0163-0.1462-0.35710.38360.00590.11360.74980.01540.26390.3139-0.02980.7343-67.5984.228563.3402
71.09050.49940.75931.7521.19924.7372-0.21520.6144-1.1804-0.017-0.414-0.0509-0.3146-1.51580.3461.6629-0.4370.23511.00480.08780.8468-82.14435.596165.2443
83.41830.7322-0.31741.7584-0.22521.2709-0.27030.6723-0.4445-0.0751-0.20170.88120.6273-0.6820.20070.45180.0828-0.02180.84880.00351.058-92.357219.537457.3233
91.6677-0.3379-0.7843.03630.32570.7061-0.24830.5201-0.54110.0421-0.0954-0.22480.16380.16030.1590.7324-0.30570.22060.8287-0.27360.2993-31.9401-4.67147.6282
101.06080.302-0.75041.8180.76860.8428-0.46820.05930.14090.03910.2459-0.05050.2925-0.63550.17180.8118-0.23370.12741.096-0.13430.7298-57.832-6.503522.2728
111.7312-0.2588-1.29370.7240.0271.6872-0.3294-0.0532-0.49070.1702-0.09450.22040.39050.1010.09990.4513-0.00410.07880.2656-0.05840.4868-30.36472.071433.9803
120.7444-0.5456-0.20370.29710.41770.87330.1814-1.6145-0.1067-0.0856-0.47680.1299-0.0528-0.27980.07871.0325-0.39280.34550.8856-0.23171.4753-54.2221-12.187424.123
132.66230.2256-2.4941.7993-0.43034.4709-1.04660.5375-1.17830.774-0.1196-0.18322.25540.42040.81360.5616-0.60860.41760.756-0.44881.156-88.3348-16.07238.6986
142.49450.1105-2.44213.3423-0.67733.07630.77331.30161.6187-0.9869-0.57820.768-1.5021-0.5701-0.13190.9423-0.2158-0.02161.9861-0.08531.2014-86.11810.296925.5136
151.1611-0.18530.35180.2596-0.47161.0037-0.9881.24790.48710.79820.98030.4730.9378-0.54380.47080.6213-0.26380.05411.2-0.10090.7231-91.48836.499335.7863
160.8688-0.0501-1.06681.71481.24972.208-0.36630.199-0.66850.56810.02151.06720.196-0.71340.27310.9567-0.52420.29461.3167-0.21961.2075-98.0733-3.88151.6095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -2:159)A-2 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 160:293)A160 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 294:339)A294 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 340:346)A340 - 346
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 347:413)A347 - 413
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 414:495)A414 - 495
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 496:517)A496 - 517
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 518:569)A518 - 569
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 10:96)B10 - 96
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 97:157)B97 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 158:301)B158 - 301
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 302:351)B302 - 351
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 352:431)B352 - 431
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 432:491)B432 - 491
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 492:536)B492 - 536
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 537:597)B537 - 597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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